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- PDB-7ynw: Crystal structure of O-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine-tRNA sythetase ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ynw | |||||||||
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Title | Crystal structure of O-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine-tRNA sythetase in complex with O-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine | |||||||||
![]() | Tyrosine--tRNA ligase | |||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / nonnatural amino acid / cell-free protein synthesis / caged amino acid / o-(2-nitrobenzyl)-L-tyrosine amino-acyl tRNA synthetase | |||||||||
Function / homology | ![]() tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hosaka, T. / Shirouzu, M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Crystal Structure of an Archaeal Tyrosyl-tRNA Synthetase Bound to Photocaged L-Tyrosine and Its Potential Application to Time-Resolved X-ray Crystallography. Authors: Hosaka, T. / Katsura, K. / Ishizuka-Katsura, Y. / Hanada, K. / Ito, K. / Tomabechi, Y. / Inoue, M. / Akasaka, R. / Takemoto, C. / Shirouzu, M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 318 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 220.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 974.8 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 964.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ynuC ![]() 7ynvC ![]() 1j1uS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 36046.707 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 Gene: tyrS, MJ0389 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.51 Å3/Da / Density % sol: 64.92 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 20% PEG300, 3% PEG8000, 100 mM Tris-HCl (pH8.0), 10% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Nov 4, 2021 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.64→41.59 Å / Num. obs: 26487 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 36.042 % / Biso Wilson estimate: 113.202 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rrim(I) all: 0.148 / Χ2: 1.161 / Net I/σ(I): 17.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1J1U Resolution: 2.79→41.59 Å / SU ML: 0.5247 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.46 / Phase error: 42.0219 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 136.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.79→41.59 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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