PDB-7yh8: Crystal structure of a heterochiral protein complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yh8

タイトル

Crystal structure of a heterochiral protein complex

要素

D-Pep-1
L-19437

キーワード

DE NOVO PROTEIN / heterochiral / miniprotein / alpha helix / D-protein / D-peptide / mirror-image / de novo / designer

機能・相同性

polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)
artificial sequences (その他)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Liang, M. / Li, S. / Wang, T. / Liu, L. / Lu, P.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Cell Res. / 年: 2024
タイトル: Accurate de novo design of heterochiral protein-protein interactions
著者: Sun, K. / Li, S. / Zheng, B. / Zhu, Y. / Wang, T. / Liang, M. / Yao, Y. / Zhang, K. / Zhang, J. / Li, H. / Han, D. / Zheng, J. / Coventry, B. / Cao, L. / Baker, D. / Liu, L. / Lu, P.

履歴

登録	2022年7月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年9月25日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details / Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yh8.cif.gz	50.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yh8.ent.gz	35.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yh8_validation.pdf.gz	460.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yh8_full_validation.pdf.gz	462.7 KB	表示
XML形式データ	7yh8_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	7yh8_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8gqpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-19437

B: D-Pep-1

C: L-19437

D: D-Pep-1

19.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-19437

B: D-Pep-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
9.68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: L-19437

D: D-Pep-1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
9.68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.064, 81.922, 35.722
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-110- HOH
2	1	D-107- HOH

#1: タンパク質	L-19437 分子量: 7303.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: Polypeptide(D)	D-Pep-1 分子量: 2380.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D amino acid / 由来: (合成) artificial sequences (その他)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.77 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% (W/V) PEG 8000, 100mM Tris base/Hydrochloric acid pH8.5, 100mM Magnesium chloride, 20% (V/V) PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 8507 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 28.78 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 0.952 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 34163

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.2-2.24	3.5	0.172	398	0.975	0.097	0.199	1.042	91.9
2.24-2.28	3.7	0.189	384	0.976	0.106	0.218	1.021	94.3
2.28-2.32	3.9	0.19	398	0.979	0.105	0.218	1.091	95.2
2.32-2.37	4.1	0.157	417	0.983	0.085	0.18	1.075	97.9
2.37-2.42	4.2	0.159	414	0.987	0.086	0.182	1.025	98.1
2.42-2.48	4.2	0.146	415	0.988	0.079	0.166	1.141	99.8
2.48-2.54	4.2	0.137	420	0.992	0.074	0.156	1.113	99.8
2.54-2.61	4.2	0.116	425	0.993	0.061	0.131	1.063	99.3
2.61-2.69	4.3	0.113	412	0.988	0.061	0.129	1.013	100
2.69-2.77	4.2	0.112	425	0.991	0.06	0.127	1.05	99.3
2.77-2.87	4.3	0.091	425	0.993	0.049	0.104	0.971	100
2.87-2.99	4.2	0.077	445	0.995	0.042	0.088	0.992	99.8
2.99-3.12	4.2	0.069	411	0.997	0.037	0.079	0.904	100
3.12-3.29	4.1	0.055	440	0.998	0.03	0.063	0.828	99.8
3.29-3.49	4.2	0.045	418	0.999	0.024	0.051	0.815	100
3.49-3.76	4	0.038	443	0.999	0.021	0.044	0.897	100
3.76-4.14	3.9	0.033	438	0.999	0.019	0.038	0.888	100
4.14-4.74	3.9	0.03	442	0.999	0.017	0.034	0.87	100
4.74-5.97	3.7	0.03	465	0.999	0.018	0.035	0.571	100
5.97-50	3.2	0.024	472	0.999	0.014	0.028	0.628	95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
HKL-2000	V721.1	データスケーリング
Coot	0.9.5	モデル構築
HKL-2000	7.8	データ削減
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→24.37 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 27.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2497	430	5.15 %
R_work	0.2022	7921	-
obs	0.2047	8351	97.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 77 Å² / B_iso mean: 30.953 Å² / B_iso min: 15.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→24.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1360	0	0	80	1440
B_iso mean	-	-	-	34.59	-
残基数	-	-	-	-	162

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.52	0.2361	124	0.1694	2511	2635	95
2.52-3.17	0.2515	158	0.217	2637	2795	100
3.17-24.37	0.2523	148	0.2052	2773	2921	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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