PDB-7ym0: Lysoplasmalogen-specific phospholipase D (LyPls-PLD) with Ca2+

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ym0

タイトル

Lysoplasmalogen-specific phospholipase D (LyPls-PLD) with Ca2+

要素

Lysoplasmalogenase

キーワード

HYDROLASE / phospholipase D / lisoplasmalogen / Thermocrispum / LysoPAF

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoric diester hydrolase activity / lipid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermocrispum sp. RD004668 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Yasutake, Y. / Sakasegawa, S. / Sugimori, D. / Murayama, K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Biosci.Biotechnol.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the substrate specificity switching of lysoplasmalogen-specific phospholipase D from Thermocrispum sp. RD004668.
著者: Hamana, H. / Yasutake, Y. / Kato-Murayama, M. / Hosaka, T. / Shirouzu, M. / Sakasegawa, S.I. / Sugimori, D. / Murayama, K.

履歴

登録	2022年7月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年1月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ym0.cif.gz	246.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ym0.ent.gz	199.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ym0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ym0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ym/7ym0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ympC 7ymqC 7ymrC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lysoplasmalogenase

B: Lysoplasmalogenase

ヘテロ分子

67.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysoplasmalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysoplasmalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.952, 142.952, 126.134
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysoplasmalogenase 分子量: 33623.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermocrispum sp. RD004668 (バクテリア) 遺伝子: lyspls / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U4VTN7
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M Ches pH 9.5, 50 mM NaCl, and 12% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.08 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.91→47.65 Å / Num. obs: 29314 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.91→3.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4656 / CC_1/2: 0.879

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.91→47.29 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	1460	4.99 %
R_work	0.1769	-	-
obs	0.1788	29256	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.91→47.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4634	0	2	0	4636

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.84	6490
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.051	1768
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	720
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	866

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.91-3.014	0.3673	129	0.2961	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
3.014-3.1346	0.3125	153	0.2683	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1346-3.2773	0.2723	144	0.2474	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2773-3.45	0.2691	150	0.2137	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.45-3.6661	0.2298	159	0.1983	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6661-3.949	0.2016	151	0.1789	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.949-4.3462	0.2067	140	0.1589	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3462-4.9745	0.1863	137	0.1415	2794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9745-6.265	0.1918	144	0.1685	2832	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1525	0.8953	0.5856	3.5755	-0.9531	2.5845	0.1747	-0.3992	-0.0297	0.7357	-0.2875	0.1679	-0.0319	-0.0335	0.1539	0.8674	0.0169	0.049	0.6294	-0.051	0.6678	-45.8974	14.4935	0.775
2	2.7695	1.1712	0.2954	3.8523	0.5822	3.6136	0.1154	-0.4195	0.1173	0.6102	-0.1747	0.5429	-0.2662	0.0092	0.0603	0.832	-0.0101	0.1251	0.543	0.0312	0.559	-50.5917	11.8708	3.9297
3	2.1709	-0.2042	-1.7118	3.8071	-1.0571	5.1886	-0.0982	0.1462	-0.378	-0.296	-0.071	0.2948	0.7455	-0.426	0.1575	0.6975	-0.0649	-0.007	0.4524	0.0093	0.6929	-52.7292	-1.4738	-11.8967
4	4.9312	1.3523	1.4588	5.957	-0.0147	7.004	0.0889	0.3795	0.2835	-0.1425	0.0343	-0.0074	-0.0078	0.051	-0.1648	0.5442	0.0276	0.0041	0.4798	0.0446	0.4905	-47.5033	14.9095	-20.9295
5	1.8429	-0.0112	-0.1578	2.4848	-1.0811	2.6143	0.0578	-0.3685	0.0209	0.4668	-0.239	-0.2981	-0.1448	0.4786	0.2208	0.8364	0.0135	-0.0888	0.7079	-0.0915	0.7512	-26.167	37.7842	-11.1866
6	2.4575	-0.6363	0.4106	5.2976	-3.8024	6.0949	-0.0183	-0.0595	-0.2814	0.1476	-0.1462	-0.2237	0.2181	0.658	0.1891	0.5658	0.0446	0.0011	0.516	-0.1192	0.5926	-25.2413	37.3465	-17.4745
7	5.3513	0.4263	-2.0229	4.127	0.4207	3.8424	0.3963	-0.1096	0.9277	0.2936	-0.0481	0.575	-0.6922	-0.1448	-0.3991	0.8897	0.027	0.073	0.4212	-0.0433	0.8011	-37.4999	56.2055	-15.1803
8	3.3903	0.5991	-0.5727	5.5921	-1.6611	4.3031	0.1617	-0.4497	0.4538	1.0925	-0.1197	0.6369	-0.4913	-0.4365	-0.0271	0.8601	-0.0065	0.206	0.6204	-0.1478	0.7213	-45.5642	43.1102	-5.2742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 33 through 133 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 134 through 200 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 201 through 254 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 255 through 333 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 33 through 133 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 134 through 201 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 202 through 275 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 276 through 333 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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