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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7yg7 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the Spring Viraemia of Carp Virus ribonucleoprotein Complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE/RNA / Ribonucleoprotein / Complex / VIRUS / VIRUS LIKE PARTICLE-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Sprivivirus cyprinus (ウイルス) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Liu, B. / Wang, Z.X. / Yang, T. / Yu, D.Q. / Ouyang, Q. | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: J Virol / 年: 2023 タイトル: Structure of the Spring Viraemia of Carp Virus Ribonucleoprotein Complex Reveals Its Assembly Mechanism and Application in Antiviral Drug Screening. 著者: Zhao-Xi Wang / Bing Liu / Tian Yang / Daqi Yu / Chu Zhang / Liming Zheng / Jin Xie / Bin Liu / Mengxi Liu / Hailin Peng / Luhua Lai / Qi Ouyang / Songying Ouyang / Yong-An Zhang / 要旨: Spring viremia of carp virus (SVCV) is a highly pathogenic infecting the common carp, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat spring viremia of carp (SVC). Like all ...Spring viremia of carp virus (SVCV) is a highly pathogenic infecting the common carp, yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat spring viremia of carp (SVC). Like all negative-sense viruses, SVCV contains an RNA genome that is encapsidated by the nucleoprotein (N) in the form of a ribonucleoprotein (RNP) complex, which serves as the template for viral replication and transcription. Here, the three-dimensional (3D) structure of SVCV RNP was resolved through cryo-electron microscopy (cryo-EM) at a resolution of 3.7 Å. RNP assembly was stabilized by N and C loops; RNA was wrapped in the groove between the N and C lobes with 9 nt nucleotide per protomer. Combined with mutational analysis, our results elucidated the mechanism of RNP formation. The RNA binding groove of SVCV N was used as a target for drug virtual screening, and it was found suramin had a good antiviral effect. This study provided insights into RNP assembly, and anti-SVCV drug screening was performed on the basis of this structure, providing a theoretical basis and efficient drug screening method for the prevention and treatment of SVC. Aquaculture accounts for about 70% of global aquatic products, and viral diseases severely harm the development of aquaculture industry. Spring viremia of carp virus (SVCV) is the pathogen causing highly contagious spring viremia of carp (SVC) disease in cyprinids, especially common carp (), yet neither a vaccine nor effective therapies are available to treat this disease. In this study, we have elucidated the mechanism of SVCV ribonucleoprotein complex (RNP) formation by resolving the 3D structure of SVCV RNP and screened antiviral drugs based on the structure. It is found that suramin could competitively bind to the RNA binding groove and has good antiviral effects both and . Our study provides a template for rational drug discovery efforts to treat and prevent SVCV infections. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7yg7.cif.gz | 791.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7yg7.ent.gz | 669.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7yg7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7yg7_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7yg7_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7yg7_validation.xml.gz | 115.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7yg7_validation.cif.gz | 178.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7yg7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/7yg7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33810MC 7xpnC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46621.160 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sprivivirus cyprinus (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) #2: RNA鎖 | | 分子量: 30265.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 細胞: High Five | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 300 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 614458 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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