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- PDB-7ynu: Crystal structure of Hen Egg white LYSOZYME introduced with O-(2-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ynu
タイトルCrystal structure of Hen Egg white LYSOZYME introduced with O-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine
要素Lysozyme C
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / nonnatural amino acid caged amino acid o-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine lysozyme cell-free protein synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Lysozyme C
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Hosaka, T. / Shirouzu, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Crystal Structure of an Archaeal Tyrosyl-tRNA Synthetase Bound to Photocaged L-Tyrosine and Its Potential Application to Time-Resolved X-ray Crystallography.
著者: Hosaka, T. / Katsura, K. / Ishizuka-Katsura, Y. / Hanada, K. / Ito, K. / Tomabechi, Y. / Inoue, M. / Akasaka, R. / Takemoto, C. / Shirouzu, M.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7548
ポリマ－14,4941
非ポリマー2597
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area6690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.680, 79.680, 37.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14494.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: LYZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.6 / 詳細: 28% NaCl, 8% PEG6000, 100 mM Na-acetate (pH3.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→39.84 Å / Num. obs: 22119 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 15.849 % / Biso Wilson estimate: 20.55 Å2 / CC1/2: 0.965 / Rmerge(I) obs: 0.223 / Rrim(I) all: 0.232 / Χ2: 0.658 / Net I/σ(I): 5.62 / Num. measured all: 350557 / Scaling rejects: 279
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.44-1.5315.5640.8721.0655953359835950.7410.90199.9
1.53-1.6316.4240.5961.8451637314831440.8280.61599.9
1.63-1.7616.2280.4482.8850015310030820.90.46399.4
1.76-1.9315.4040.3724.3844086289428620.9230.38698.9
1.93-2.1616.020.316.9842181264326330.9460.3299.6
2.16-2.4916.4430.2859.3637737230222950.9430.29699.7
2.49-3.0515.8270.23310.9531512199419910.9580.24299.8
3.05-4.3214.5550.19712.322881157815720.9410.20699.6
4.32-39.8415.4020.14212.96145559519450.980.14899.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YM8

4ym8


解像度: 1.44→39.84 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2226 2000 9.06 %
Rwork0.1905 20081 -
obs0.1934 22081 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 71.95 Å2 / Biso mean: 25.975 Å2 / Biso min: 13.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→39.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1012 0 10 100 1122
Biso mean--29.43 34.65 -
残基数----129
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.44-1.480.33981400.297514161556100
1.48-1.520.28291400.260513971537100
1.52-1.560.2791410.241314121553100
1.56-1.610.2641400.223114091549100
1.61-1.670.29771410.224714201561100
1.67-1.740.23551410.22281403154499
1.74-1.810.23721400.19751404154499
1.81-1.910.22821410.1851417155899
1.91-2.030.22941400.186514151555100
2.03-2.190.25631440.180114461590100
2.19-2.410.2061430.17814351578100
2.41-2.750.24791450.198214571602100
2.75-3.470.221470.18114731620100
3.47-39.840.17891570.178115771734100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8645-0.6691-0.20372.58120.06592.4475-0.0719-0.0665-0.23790.16670.11010.20950.0687-0.2842-0.03850.2519-0.04540.00050.26070.07960.296916.8508-7.18179.0431
24.85470.0866-0.66032.1117-0.44511.2137-0.08010.2549-0.5085-0.0147-0.02880.19810.5674-0.27960.09360.3076-0.0512-0.01060.2072-0.01330.281423.704-11.5963-2.544
31.3093-0.7055-0.02971.2705-0.22970.5748-0.0515-0.11060.10280.04880.0665-0.0614-0.07650.02760.0060.16240.0068-0.00330.17530.02470.173222.08350.58456.076
41.51140.9213-2.05473.198-2.3187.83510.4442-0.07220.3579-0.02280.0117-0.024-0.67610.805-0.33370.2723-0.05020.06150.2455-0.03660.223220.330814.8041-4.6056
51.8505-0.13590.31081.7660.03031.9360.20750.2520.1605-0.296-0.13410.12980.0555-0.0054-0.06360.24240.0233-0.0080.21660.020.189617.56767.7445-7.1072
61.6311-0.30120.39322.6409-0.18091.98890.24850.0025-0.1516-0.4531-0.0560.40820.1989-0.0279-0.13420.25610.0124-0.06260.22410.00240.243312.33623.6388-7.253
73.5904-0.3901-2.22151.71590.16212.62030.01340.261-0.42360.0582-0.06170.26060.3594-0.5324-0.01070.2154-0.0366-0.03280.18-0.00620.232117.6024-4.6681-5.5659
81.9486-0.2365-0.10122.60140.79242.84460.08270.17020.1429-0.1393-0.1159-0.099-0.2830.09290.04950.18040.00150.00030.14820.00440.172530.20430.4672-3.4677
93.70691.3432-2.19642.822-1.5143.4564-0.0934-0.2564-0.47930.3690.1016-0.04030.2805-0.0602-0.03790.24570.023-0.0210.23680.04470.2628.7092-8.378610.7958
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 14 )A1 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 24 )A15 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 25 through 42 )A25 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 50 )A43 - 50
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 51 through 68 )A51 - 68
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 69 through 88 )A69 - 88
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 89 through 99 )A89 - 99
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 100 through 114 )A100 - 114
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 115 through 129 )A115 - 129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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