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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yhq | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Arabidopsis ROS1 in complex with a covalent-linked reaction intermediate at 3.9 Angstroms resolution | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / ROS1 / DNA glycosylase / DNA demethylation / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA demethylase activity / : / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / DNA N-glycosylase activity / male sex determination / defense response to fungus / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity ...DNA demethylase activity / : / positive regulation of male gonad development / Transcriptional regulation of testis differentiation / sex differentiation / DNA N-glycosylase activity / male sex determination / defense response to fungus / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / brain development / base-excision repair / neuron differentiation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA repair / positive regulation of gene expression / chromatin / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | ||||||
データ登録者 | Du, X. / Du, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023 タイトル: Molecular basis of the plant ROS1-mediated active DNA demethylation. 著者: Xuan Du / Zhenlin Yang / Guohui Xie / Changshi Wang / Laixing Zhang / Kaige Yan / Maojun Yang / Sisi Li / Jian-Kang Zhu / Jiamu Du / 要旨: Active DNA demethylation plays a crucial role in eukaryotic gene imprinting and antagonizing DNA methylation. The plant-specific REPRESSOR OF SILENCING 1/DEMETER (ROS1/DME) family of enzymes directly ...Active DNA demethylation plays a crucial role in eukaryotic gene imprinting and antagonizing DNA methylation. The plant-specific REPRESSOR OF SILENCING 1/DEMETER (ROS1/DME) family of enzymes directly excise 5-methyl-cytosine (5mC), representing an efficient DNA demethylation pathway distinct from that of animals. Here, we report the cryo-electron microscopy structures of an Arabidopsis ROS1 catalytic fragment in complex with substrate DNA, mismatch DNA and reaction intermediate, respectively. The substrate 5mC is flipped-out from the DNA duplex and subsequently recognized by the ROS1 base-binding pocket through hydrophobic and hydrogen-bonding interactions towards the 5-methyl group and Watson-Crick edge respectively, while the different protonation states of the bases determine the substrate preference for 5mC over T:G mismatch. Together with the structure of the reaction intermediate complex, our structural and biochemical studies revealed the molecular basis for substrate specificity, as well as the reaction mechanism underlying 5mC demethylation by the ROS1/DME family of plant-specific DNA demethylases. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yhq.cif.gz | 109.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yhq.ent.gz | 78.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yhq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yhq_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yhq_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yhq_validation.xml.gz | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yhq_validation.cif.gz | 40 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yhq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33836MC 7yhoC 7yhpC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86261.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Fusion protein of residues 56 to 130 of database UNP Q05066, Linker, residues 511 to 1393 of database UNP Q9SJQ6, with deletion of residues 665-835 and 1074-1109. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SRY, TDF, ROS1, DML1, At2g36490, F1O11.12 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q05066, UniProt: Q9SJQ6, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 12345.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 12171.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
#4: 化合物 | ChemComp-SF4 / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 平均露光時間: 1.3467 sec. / 電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 84039 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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