[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-7ym9: Crystal structure of a PET hydrolase from Cryptosporangium aurantiacum -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ym9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of a PET hydrolase from Cryptosporangium aurantiacum | ||||||
![]() | Poly(ethylene terephthalate) hydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Poly(Ethylene terephthalate) hydrolase / esterase | ||||||
Function / homology | Alpha/Beta hydrolase fold / MALONATE ION / Cutinase![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hong, H. / Ki, D. / Kim, K.-J. | ||||||
Funding support | 1items
| ||||||
![]() | ![]() Title: Discovery and rational engineering of PET hydrolase with both mesophilic and thermophilic PET hydrolase properties. Authors: Hong, H. / Ki, D. / Seo, H. / Park, J. / Jang, J. / Kim, K.J. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 122.1 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 90.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 453.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 455.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.7 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ymeC ![]() 5lulS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 28964.418 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: SAMN05443668_101498 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.69 Å3/Da / Density % sol: 54.25 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 12% (w/v) PEG3350, 0.1 M Sodium malonate pH4.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 270 / Detector: CCD / Date: May 25, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.34→50 Å / Num. obs: 133383 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 2.308 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 1647419 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 5LUL Resolution: 1.34→26.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.661 / SU ML: 0.028 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.047 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 51.57 Å2 / Biso mean: 13.757 Å2 / Biso min: 7.38 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.34→26.23 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 1.34→1.375 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
|