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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yh6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of SARS-CoV-2 spike RBD in complex with neutralizing antibody NIV-8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Complex / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Moriyama, S. / Anraku, Y. / Muranishi, S. / Adachi, Y. / Kuroda, D. / Higuchi, Y. / Kotaki, R. / Tonouchi, K. / Yumoto, K. / Suzuki, T. ...Moriyama, S. / Anraku, Y. / Muranishi, S. / Adachi, Y. / Kuroda, D. / Higuchi, Y. / Kotaki, R. / Tonouchi, K. / Yumoto, K. / Suzuki, T. / Kita, S. / Someya, T. / Fukuhara, H. / Kuroda, Y. / Yamamoto, T. / Onodera, T. / Fukushi, S. / Maeda, K. / Nakamura-Uchiyama, F. / Hashiguchi, T. / Hoshino, A. / Maenaka, K. / Takahashi, Y. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural delineation and computational design of SARS-CoV-2-neutralizing antibodies against Omicron subvariants. 著者: Saya Moriyama / Yuki Anraku / Shunta Taminishi / Yu Adachi / Daisuke Kuroda / Shunsuke Kita / Yusuke Higuchi / Yuhei Kirita / Ryutaro Kotaki / Keisuke Tonouchi / Kohei Yumoto / Tateki Suzuki ...著者: Saya Moriyama / Yuki Anraku / Shunta Taminishi / Yu Adachi / Daisuke Kuroda / Shunsuke Kita / Yusuke Higuchi / Yuhei Kirita / Ryutaro Kotaki / Keisuke Tonouchi / Kohei Yumoto / Tateki Suzuki / Taiyou Someya / Hideo Fukuhara / Yudai Kuroda / Tsukasa Yamamoto / Taishi Onodera / Shuetsu Fukushi / Ken Maeda / Fukumi Nakamura-Uchiyama / Takao Hashiguchi / Atsushi Hoshino / Katsumi Maenaka / Yoshimasa Takahashi / ![]() 要旨: SARS-CoV-2 Omicron subvariants have evolved to evade receptor-binding site (RBS) antibodies that exist in diverse individuals as public antibody clones. We rationally selected RBS antibodies ...SARS-CoV-2 Omicron subvariants have evolved to evade receptor-binding site (RBS) antibodies that exist in diverse individuals as public antibody clones. We rationally selected RBS antibodies resilient to mutations in emerging Omicron subvariants. Y489 was identified as a site of virus vulnerability and a common footprint of broadly neutralizing antibodies against the subvariants. Multiple Y489-binding antibodies were encoded by public clonotypes and additionally recognized F486, potentially accounting for the emergence of Omicron subvariants harboring the F486V mutation. However, a subclass of antibodies broadly neutralized BA.4/BA.5 variants via hydrophobic binding sites of rare clonotypes along with high mutation-resilience under escape mutation screening. A computationally designed antibody based on one of the Y489-binding antibodies, NIV-10/FD03, was able to bind XBB with any 486 mutation and neutralized XBB.1.5. The structural basis for the mutation-resilience of this Y489-binding antibody group may provide important insights into the design of therapeutics resistant to viral escape. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 91.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 65.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 53.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 33820MC ![]() 7yh7C ![]() 8hesC ![]() 8hglC ![]() 8hgmC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 11697.894 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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#2: 抗体 | 分子量: 13750.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 21776.381 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: S, 2 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0DTC2 |
#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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分子量 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 詳細: octyl-maltoside, fluorinated solution was added to PBS solution to a final concentration of 0.01% | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 57 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 1986 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 206354 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 64245 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6M0J PDB chain-ID: E / Accession code: 6M0J / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 134.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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