+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8gqp | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Complex of D-protein binder D-19437 and L-target L-Pep-1 | |||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / D-protein / heterochiral protein complex / protein-protein interaction / mirror-image / de novo / design | |||||||||
Function / homology | polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10)![]() | |||||||||
Biological species | artificial sequences (others) | |||||||||
Method | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Liang, M.F. / Li, S.C. / Wang, T.Y. / Liu, L. / Lu, P.L. | |||||||||
Funding support | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() Title: Structure of D-protein binder D-19437 and L-target L-Pep-1 Authors: Liang, M.F. / Li, S.C. / Sun, K. / Lu, P.L. | |||||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 86.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 68.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 475.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 482 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 7298.629 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Details: D-type binder / Source: (synth.) artificial sequences (others) #2: Protein/peptide | Mass: 2452.718 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) artificial sequences (others) #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2 Å3/Da / Density % sol: 38.62 % Description: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.9 Details: 20%(w/v) PEG 8000, 100mM Tris base/Hydrochloric acid pH7.9, 100mM Magnesium chloride, 20%(v/v) PEG400 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: 100K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: AGILENT ATLAS CCD / Detector: CCD / Date: Aug 25, 2022 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2→24.4 Å / Num. obs: 10862 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 22.82 Å2 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.918 / Net I/av σ(I): 15.44 / Net I/σ(I): 11.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 68.84 Å2 / Biso mean: 26.8324 Å2 / Biso min: 12.87 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2→24.4 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 13.1098 Å / Origin y: 2.4249 Å / Origin z: 9.1033 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|