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- PDB-7yfn: Core module of the NuA4 complex in S. cerevisiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yfn
タイトルCore module of the NuA4 complex in S. cerevisiae
要素
  • ARP4 isoform 1
  • Actin
  • Chromatin modification-related protein EAF1
  • Enhancer of polycomb-like protein 1
  • SWR1-complex protein 4
  • Transcription-associated protein 1
キーワードTRANSFERASE / histone / acetyltransferase / H4 / NuA4
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / piccolo histone acetyltransferase complex / vacuole inheritance / ascospore wall assembly / TTT Hsp90 cochaperone complex ...: / : / RHOB GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / cellular bud neck contractile ring / mitotic actomyosin contractile ring contraction / piccolo histone acetyltransferase complex / vacuole inheritance / ascospore wall assembly / TTT Hsp90 cochaperone complex / actin cortical patch / SLIK (SAGA-like) complex / Swr1 complex / Ino80 complex / SAGA complex / intracellular membraneless organelle / DNA repair-dependent chromatin remodeling / establishment of cell polarity / NuA4 histone acetyltransferase complex / actin filament bundle / protein secretion / positive regulation of macroautophagy / Ub-specific processing proteases / actin filament / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / nucleosome / actin cytoskeleton / chromatin organization / chromatin remodeling / DNA repair / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains ...SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1 / DAMP1, SANT/Myb-like domain / SANT/Myb-like domain of DAMP1 / Enhancer of polycomb protein / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Myb-like domain profile. / domain in helicases and associated with SANT domains / Myb-like DNA-binding domain / HSA domain / Helicase/SANT-associated domain / HSA domain profile. / : / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Enhancer of polycomb-like, N-terminal / Enhancer of polycomb-like / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / SANT/Myb domain / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Actins signature 1. / Actin, conserved site / Actins signature 2. / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Homeobox-like domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ARP4 isoform 1 / SWR1-complex protein 4 / Chromatin modification-related protein EAF1 / Transcription-associated protein 1 / Enhancer of polycomb-like protein 1 / Actin
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Ji, L.T. / Zhao, L.X. / Xu, K. / Gao, H.H. / Zhou, Y. / Kornberg, R.D. / Zhang, H.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structure of the NuA4 histone acetyltransferase complex.
著者: Liting Ji / Lixia Zhao / Ke Xu / Huihan Gao / Yang Zhou / Roger D Kornberg / Heqiao Zhang /
要旨: Nucleosome acetyltransferase of H4 (NuA4), one of two major histone acetyltransferase complexes in  specifically acetylates histone H2A and H4, resulting in increased transcriptional activity. Here ...Nucleosome acetyltransferase of H4 (NuA4), one of two major histone acetyltransferase complexes in  specifically acetylates histone H2A and H4, resulting in increased transcriptional activity. Here we present a 3.8-4.0 Å resolution structure of the NuA4 complex from cryoelectron microscopy and associated biochemical studies. The determined structure comprises six subunits and appropriately 5,000 amino acids, with a backbone formed by subunits Eaf1 and Eaf2 spanning from an Actin-Arp4 module to a platform subunit Tra1. Seven subunits are missing from the cryo-EM map. The locations of missing components, Yaf9, and three subunits of the Piccolo module Esa1, Yng2, and Eaf6 were determined. Biochemical studies showed that the Piccolo module and the complete NuA4 exhibit comparable histone acetyltransferase activities, but the Piccolo module binds to nucleosomes, whereas the complete NuA4 does not. The interaction lifetime of NuA4 and nucleosome is evidently short, possibly because of subunits of the NuA4 complex that diminish the affinity of the Piccolo module for the nucleosome, enabling rapid movement from nucleosome to nucleosome.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actin
B: ARP4 isoform 1
D: Chromatin modification-related protein EAF1
E: SWR1-complex protein 4
T: Transcription-associated protein 1
F: Enhancer of polycomb-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)795,3367
ポリマ－794,8296
非ポリマー5071
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 6分子 ABDETF

#1: タンパク質 Actin


分子量: 41402.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ACT1, ABY1, END7, YFL039C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P60010
#2: タンパク質 ARP4 isoform 1


分子量: 54894.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ARP4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PX31
#3: タンパク質 Chromatin modification-related protein EAF1


分子量: 112667.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EAF1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H8UNQ6
#4: タンパク質 SWR1-complex protein 4


分子量: 55297.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SWC4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A8H4F9Y4
#5: タンパク質 Transcription-associated protein 1


分子量: 433677.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38811
#6: タンパク質 Enhancer of polycomb-like protein 1


分子量: 96889.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: EPL1, YFL024C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P43572

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非ポリマー , 1種, 1分子

#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of NuA4 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 301 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 197044 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00526992
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.65636569
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.923553
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0394038
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054692

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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