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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yh8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a heterochiral protein complex | |||||||||
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![]() | DE NOVO PROTEIN / heterochiral / miniprotein / alpha helix / D-protein / D-peptide / mirror-image / de novo / designer | |||||||||
機能・相同性 | polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)![]() | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) artificial sequences (その他) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Liang, M. / Li, S. / Wang, T. / Liu, L. / Lu, P. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a heterochiral protein complex 著者: Liu, L. / Lu, P. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 460.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7303.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() #2: Polypeptide(D) | 分子量: 2380.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: D amino acid / 由来: (合成) artificial sequences (その他) #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.77 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 20% (W/V) PEG 8000, 100mM Tris base/Hydrochloric acid pH8.5, 100mM Magnesium chloride, 20% (V/V) PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年4月23日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 8507 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 28.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 34163 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77 Å2 / Biso mean: 30.953 Å2 / Biso min: 15.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→24.37 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3
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