PDB-7yl5: Cell surface protein YwfG protein complexed with mannose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yl5

タイトル

Cell surface protein YwfG protein complexed with mannose

要素

GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

キーワード

CELL ADHESION / mannose-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Tsuchiya, W. / Fujimoto, Z. / Suzuki, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Cell-surface protein YwfG of Lactococcus lactis binds to alpha-1,2-linked mannose.
著者: Tsuchiya, W. / Fujimoto, Z. / Inagaki, N. / Nakagawa, H. / Tanaka, M. / Kimoto-Nira, H. / Yamazaki, T. / Suzuki, C.

履歴

登録	2022年7月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yl5.cif.gz	188.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yl5.ent.gz	142.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yl5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yl5_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yl5_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7yl5_validation.xml.gz	33 KB	表示
CIF形式データ	7yl5_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7yl5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7yl5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yl4SC 7yl6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

B: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.312, 273.164, 322.789
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質

GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

分子量: 54043.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
遺伝子: llmg_2465, O9U_11750 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S6FKX6

#2: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.15 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0-5.6), 1.3 M Li2SO4, 2% (w/v) polyethylene glycol 3350 PH範囲: 5.0-5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→48.71 Å / Num. obs: 39549 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.151 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 1.053 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 5675 / CC_1/2: 0.806 / R_pim(I) all: 0.304 / R_rim(I) all: 1.097 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7YL4

7yl4

解像度: 3→45.569 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.922 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.876 / SU B: 20.453 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.542 / ESU R Free: 0.38 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2955	1964	4.982 %
R_work	0.2271	37457	-
all	0.23	-	-
obs	-	39421	99.628 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 79.915 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.021 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.086 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.065 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→45.569 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6446	0	163	33	6642

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.013	6705
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	5886
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.279	1.657	9140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.437	1.59	13551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.695	5	857
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	46.434	25.633	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.523	15	982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.122	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	922
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7858
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1562
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1168
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	5492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	3030
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	3440
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	183
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.087	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.385	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.182	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	11.491	8.409	3437
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	11.484	8.407	3436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	15.25	12.604	4291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	15.25	12.606	4292
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	12.625	8.785	3268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	11.972	8.723	3204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	16.882	13.008	4849
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	16.286	12.938	4754
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.63	94.955	6747
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.644	94.956	6747

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3-3.078	0.392	129	0.365	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
3.078-3.162	0.4	140	0.328	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.254	0.376	148	0.315	2590	X-RAY DIFFRACTION	99.9635
3.254-3.354	0.34	116	0.283	2549	X-RAY DIFFRACTION	99.9625
3.354-3.464	0.32	129	0.276	2390	X-RAY DIFFRACTION	99.6834
3.464-3.586	0.341	120	0.245	2411	X-RAY DIFFRACTION	99.9605
3.586-3.721	0.357	118	0.244	2242	X-RAY DIFFRACTION	99.7886
3.721-3.873	0.295	118	0.225	2220	X-RAY DIFFRACTION	99.659
3.873-4.045	0.264	108	0.217	2089	X-RAY DIFFRACTION	99.1874
4.045-4.242	0.32	105	0.218	2035	X-RAY DIFFRACTION	99.2119
4.242-4.472	0.267	112	0.191	1879	X-RAY DIFFRACTION	98.711
4.472-4.743	0.278	95	0.174	1841	X-RAY DIFFRACTION	99.1803
4.743-5.07	0.195	84	0.162	1713	X-RAY DIFFRACTION	99.612
5.07-5.476	0.236	83	0.173	1645	X-RAY DIFFRACTION	99.5965
5.476-5.998	0.279	86	0.189	1478	X-RAY DIFFRACTION	99.6178
5.998-6.706	0.271	74	0.194	1362	X-RAY DIFFRACTION	99.9304
6.706-7.742	0.251	54	0.201	1227	X-RAY DIFFRACTION	99.8441
7.742-9.478	0.291	55	0.202	1049	X-RAY DIFFRACTION	99.729
9.478-13.39	0.291	54	0.24	837	X-RAY DIFFRACTION	99.8879
13.39-45.569	0.319	36	0.317	494	X-RAY DIFFRACTION	96.5392

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)