PDB-7yh2: TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yh2

タイトル

TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25

要素

TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Asgard archaea / TRAPP

機能・相同性

Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Metanogen output domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Candidatus Thorarchaeota archaeon AB_25 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Robinson, R.C. / Tran, L.T.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25
著者: Tran, L.T. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2022年7月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yh2.cif.gz	145.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yh2.ent.gz	116 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yh2_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yh2_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7yh2_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	7yh2_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/7yh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25

B: TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25

ヘテロ分子

36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.311, 68.502, 72.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25 分子量: 18129.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Thorarchaeota archaeon AB_25 (古細菌) 株: AB_25 / 遺伝子: ThorAB25_09740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9P883
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5 250 mM Mg(HCO2)2 18% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1.158 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.158 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 25147 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 0.112 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 58
反射シェル	解像度: 1.91→1.94 Å / R_merge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 2433 / CC_1/2: 0.968 / R_pim(I) all: 0.162 / R_rim(I) all: 0.457 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.91→32.1 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	1999	7.95 %
R_work	0.169	23148	-
obs	0.1723	25147	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 103.31 Å² / B_iso mean: 36.106 Å² / B_iso min: 13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.91→32.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2500	0	2	160	2662
B_iso mean	-	-	26.11	42.19	-
残基数	-	-	-	-	312

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.91-1.95	0.2441	133	0.1916	1496	1629	92
1.95-2.01	0.2596	136	0.1821	1638	1774	100
2.01-2.07	0.2323	149	0.1813	1631	1780	100
2.07-2.13	0.237	132	0.1723	1639	1771	100
2.13-2.21	0.213	150	0.1685	1640	1790	100
2.21-2.3	0.2328	129	0.162	1653	1782	100
2.3-2.4	0.2158	145	0.1602	1644	1789	100
2.4-2.53	0.1872	146	0.1583	1648	1794	100
2.53-2.69	0.224	144	0.1628	1659	1803	100
2.69-2.89	0.2178	145	0.1689	1655	1800	100
2.89-3.18	0.2225	148	0.179	1664	1812	100
3.18-3.64	0.2172	143	0.1607	1680	1823	100
3.64-4.59	0.1696	152	0.155	1709	1861	100
4.59-32.1	0.2194	147	0.1846	1792	1939	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8231	-1.4098	0.7811	0.6314	-0.4384	2.971	-0.0295	-0.2276	0.0427	0.0992	0.0835	-0.0017	0.1899	-0.0507	0.0209	0.1718	-0.0036	-0.017	0.1548	-0.0121	0.156	24.5018	38.3131	69.3168
2	1.0793	0.6503	-0.4802	0.9452	0.2839	1.6813	0.2525	-0.0539	0.4415	-0.0533	0.0123	-0.2298	-0.092	0.2702	0.0035	0.1959	-0.0032	0.0102	0.209	-0.0354	0.1816	29.3996	42.9341	57.7433
3	0.7477	0.5488	-0.5239	0.6961	-0.2017	0.482	0.1995	0.4747	-0.1668	-0.2029	0.4036	-0.1277	0.778	0.2491	0.0154	0.4522	0.1557	-0.0615	0.4842	-0.0848	0.4201	37.767	29.5029	46.8111
4	0.8577	0.5564	-0.182	0.8449	0.232	0.2865	0.1006	0.4941	-0.5776	-0.137	-0.0235	0.1768	0.6821	-0.3284	0.0086	0.3706	0.0245	-0.0577	0.2633	-0.0834	0.2918	28.5048	27.3786	47.6977
5	2.1403	0.6608	0.1701	2.1009	-0.4496	2.1125	0.0547	0.1619	-0.2526	-0.0288	-0.0456	0.0778	0.5532	-0.2573	-0.0343	0.264	-0.0204	-0.0267	0.2276	-0.0151	0.2193	17.7047	31.8299	55.7125
6	5.2811	-0.9344	-0.8455	1.3427	0.5741	1.8445	0.398	0.3877	0.2971	-0.3174	-0.042	-0.1011	-0.1346	-0.0146	0.1396	0.1923	0.0371	0.0033	0.2049	-0.0419	0.1612	26.6571	38.8077	50.4894
7	1.7584	-0.7569	-0.2708	2.1388	0.8036	2.3803	0.2079	0.2184	0.1371	-0.0715	0.0697	0.1698	-0.0549	-0.7796	0.0452	0.2114	-0.02	-0.0176	0.2186	-0.0055	0.1683	16.9718	35.2273	53.6266
8	2.9882	1.3917	1.0497	1.0531	-0.4337	2.7522	-0.007	0.1024	0.0627	-0.1617	-0.0534	-0.0913	-0.0762	0.2006	-0.0003	0.1754	0.0109	-0.0158	0.1625	-0.0087	0.1768	38.3589	39.0547	67.7984
9	1.1797	-0.4479	-0.148	0.7505	0.5334	1.2952	0.342	-0.6164	0.2589	0.3079	-0.2809	0.2053	-0.084	-0.1972	-0.0023	0.2064	-0.0373	-0.0144	0.2578	0.0074	0.2017	32.9533	39.4931	79.9669
10	0.8763	-0.6851	-0.2831	0.8508	-0.0831	0.9036	-0.0318	-0.3251	-0.1172	0.2386	-0.2752	-0.1993	0.4507	0.1507	-0.0042	0.3171	-0.0177	-0.0467	0.4107	0.0682	0.4614	31.8014	22.5821	86.9613
11	0.6008	0.0319	-0.5693	0.5722	-0.2415	0.5865	0.3516	-1.1885	-0.9898	0.5265	0.0198	-0.6848	0.0602	-0.1337	0.0082	0.4936	0.0238	-0.1592	0.7565	0.0949	0.6716	44.7036	23.0956	87.425
12	1.4926	-0.2936	0.7768	1.3053	0.0655	1.0589	0.1355	0.0502	-0.4211	-0.1334	-0.1448	-0.5737	0.1641	0.4313	0.0129	0.2161	0.0202	-0.0272	0.3121	0.0177	0.3356	46.1747	33.5786	74.6789
13	3.8441	2.1108	-1.5949	1.455	-1.2541	1.0888	0.2689	-0.4499	0.0485	0.3779	-0.0726	0.0593	-0.3092	-0.008	0.0712	0.2195	-0.0438	-0.0152	0.2628	0.0657	0.248	33.1634	33.4788	84.9389
14	1.5008	1.0415	0.6809	2.6121	-0.903	1.313	0.3689	-0.4467	-0.2137	0.205	-0.401	-0.2294	-0.5033	0.3476	0.0096	0.2422	-0.0598	-0.1018	0.3874	0.0642	0.2844	44.1415	33.3666	84.2948

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 26 )	A	2 - 26
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 27 through 47 )	A	27 - 47
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 61 )	A	48 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 77 )	A	62 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 78 through 117 )	A	78 - 117
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 118 through 141 )	A	118 - 141
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 157 )	A	142 - 157
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 26 )	B	2 - 26
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 27 through 48 )	B	27 - 48
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 49 through 77 )	B	49 - 77
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 78 through 91 )	B	78 - 91
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 92 through 117 )	B	92 - 117
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 118 through 131 )	B	118 - 131
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 132 through 157 )	B	132 - 157

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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