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万見
- PDB-7yh2: TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yh2
タイトルTRAPPC3 from Thorarchaeota AB25
要素TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Asgard archaea / TRAPP
機能・相同性Trafficking protein particle complex subunit 3 / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Metanogen output domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Candidatus Thorarchaeota archaeon AB_25 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Robinson, R.C. / Tran, L.T.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJCR19S5 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H00476 日本
Other privateMoore and Simons foundations GBMF9743
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: The eukaryotic-like characteristics of small GTPase, roadblock and TRAPPC3 proteins from Asgard archaea.
著者: Tran, L.T. / Akil, C. / Senju, Y. / Robinson, R.C.
履歴
登録2022年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22025年1月29日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25
B: TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3904
ポリマ－36,2592
非ポリマー1312
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.311, 68.502, 72.666
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TRAPPC3 from Thorarchaeota AB25


分子量: 18129.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Thorarchaeota archaeon AB_25 (古細菌)
株: AB_25 / 遺伝子: ThorAB25_09740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1Q9P883
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5 250 mM Mg(HCO2)2 18% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 1.158 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.158 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→50 Å / Num. obs: 25147 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 58
反射 シェル解像度: 1.91→1.94 Å / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / Num. unique obs: 2433 / CC1/2: 0.968 / Rpim(I) all: 0.162 / Rrim(I) all: 0.457 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.91→32.1 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2117 1999 7.95 %
Rwork0.169 23148 -
obs0.1723 25147 99.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.31 Å2 / Biso mean: 36.106 Å2 / Biso min: 13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.91→32.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2500 0 2 160 2662
Biso mean--26.11 42.19 -
残基数----312
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.91-1.950.24411330.19161496162992
1.95-2.010.25961360.182116381774100
2.01-2.070.23231490.181316311780100
2.07-2.130.2371320.172316391771100
2.13-2.210.2131500.168516401790100
2.21-2.30.23281290.16216531782100
2.3-2.40.21581450.160216441789100
2.4-2.530.18721460.158316481794100
2.53-2.690.2241440.162816591803100
2.69-2.890.21781450.168916551800100
2.89-3.180.22251480.17916641812100
3.18-3.640.21721430.160716801823100
3.64-4.590.16961520.15517091861100
4.59-32.10.21941470.184617921939100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8231-1.40980.78110.6314-0.43842.971-0.0295-0.22760.04270.09920.0835-0.00170.1899-0.05070.02090.1718-0.0036-0.0170.1548-0.01210.15624.501838.313169.3168
21.07930.6503-0.48020.94520.28391.68130.2525-0.05390.4415-0.05330.0123-0.2298-0.0920.27020.00350.1959-0.00320.01020.209-0.03540.181629.399642.934157.7433
30.74770.5488-0.52390.6961-0.20170.4820.19950.4747-0.1668-0.20290.4036-0.12770.7780.24910.01540.45220.1557-0.06150.4842-0.08480.420137.76729.502946.8111
40.85770.5564-0.1820.84490.2320.28650.10060.4941-0.5776-0.137-0.02350.17680.6821-0.32840.00860.37060.0245-0.05770.2633-0.08340.291828.504827.378647.6977
52.14030.66080.17012.1009-0.44962.11250.05470.1619-0.2526-0.0288-0.04560.07780.5532-0.2573-0.03430.264-0.0204-0.02670.2276-0.01510.219317.704731.829955.7125
65.2811-0.9344-0.84551.34270.57411.84450.3980.38770.2971-0.3174-0.042-0.1011-0.1346-0.01460.13960.19230.03710.00330.2049-0.04190.161226.657138.807750.4894
71.7584-0.7569-0.27082.13880.80362.38030.20790.21840.1371-0.07150.06970.1698-0.0549-0.77960.04520.2114-0.02-0.01760.2186-0.00550.168316.971835.227353.6266
82.98821.39171.04971.0531-0.43372.7522-0.0070.10240.0627-0.1617-0.0534-0.0913-0.07620.2006-0.00030.17540.0109-0.01580.1625-0.00870.176838.358939.054767.7984
91.1797-0.4479-0.1480.75050.53341.29520.342-0.61640.25890.3079-0.28090.2053-0.084-0.1972-0.00230.2064-0.0373-0.01440.25780.00740.201732.953339.493179.9669
100.8763-0.6851-0.28310.8508-0.08310.9036-0.0318-0.3251-0.11720.2386-0.2752-0.19930.45070.1507-0.00420.3171-0.0177-0.04670.41070.06820.461431.801422.582186.9613
110.60080.0319-0.56930.5722-0.24150.58650.3516-1.1885-0.98980.52650.0198-0.68480.0602-0.13370.00820.49360.0238-0.15920.75650.09490.671644.703623.095687.425
121.4926-0.29360.77681.30530.06551.05890.13550.0502-0.4211-0.1334-0.1448-0.57370.16410.43130.01290.21610.0202-0.02720.31210.01770.335646.174733.578674.6789
133.84412.1108-1.59491.455-1.25411.08880.2689-0.44990.04850.3779-0.07260.0593-0.3092-0.0080.07120.2195-0.0438-0.01520.26280.06570.24833.163433.478884.9389
141.50081.04150.68092.6121-0.9031.3130.3689-0.4467-0.21370.205-0.401-0.2294-0.50330.34760.00960.2422-0.0598-0.10180.38740.06420.284444.141533.366684.2948
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 26 )A2 - 26
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 27 through 47 )A27 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 61 )A48 - 61
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 62 through 77 )A62 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 78 through 117 )A78 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 118 through 141 )A118 - 141
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 142 through 157 )A142 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 26 )B2 - 26
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 27 through 48 )B27 - 48
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 49 through 77 )B49 - 77
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 78 through 91 )B78 - 91
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 92 through 117 )B92 - 117
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 118 through 131 )B118 - 131
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 132 through 157 )B132 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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