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- PDB-7ycx: The structure of INTAC-PEC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ycx
タイトルThe structure of INTAC-PEC complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase II subunit ...) x 7
  • (DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ...) x 2
  • (Integrator complex subunit ...) x 9
  • (Negative elongation factor ...) x 4
  • (Serine/threonine-protein phosphatase 2A ...) x 2
  • (Transcription elongation factor ...) x 2
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • RNA
  • RNA_pol_L_2 domain-containing protein
  • RPB12
  • Unknown
  • Unknown2
  • non-template DNA
  • template DNA
キーワードTRANSCRIPTION / INTAC-PEC / Transcription termination / Endonuclease / Phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


U2 snRNA 3'-end processing / NELF complex / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / microfibril binding / NTRK3 as a dependence receptor / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / snRNA 3'-end processing / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity ...U2 snRNA 3'-end processing / NELF complex / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / microfibril binding / NTRK3 as a dependence receptor / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / snRNA 3'-end processing / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / mitotic sister chromatid separation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / negative regulation of DNA-templated transcription, elongation / protein phosphatase type 2A complex / protein serine/threonine phosphatase complex / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / peptidyl-threonine dephosphorylation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / snRNA processing / INTAC complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / DSIF complex / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / protein phosphatase regulator activity / GABA receptor binding / integrator complex / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / protein antigen binding / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / ERKs are inactivated / negative regulation of stem cell differentiation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / Co-stimulation by CD28 / regulation of growth / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / FGFR2 alternative splicing / MicroRNA (miRNA) biogenesis / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / inner cell mass cell proliferation / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / protein-serine/threonine phosphatase / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Capping / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / ERK/MAPK targets / mRNA Splicing - Minor Pathway / mesoderm development / protein serine/threonine phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 1 / : / : / : / : / : ...Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 1 / : / : / : / : / : / : / Integrator complex subunit 1, RP2B-binding domain / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 1, R3 domain / Integrator complex subunit 1, R4 domain / Integrator complex subunit 1, INTS2-binding domain / Integrator complex subunit 7, C-terminal domain / Integrator complex subunit 7, N-terminal / Integrator complex subunit 7 helical bundle / INTS6 beta-barrel domain / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45, C-terminal / : / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45 C-terminus / Integrator complex subunit 5, C-terminal / Integrator complex subunit 5, N-terminal / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 5 N-terminus / Integrator complex subunit 5 C-terminus / Negative elongation factor E / Negative elongation factor E, RNA recognition motif / Cofactor of BRCA1 / : / Cofactor of BRCA1 (COBRA1) / INTS4 8 helical bundle domain / Integrator subunit 4 family C-terminal Ig-like domain / : / : / NELF-A N-terminal domain / TH1 protein / TH1 protein / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Integrator complex subunit 9 / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Hepatitis delta antigen (HDAg) domain profile. / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / : / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Spt5, KOW domain repeat 6 / Transcription elongation factor SPT5, seventh KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, sixth KOW domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / Transcription initiation Spt4 / Spt4 superfamily / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Spt4/RpoE2 zinc finger / Transcription elongation factor SPT5, second KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, fifth KOW domain / Transcription elongation factor SPT5, KOWx domain / Transcription elongation factor SPT5, KOW1 domain / Transcription elongation factor SPT5, fourth KOW domain / HEAT repeat / Transcription elongation factor Spt5, eukaryote / Spt5 transcription elongation factor, N-terminal / Spt5, KOW domain repeat 2 / Spt5, KOW domain repeat 3 / Spt5, KOW domain repeat 5 / Spt5 transcription elongation factor, acidic N-terminal / NGN domain, eukaryotic / Spt5, KOW domain repeat 1 / Spt5, KOW domain repeat 4 / HEAT repeat / Spt5 C-terminal domain / Spt5 C-terminal nonapeptide repeat binding Spt4 / NGN domain / Transcription elongation factor SPT5 / Early transcription elongation factor of RNA pol II, NGN section / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / von Willebrand factor type A domain / HEAT repeats / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta ...: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB11-a / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / Transcription elongation factor SPT5 / Negative elongation factor E / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / Transcription elongation factor SPT4 / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Negative elongation factor C/D / Integrator complex subunit 1 / Negative elongation factor B / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 2 / Negative elongation factor A / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å
データ登録者Zheng, H. / Jin, Q. / Wang, X. / Qi, Y. / Liu, W. / Ren, Y. / Zhao, D. / Chen, F.X. / Cheng, J. / Chen, X. / Xu, Y.
資金援助 中国, 6件
組織認可番号国
Other governmentthe National key R&D program of China(2016YFA0500700) 中国
Other governmentthe National Natural Science Foundation of China(32030055, 31830107, 31821002) 中国
Other governmentthe Shanghai Municipal Science and Technology Major Project(2017SHZDZX01) 中国
Other governmentShanghai Municipal Science and Technology Commission(19JC1411500) 中国
Other governmentthe National Ten-Thousand Talent Program 中国
Other governmentthe Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of Sciences(XDB08000000) 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis of INTAC-regulated transcription.
著者: Hai Zheng / Qianwei Jin / Xinxin Wang / Yilun Qi / Weida Liu / Yulei Ren / Dan Zhao / Fei Xavier Chen / Jingdong Cheng / Xizi Chen / Yanhui Xu /
履歴
登録2022年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrator complex subunit 1
B: Integrator complex subunit 2
D: Integrator complex subunit 4
E: Integrator complex subunit 5
F: Integrator complex subunit 6
G: Integrator complex subunit 7
H: Integrator complex subunit 8
I: Integrator complex subunit 9
K: Integrator complex subunit 11
M: Unknown2
P: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
Q: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
U: Unknown
1: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1,DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1, CTD1, CTD2, CTD3, CTD4
2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
3: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3
4: DNA-directed RNA polymerase II subunit E
5: DNA-directed RNA polymerase II subunit F
6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
7: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9
8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
9: RNA_pol_L_2 domain-containing protein
a: RPB12
b: non-template DNA
c: RNA
d: template DNA
e: Negative elongation factor A
f: Negative elongation factor B
g: Negative elongation factor C/D
h: Negative elongation factor E
i: Transcription elongation factor SPT4
j: Transcription elongation factor SPT5
k: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
l: DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,084,52847
ポリマ－2,083,74034
非ポリマー78813
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

