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- PDB-7ye4: BAM-EspP complex structure with BamA-G431C and G781C/EspP-N1293C ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ye4
タイトルBAM-EspP complex structure with BamA-G431C and G781C/EspP-N1293C and A1043C mutations in nanodisc
要素
  • (Outer membrane protein assembly factor ...) x 5
  • Serine protease EspP
キーワードMEMBRANE PROTEIN / BAM / BamABCDE / EspP / Gram-negative bacteria / outer membrane protein / outer membrane barrel / BamA / BamB / BamC / BamD / BamE
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / periplasmic space / cell adhesion / serine-type endopeptidase activity / response to antibiotic ...Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / periplasmic space / cell adhesion / serine-type endopeptidase activity / response to antibiotic / cell surface / proteolysis / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily ...Peptidase S6, IgA endopeptidase / Peptidase family S6 domain / Immunoglobulin A1 protease / Peptidase family S6 domain profile. / Autotransporter beta-domain / Outer membrane autotransporter barrel / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain profile. / Autotransporter beta-domain / Autotransporter beta-domain superfamily / Autotransporter, pectate lyase C-like domain superfamily / Outer membrane protein assembly factor BamB / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamC, C-terminal / NlpB/DapX lipoprotein / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / Outer membrane lipoprotein BamD-like / SmpA / OmlA family / Outer membrane lipoprotein / BamE-like / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / Omp85 superfamily domain / beta-propeller repeat / Pectin lyase fold/virulence factor / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamC / Outer membrane protein assembly factor BamE / Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamD / Outer membrane protein assembly factor BamB / Serine protease EspP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Shen, C. / Chang, S. / Luo, Q. / Zhang, Z. / Luo, B. / Lu, G. / Zhu, X. / Wei, X. / Dong, C. / Zhang, X. ...Shen, C. / Chang, S. / Luo, Q. / Zhang, Z. / Luo, B. / Lu, G. / Zhu, X. / Wei, X. / Dong, C. / Zhang, X. / Tang, X. / Dong, H.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31900039;32000844;81971974 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis of BAM-mediated outer membrane β-barrel protein assembly.
著者: Chongrong Shen / Shenghai Chang / Qinghua Luo / Kevin Chun Chan / Zhibo Zhang / Bingnan Luo / Teng Xie / Guangwen Lu / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Ruhong Zhou / Xing Zhang / ...著者: Chongrong Shen / Shenghai Chang / Qinghua Luo / Kevin Chun Chan / Zhibo Zhang / Bingnan Luo / Teng Xie / Guangwen Lu / Xiaofeng Zhu / Xiawei Wei / Changjiang Dong / Ruhong Zhou / Xing Zhang / Xiaodi Tang / Haohao Dong /
要旨: The outer membrane structure is common in Gram-negative bacteria, mitochondria and chloroplasts, and contains outer membrane β-barrel proteins (OMPs) that are essential interchange portals of ...The outer membrane structure is common in Gram-negative bacteria, mitochondria and chloroplasts, and contains outer membrane β-barrel proteins (OMPs) that are essential interchange portals of materials. All known OMPs share the antiparallel β-strand topology, implicating a common evolutionary origin and conserved folding mechanism. Models have been proposed for bacterial β-barrel assembly machinery (BAM) to initiate OMP folding; however, mechanisms by which BAM proceeds to complete OMP assembly remain unclear. Here we report intermediate structures of BAM assembling an OMP substrate, EspP, demonstrating sequential conformational dynamics of BAM during the late stages of OMP assembly, which is further supported by molecular dynamics simulations. Mutagenic in vitro and in vivo assembly assays reveal functional residues of BamA and EspP for barrel hybridization, closure and release. Our work provides novel insights into the common mechanism of OMP assembly.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
B: Outer membrane protein assembly factor BamB
C: Outer membrane protein assembly factor BamC
D: Outer membrane protein assembly factor BamD
E: Outer membrane protein assembly factor BamE
P: Serine protease EspP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)249,6786
ポリマ－249,6786
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Outer membrane protein assembly factor ... , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA / Omp85


分子量: 90735.562 Da / 分子数: 1 / 変異: G431C,G781C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0A940
#2: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamB


分子量: 41918.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamB, yfgL, b2512, JW2496
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P77774
#3: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamC


分子量: 36875.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0A903
#4: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamD


分子量: 27858.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamD, yfiO, b2595, JW2577
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0AC02
#5: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamE


分子量: 13530.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamE, smpA, b2617, JW2598
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P0A937

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タンパク質 , 1種, 1分子 P

#6: タンパク質 Serine protease EspP


分子量: 38759.879 Da / 分子数: 1 / 変異: N1293C, A1043C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: espP, L7020, ECO57PM78
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q7BSW5, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1BAM-EspP complex with BamA-G431C and G781C/EspP-N1293C and A1043C mutations in nanodiscCOMPLEXall0RECOMBINANT
2BAMCOMPLEX#1-#51RECOMBINANT
3EspPCOMPLEX#61RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli K-12 (大腸菌)83333
23Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)83334
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
23Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)866768
緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 20 mM Tris-HCl, pH 7.8, 150 mM NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: BAM-EspP complex structure with BamA-G431C and G781C/EspP-N1293C and A1043C mutations in nanodisc
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 7.5 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2315966
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142423 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 100 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: 0.3
原子モデル構築PDB-ID: 7YD5

7yd5
PDB 未公開エントリ


Accession code: 7YD5 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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