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万見
- PDB-7yh4: Crystal structure of human cytosolic beta-alanyl lysine dipeptida... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yh4
タイトルCrystal structure of human cytosolic beta-alanyl lysine dipeptidase (PM20D2)
要素Xaa-Arg dipeptidase
キーワードHYDROLASE / Dipeptidase / carnosine proofreading / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


Xaa-Arg dipeptidase / regulation of protein metabolic process / dipeptidase activity / carboxypeptidase activity / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Xaa-Arg dipeptidase / : / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20, dimerisation domain / Peptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40
類似検索 - ドメイン・相同性
Xaa-Arg dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Chandravanshi, K. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Makde, R.D.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India) インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human cytosolic beta-alanyl lysine dipeptidase (PM20D2)
著者: Chandravanshi, K. / Gaur, N.K. / Kumar, A. / Makde, R.D.
履歴
登録2022年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22026年3月4日Group: Refinement description / Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Arg dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,8803
ポリマ－49,7491
非ポリマー1312
水1,71195
1
A: Xaa-Arg dipeptidase
ヘテロ分子

A: Xaa-Arg dipeptidase
ヘテロ分子

A: Xaa-Arg dipeptidase
ヘテロ分子

A: Xaa-Arg dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,51912
ポリマ－198,9954
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area11240 Å2
ΔGint-377 kcal/mol
Surface area58490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.834, 112.888, 123.217
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-683-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Xaa-Arg dipeptidase / Beta-Ala-Lys dipeptidase


分子量: 49748.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PM20D2, ACY1L2 / プラスミド: PST50STRN / 詳細 (発現宿主): T7-based / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8IYS1, Xaa-Arg dipeptidase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6
詳細: 70 mM calcium chloride, 35 mM sodium acetate pH4.6, 7% isopropanol, 15% glycerol, 20mM Tris-Cl, 200 mM NaCl (mixed in 1:1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年8月13日 / 詳細: mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→44.59 Å / Num. obs: 35868 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 42.23 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 23.3
反射 シェル解像度: 2.03→2.08 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 1.14 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2616 / CC1/2: 0.69 / Rpim(I) all: 0.54 / % possible all: 99.8
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RAM

3ram


解像度: 2.03→35.624 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2368 1783 4.98 %
Rwork0.1969 --
obs0.1989 35783 99.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.03→35.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3017 0 2 95 3114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7764281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.6221833
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049464
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005563
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0301-2.0850.34971070.36012600X-RAY DIFFRACTION99
2.085-2.14630.2811390.28372597X-RAY DIFFRACTION100
2.1463-2.21560.35481430.2532562X-RAY DIFFRACTION100
2.2156-2.29470.45151360.36172546X-RAY DIFFRACTION98
2.2947-2.38660.27341390.21632579X-RAY DIFFRACTION100
2.3866-2.49520.25451430.20582612X-RAY DIFFRACTION100
2.4952-2.62670.23951350.19572609X-RAY DIFFRACTION100
2.6267-2.79120.23731410.20792595X-RAY DIFFRACTION100
2.7912-3.00660.23241300.20342602X-RAY DIFFRACTION100
3.0066-3.3090.29541390.20832635X-RAY DIFFRACTION100
3.309-3.78730.24341590.19422612X-RAY DIFFRACTION100
3.7873-4.76980.19221380.15952670X-RAY DIFFRACTION100
4.7698-35.620.18791340.17232781X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.628 Å / Origin y: 21.1855 Å / Origin z: 28.8788 Å
111213212223313233
T0.221 Å2-0.0165 Å2-0.0013 Å2-0.3784 Å2-0.0099 Å2--0.3699 Å2
L0.7869 °20.37 °20.746 °2-1.8445 °22.4899 °2--4.1977 °2
S-0.0254 Å °-0.3352 Å °0.0406 Å °0.1019 Å °0.0193 Å °0.0221 Å °0.0173 Å °-0.0575 Å °-0.0111 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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