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- PDB-7ye8: Crystal structure of SARS-CoV-2 refolded dimeric ORF9b -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ye8
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 refolded dimeric ORF9b
要素ORF9b protein
キーワードVIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / ORF9b / immune escape / viral antagonist / membrane association / fold switch / lipid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / host cell mitochondrion / negative regulation of mitochondrial fission / protein sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / mitochondrial membrane / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta ...Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / negative regulation of defense response to virus / positive regulation of autophagosome assembly / host cell mitochondrion / negative regulation of mitochondrial fission / protein sequestering activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / mitochondrial membrane / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / mitochondrial outer membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Protein 9b, Betacoronavirus / Protein 9b, SARS-CoV / Betacoronavirus lipid binding protein / Sarbecovirus 9b domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OCTANE / ORF9b protein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.01 Å
データ登録者Jin, X. / Chai, Y. / Qi, J. / Song, H. / Gao, G.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Not funded 中国
引用ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2023
タイトル: Structural characterization of SARS-CoV-2 dimeric ORF9b reveals potential fold-switching trigger mechanism.
著者: Jin, X. / Sun, X. / Chai, Y. / Bai, Y. / Li, Y. / Hao, T. / Qi, J. / Song, H. / Wong, C.C.L. / Gao, G.F.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORF9b protein
B: ORF9b protein
C: ORF9b protein
D: ORF9b protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7796
ポリマ－46,5504
非ポリマー2282
水00
1
A: ORF9b protein
B: ORF9b protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3893
ポリマ－23,2752
非ポリマー1141
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10260 Å2
手法PISA
2
C: ORF9b protein
D: ORF9b protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3893
ポリマ－23,2752
非ポリマー1141
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3600 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area9380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.673, 73.673, 176.679
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

-
要素

#1: タンパク質
ORF9b protein / ORF9b / Accessory protein 9b / ORF-9b / Protein 9b


分子量: 11637.517 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: 9b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD2
#2: 化合物 ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.8M potassium phosphate monobasic, 0.1M sodium HEPES pH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 11680 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.1 % / Biso Wilson estimate: 41.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 46.615
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 19.5 % / Rmerge(I) obs: 1.392 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 302 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT1.18.2_3874データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CME

2cme


解像度: 3.01→28.29 Å / SU ML: 0.3415 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.4451
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2985 499 4.44 %
Rwork0.2416 10731 -
obs0.244 11230 96.59 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 52.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.01→28.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2478 0 16 0 2494
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00312536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71883444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0475441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0058430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6081985
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.01-3.310.41291220.29512333X-RAY DIFFRACTION86.2
3.31-3.790.3121410.26572705X-RAY DIFFRACTION100
3.79-4.770.2614970.21832797X-RAY DIFFRACTION100
4.77-28.290.26171390.22572896X-RAY DIFFRACTION99.9
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -23.1009533282 Å / Origin y: 27.0139829072 Å / Origin z: 16.406639538 Å
111213212223313233
T-0.197860401193 Å2-0.191538930353 Å20.165579669619 Å2-0.253810991697 Å20.0419270985527 Å2---0.015105498827 Å2
L0.034152161234 °20.0251666086678 °2-0.00753906831588 °2-0.0263000610104 °2-0.00795727939459 °2--0.014762148471 °2
S0.0198860788758 Å °-0.0990649810731 Å °-0.0644880307631 Å °-0.128716973424 Å °0.0636856694398 Å °-0.0131491891363 Å °-0.0028000766197 Å °-0.017114702407 Å °0.0419546554768 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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