PDB-7yl6: Cell surface protein YwfG protein complexed with alpha-1,2-mannobiose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yl6

タイトル

Cell surface protein YwfG protein complexed with alpha-1,2-mannobiose

要素

GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

キーワード

CELL ADHESION / mannose-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Tsuchiya, W. / Fujimoto, Z. / Suzuki, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Cell-surface protein YwfG of Lactococcus lactis binds to alpha-1,2-linked mannose.
著者: Tsuchiya, W. / Fujimoto, Z. / Inagaki, N. / Nakagawa, H. / Tanaka, M. / Kimoto-Nira, H. / Yamazaki, T. / Suzuki, C.

履歴

登録	2022年7月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yl6.cif.gz	188.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yl6.ent.gz	141.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7yl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7yl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yl4SC 7yl5C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

B: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.454, 276.634, 321.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質

GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

分子量: 54043.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
遺伝子: llmg_2465, O9U_11750 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S6FKX6

#2: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 2alpha-alpha-mannobiose

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0-5.6), 1.3 M Li2SO4, 2% (w/v) polyethylene glycol 3350 PH範囲: 5.0-5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→43.06 Å / Num. obs: 42029 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.203 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.211 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / R_merge(I) obs: 1.187 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 6070 / CC_1/2: 0.774 / R_pim(I) all: 0.329 / R_rim(I) all: 1.232

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 7YL4

7yl4

解像度: 2.95→41.511 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / SU B: 17.595 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.452 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2684	2151	5.119 %
R_work	0.2114	39872	-
all	0.214	-	-
obs	-	42023	99.888 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.208 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.638 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.913 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.276 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→41.511 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6534	0	98	41	6673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	6748
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	5965
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.033	1.66	9187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.406	1.592	13731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.875	5	867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.927	25.556	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.631	15	995
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.724	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	935
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1591
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.209	0.2	5384
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	3103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	3494
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.091	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.358	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.21	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.045	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.546	6.836	3477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.539	6.834	3476
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.738	10.24	4341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.738	10.242	4342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.476	7.209	3271
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.322	7.19	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.238	10.681	4846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	12.046	10.654	4823
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.987	76.602	6765
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.962	76.601	6764

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.027	0.387	161	0.361	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
3.027-3.11	0.393	171	0.333	2870	X-RAY DIFFRACTION	100
3.11-3.2	0.364	154	0.303	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.298	0.354	141	0.29	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
3.298-3.406	0.321	126	0.271	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.406-3.526	0.314	148	0.241	2475	X-RAY DIFFRACTION	99.9238
3.526-3.659	0.301	125	0.226	2466	X-RAY DIFFRACTION	99.9614
3.659-3.808	0.248	112	0.213	2325	X-RAY DIFFRACTION	100
3.808-3.977	0.259	120	0.208	2293	X-RAY DIFFRACTION	100
3.977-4.172	0.231	122	0.186	2111	X-RAY DIFFRACTION	100
4.172-4.397	0.228	111	0.18	2085	X-RAY DIFFRACTION	100
4.397-4.664	0.237	101	0.174	1938	X-RAY DIFFRACTION	99.951
4.664-4.986	0.206	93	0.153	1855	X-RAY DIFFRACTION	99.9487
4.986-5.385	0.186	92	0.158	1740	X-RAY DIFFRACTION	99.9454
5.385-5.898	0.232	98	0.172	1567	X-RAY DIFFRACTION	100
5.898-6.594	0.269	76	0.166	1446	X-RAY DIFFRACTION	99.9343
6.594-7.613	0.238	72	0.164	1315	X-RAY DIFFRACTION	100
7.613-9.32	0.229	56	0.166	1120	X-RAY DIFFRACTION	100
9.32-13.168	0.23	43	0.189	892	X-RAY DIFFRACTION	100
13.168-41.511	0.359	29	0.275	513	X-RAY DIFFRACTION	93.1272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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