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- PDB-7ym9: Crystal structure of a PET hydrolase from Cryptosporangium aurantiacum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ym9
タイトルCrystal structure of a PET hydrolase from Cryptosporangium aurantiacum
要素Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
キーワードHYDROLASE / Poly(Ethylene terephthalate) hydrolase / esterase
機能・相同性Alpha/Beta hydrolase fold / MALONATE ION / Cutinase
機能・相同性情報
生物種Cryptosporangium aurantiacum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.34 Å
データ登録者Hong, H. / Ki, D. / Kim, K.-J.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Discovery and rational engineering of PET hydrolase with both mesophilic and thermophilic PET hydrolase properties.
著者: Hong, H. / Ki, D. / Seo, H. / Park, J. / Jang, J. / Kim, K.J.
履歴
登録2022年7月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
B: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1334
ポリマ－57,9292
非ポリマー2042
水8,467470
1
A: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0662
ポリマ－28,9641
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Poly(ethylene terephthalate) hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0662
ポリマ－28,9641
非ポリマー1021
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.309, 82.449, 87.391
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Poly(ethylene terephthalate) hydrolase


分子量: 28964.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporangium aurantiacum (バクテリア)
遺伝子: SAMN05443668_101498 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1M7II12
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 12% (w/v) PEG3350, 0.1 M Sodium malonate pH4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 133383 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 2.308 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1647419
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.34-1.3610.40.51266050.9480.1640.5381.446100
1.36-1.3912.30.49366010.9660.1460.5151.499100
1.39-1.4112.40.43566120.9710.1280.4541.588100
1.41-1.4412.50.38666010.9740.1130.4021.651100
1.44-1.4712.50.33566230.980.0980.3491.745100
1.47-1.5112.60.29566100.9840.0860.3071.855100
1.51-1.5512.60.25665990.9870.0750.2671.989100
1.55-1.5912.60.22966230.9880.0670.2392.1100
1.59-1.6412.60.20666190.9890.060.2142.171100
1.64-1.6912.70.18366460.9920.0530.1912.269100
1.69-1.7512.70.16166460.9930.0470.1682.388100
1.75-1.8212.60.14166560.9950.0410.1472.542100
1.82-1.912.60.12366270.9950.0360.1282.729100
1.9-212.60.10866980.9960.0320.1132.828100
2-2.1312.60.09566430.9960.0280.0992.924100
2.13-2.2912.60.08667210.9970.0250.092.95100
2.29-2.5212.60.07767090.9970.0220.082.874100
2.52-2.8912.50.06767370.9980.020.072.759100
2.89-3.6412.20.05768510.9980.0170.062.775100
3.64-5010.80.05369560.9970.0170.0562.88998.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LUL

5lul


解像度: 1.34→26.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.661 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1827 6373 4.8 %RANDOM
Rwork0.1721 ---
obs0.1726 126891 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 51.57 Å2 / Biso mean: 13.757 Å2 / Biso min: 7.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.51 Å20 Å2-0 Å2
2---0.8 Å20 Å2
3---0.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.34→26.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3902 0 14 470 4386
Biso mean--24.69 23.87 -
残基数----514
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0134097
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0143720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0081.6475625
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5811.5728555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8855532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.39220.99202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.74415563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1531530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2545
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.024795
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021017
LS精密化 シェル解像度: 1.34→1.375 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 505 -
Rwork0.214 9152 -
all-9657 -
obs--98.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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