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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yha | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of IMP-1 MBL in complex with (3-(4-(p-tolyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl)benzyl)phosphonic acid | ||||||||||||
![]() | Beta-lactamase class B IMP-1 | ||||||||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / Metallo-beta-lactamase IMP-1 / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Li, G.-B. / Yan, Y.-H. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Metal binding pharmacophore click-derived discovery of new broad-spectrum metallo-beta-lactamase inhibitors. 著者: Yan, Y.H. / Ding, H.S. / Zhu, K.R. / Mu, B.S. / Zheng, Y. / Huang, M.Y. / Zhou, C. / Li, W.F. / Wang, Z. / Wu, Y. / Li, G.B. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 195.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 154.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24205.635 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Pseudomonas aeruginosa / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-ITK / [ #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M sodium acetate pH 4.5, 20-28% PEG8000, 0.2M lithium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X CdTe 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月27日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.135→50 Å / Num. obs: 60655 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 25.79 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.218 / Χ2: 0.752 / Net I/σ(I): 2.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DDK 解像度: 2.135→29.803 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 44.04 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.32 Å2 / Biso mean: 29.0893 Å2 / Biso min: 9.48 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.135→29.803 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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