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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ygw | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the Zn2+-bound EFhd1/Swiprosin-2 | |||||||||
要素 | EF-hand domain-containing protein D1 | |||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / EF-hand containing protein / mitochondria | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cellular hyperosmotic salinity response / calcium ion sensor activity / neuron projection development / mitochondrial inner membrane / calcium ion binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å | |||||||||
データ登録者 | Mun, S.A. / Park, J. / Kang, J.Y. / Park, T. / Jin, M. / Yang, J. / Eom, S.H. | |||||||||
資金援助 | 韓国, 2件
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引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2023 タイトル: Structural and biochemical insights into Zn 2+ -bound EF-hand proteins, EFhd1 and EFhd2. 著者: Mun, S.A. / Park, J. / Kang, J.Y. / Park, T. / Jin, M. / Yang, J. / Eom, S.H. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ygw.cif.gz | 42.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ygw.ent.gz | 22.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ygw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ygw_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ygw_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7ygw_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ygw_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7ygw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7ygw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ygvC 7ygyC 7cltS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14592.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: [GAMGS + EFhd1(69-193)](GAMGS: the cleaved site after GST-TEV tag cleavage) 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Efhd1, Sws2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9D4J1 | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 2.5 mM ZnSO4, 25% (w/v) Jeffamine ED-2001 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.28255 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.28255 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 14577 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.5 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.75 Å / Num. unique obs: 685 / CC1/2: 0.774 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7CLT 解像度: 1.72→37.96 Å / SU ML: 0.1872 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.9894 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.36 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.72→37.96 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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