PDB-7yl4: Cell surface protein YwfG protein (apo form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yl4

タイトル

Cell surface protein YwfG protein (apo form)

要素

GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

キーワード

CELL ADHESION / mannose-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Tsuchiya, W. / Fujimoto, Z. / Suzuki, C.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Cell-surface protein YwfG of Lactococcus lactis binds to alpha-1,2-linked mannose.
著者: Tsuchiya, W. / Fujimoto, Z. / Inagaki, N. / Nakagawa, H. / Tanaka, M. / Kimoto-Nira, H. / Yamazaki, T. / Suzuki, C.

履歴

登録	2022年7月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yl4.cif.gz	188 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yl4.ent.gz	142 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yl4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yl4_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yl4_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	7yl4_validation.xml.gz	31.3 KB	表示
CIF形式データ	7yl4_validation.cif.gz	44.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7yl4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/7yl4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yl5C 7yl6C 4m01S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

B: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
54.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.219, 272.930, 320.332
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	GRAM_POS_ANCHORING domain-containing protein 分子量: 54043.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌) 遺伝子: llmg_2465, O9U_11750 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: S6FKX6
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.85 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 5.0-5.6), 1.3 M Li2SO4, 2% (w/v) polyethylene glycol 3350 PH範囲: 5.0-5.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→48.6 Å / Num. obs: 66894 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 13.3 % / R_merge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 9601 / CC_1/2: 0.871 / R_pim(I) all: 0.229 / R_rim(I) all: 0.841 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4m01

4m01

解像度: 2.5→45.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / WR_factor R_free: 0.263 / WR_factor R_work: 0.23 / SU B: 11.108 / SU ML: 0.23 / Average fsc free: 0.8199 / Average fsc work: 0.8372 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.265 / ESU R Free: 0.23 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2796	3224	4.82 %
R_work	0.2455	63669	-
all	0.247	-	-
obs	-	66893	99.969 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.081 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.041 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	4.543 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.499 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6527	0	72	74	6673

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	6709
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	5927
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.754	1.65	9137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.345	1.584	13635
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.095	5	866
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	44.665	25.556	324
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.114	15	994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.235	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7964
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1059
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.202	0.2	5407
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	3370
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	192
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.065	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.274	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.162	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.322	6.913	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.323	6.911	3472
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.373	10.342	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	10.373	10.344	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.47	7.171	3236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.352	7.141	3205
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.846	10.672	4801
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.719	10.628	4754
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.365	76.852	6730
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.359	76.878	6725

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.395	235	0.385	4664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.565-2.635	0.377	215	0.36	4487	X-RAY DIFFRACTION	100
2.635-2.712	0.385	221	0.34	4462	X-RAY DIFFRACTION	100
2.712-2.795	0.366	224	0.312	4197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.795-2.887	0.319	234	0.299	4210	X-RAY DIFFRACTION	100
2.887-2.988	0.32	206	0.291	3934	X-RAY DIFFRACTION	99.9759
2.988-3.101	0.305	220	0.279	3919	X-RAY DIFFRACTION	100
3.101-3.227	0.34	185	0.272	3690	X-RAY DIFFRACTION	100
3.227-3.371	0.3	191	0.266	3637	X-RAY DIFFRACTION	100
3.371-3.535	0.279	172	0.26	3414	X-RAY DIFFRACTION	99.9721
3.535-3.726	0.285	162	0.255	3287	X-RAY DIFFRACTION	100
3.726-3.952	0.26	139	0.235	3164	X-RAY DIFFRACTION	99.9697
3.952-4.225	0.263	163	0.225	2904	X-RAY DIFFRACTION	100
4.225-4.564	0.256	121	0.218	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
4.564-4.999	0.257	131	0.207	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
4.999-5.589	0.242	100	0.198	2327	X-RAY DIFFRACTION	100
5.589-6.452	0.25	107	0.215	2065	X-RAY DIFFRACTION	100
6.452-7.901	0.236	90	0.19	1763	X-RAY DIFFRACTION	100
7.901-11.165	0.171	67	0.172	1419	X-RAY DIFFRACTION	100
11.165-45.53	0.248	41	0.251	832	X-RAY DIFFRACTION	97.9798

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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