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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yhd | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of VIM-2 MBL in complex with 3-(4-(4-(2-aminoethoxy)phenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl)phthalic acid | ||||||||||||
要素 | Beta-lactamase class B VIM-2 | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.696 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Li, G.-B. / Yan, Y.-H. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2023 タイトル: Metal binding pharmacophore click-derived discovery of new broad-spectrum metallo-beta-lactamase inhibitors. 著者: Yan, Y.H. / Ding, H.S. / Zhu, K.R. / Mu, B.S. / Zheng, Y. / Huang, M.Y. / Zhou, C. / Li, W.F. / Wang, Z. / Wu, Y. / Li, G.B. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yhd.cif.gz | 61.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yhd.ent.gz | 42.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yhd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yhd_validation.pdf.gz | 665.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yhd_full_validation.pdf.gz | 673.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7yhd_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yhd_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yhd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yhd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24679.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pseudomonas aeruginosa / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0 | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-IU7 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M Magnesium Formate, 23-30% (v/v) Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.696→19.392 Å / Num. obs: 22860 / % possible obs: 98.12 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 21.58 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.851 / Num. unique obs: 1854 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JN6 解像度: 1.696→19.392 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 40.93 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.52 Å2 / Biso mean: 32.2407 Å2 / Biso min: 8.08 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.696→19.392 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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