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万見
- PDB-7yl8: Neutron structure of Bacillus thermoproteolyticus Ferredoxin at r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yl8
タイトルNeutron structure of Bacillus thermoproteolyticus Ferredoxin at room temperature
要素Ferredoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / ferredoxin / hydrogen / hydrogen-bonding / hydrogen-bonding network / redox potential / iron-sulfur cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / iron ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 3Fe-4S ferredoxin / 4Fe-4S single cluster domain of Ferredoxin I / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
IRON/SULFUR CLUSTER / Ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / 中性子回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Unno, M. / Wada, K. / Kobayashi, K.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24570122 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H03196 日本
引用ジャーナル: Elife / 年: 2025
タイトル: Protonation/deprotonation-driven switch for the redox stability of the low-potential [4Fe-4S] ferredoxin
著者: Wada, K. / Kobayashi, K. / Era, I. / Isobe, Y. / Kamimura, T. / Marukawa, M. / Nagae, T. / Honjo, K. / Kaseda, N. / Motoyama, Y. / Inoue, K. / Sugishima, M. / Kusaka, K. / Yano, N. / ...著者: Wada, K. / Kobayashi, K. / Era, I. / Isobe, Y. / Kamimura, T. / Marukawa, M. / Nagae, T. / Honjo, K. / Kaseda, N. / Motoyama, Y. / Inoue, K. / Sugishima, M. / Kusaka, K. / Yano, N. / Fukuyama, K. / Mishima, M. / Kitagawa, Y. / Unno, M.
履歴
登録2022年7月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1252
ポリマ－8,7741
非ポリマー3521
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area360 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area4350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.430, 37.910, 33.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.960, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-253-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin


分子量: 8773.595 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10245
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microdialysis / 詳細: MES, ammonium sulfate

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12971N
22971N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A11
SPALLATION SOURCEJPARC MLF BL-03J-PARC MLF BEAMLINE BL-0321.5-4.5
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2018年12月10日
iBIX2DIFFRACTOMETER2018年11月2日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.51
34.51
反射

Biso Wilson estimate: 16.15 Å2 / Entry-ID: 7YL8

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Diffraction-IDNet I/σ(I)Rmerge(I) obsRsym value
1.45-50150071006.70.999125.2
1.6-15.878404199.67.561725.150.19760.0685
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-IDRmerge(I) obsRpim(I) all
1.45-1.487480.8941
1.6-1.66688820.46020.1926

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化

SU ML: 0.1464 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 15.5429 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 1IQZ

1iqz

/ 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
1.45-33.08X-RAY DIFFRACTION25.520.15720.1390.139977114090148615.1998.8711.38
1.6-15.12NEUTRON DIFFRACTION0.18420.16241050094.132
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数608 0 8 66 682
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0107698
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0652972
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1093108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2996262
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.540.23441300.19432300X-RAY DIFFRACTION97.94
1.54-1.660.17961310.15952344X-RAY DIFFRACTION99.24
1.66-1.820.15221280.14592343X-RAY DIFFRACTION99.44
1.82-2.090.15821210.12812371X-RAY DIFFRACTION99.92
2.09-2.630.14871320.13752370X-RAY DIFFRACTION99.52
2.63-33.080.15071290.13312362X-RAY DIFFRACTION97.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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