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万見
- PDB-7ygy: Crystal structure of the Zn2+-bound EFhd2/Swiprosin-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ygy
タイトルCrystal structure of the Zn2+-bound EFhd2/Swiprosin-1
要素EF-hand domain-containing protein D2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / EF-hand containing protein / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


RHOD GTPase cycle / cadherin binding / membrane raft / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain-containing protein D1/2 / : / Allograft inflammatory factor 1 / EF-hand, calcium binding motif / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
EF-hand domain-containing protein D2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mun, S.A. / Park, J. / Kang, J.Y. / Park, T. / Jin, M. / Yang, J. / Eom, S.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1A2C1006267 韓国
Other privateGIST Research Institute (GRI) IIBR 韓国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical insights into Zn 2+ -bound EF-hand proteins, EFhd1 and EFhd2.
著者: Mun, S.A. / Park, J. / Kang, J.Y. / Park, T. / Jin, M. / Yang, J. / Eom, S.H.
履歴
登録2022年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EF-hand domain-containing protein D2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9064
ポリマ－13,7101
非ポリマー1963
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area5830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.900, 92.900, 92.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Space group name HallI223
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 EF-hand domain-containing protein D2 / Swiprosin-1


分子量: 13709.742 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 70-184 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: [GAMGS + EFhd2(70-184)] - GAMGS: the cleaved site after GST-TEV tag cleavage - GEPQSPSRRVFN: Part of PR domain in EFhd2, disordered - DVSS: disordered
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EFHD2, SWS1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96C19
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.5, 25% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.2851 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2851 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→65.67 Å / Num. obs: 4243 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 80.8 % / Biso Wilson estimate: 71.7 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 40.3
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Num. unique obs: 518 / CC1/2: 0.96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.20.1-4487位相決定
Coot0.8.6.1モデル構築
PHENIX1.20.1-4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5I2L

5i2l


解像度: 2.6→46.45 Å / SU ML: 0.2248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.6291
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 209 4.94 %
Rwork0.2288 4026 -
obs0.2304 4235 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→46.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数775 0 3 5 783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0104787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.18421053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0086137
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7644294
LS精密化 シェル解像度: 2.6→46.45 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2595 209 -
Rwork0.2288 4026 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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