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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ym0 | ||||||
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タイトル | Lysoplasmalogen-specific phospholipase D (LyPls-PLD) with Ca2+ | ||||||
![]() | Lysoplasmalogenase | ||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yasutake, Y. / Sakasegawa, S. / Sugimori, D. / Murayama, K. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the substrate specificity switching of lysoplasmalogen-specific phospholipase D from Thermocrispum sp. RD004668. 著者: Hamana, H. / Yasutake, Y. / Kato-Murayama, M. / Hosaka, T. / Shirouzu, M. / Sakasegawa, S.I. / Sugimori, D. / Murayama, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 242.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 199.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ympC ![]() 7ymqC ![]() 7ymrC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33623.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: lyspls / 発現宿主: ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.33 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M Ches pH 9.5, 50 mM NaCl, and 12% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.91→47.65 Å / Num. obs: 29314 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 16.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.91→3.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 4656 / CC1/2: 0.879 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.91→47.29 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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