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Integrator complex subunit ... , 9種, 9分子 ABDEFGHIK

#1: タンパク質 Integrator complex subunit 1 / Int1


分子量: 244574.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS1, KIAA1440, UNQ1821/PRO3434 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N201
#2: タンパク質 Integrator complex subunit 2 / Int2


分子量: 134451.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS2, KIAA1287 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H0H0
#3: タンパク質 Integrator complex subunit 4 / Int4


分子量: 108306.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS4, MSTP093 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96HW7
#4: タンパク質 Integrator complex subunit 5 / Int5


分子量: 108115.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS5, KIAA1698 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6P9B9
#5: タンパク質 Integrator complex subunit 6 / Int6 / DBI-1 / Protein DDX26 / Protein deleted in cancer 1 / DICE1


分子量: 100527.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS6, DBI1, DDX26, DDX26A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UL03
#6: タンパク質 Integrator complex subunit 7 / Int7


分子量: 106952.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS7, C1orf73 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NVH2
#7: タンパク質 Integrator complex subunit 8 / Int8 / Protein kaonashi-1


分子量: 113219.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS8, C8orf52 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q75QN2
#8: タンパク質 Integrator complex subunit 9 / Int9 / Protein related to CPSF subunits of 74 kDa / RC-74


分子量: 73891.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS9, RC74 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NV88
#9: タンパク質 Integrator complex subunit 11 / Int11 / Cleavage and polyadenylation-specific factor 3-like protein / CPSF3-like protein / Protein ...Int11 / Cleavage and polyadenylation-specific factor 3-like protein / CPSF3-like protein / Protein related to CPSF subunits of 68 kDa / RC-68


分子量: 67756.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS11, CPSF3L, RC68 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q5TA45, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

+
タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 MU

#10: タンパク質・ペプチド Unknown2


分子量: 1464.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#13: タンパク質・ペプチド Unknown


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

+
Serine/threonine-protein phosphatase 2A ... , 2種, 2分子 PQ

#11: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A ...Medium tumor antigen-associated 61 kDa protein / PP2A subunit A isoform PR65-alpha / PP2A subunit A isoform R1-alpha


分子量: 65378.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R1A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30153
#12: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / PP2A-alpha / Replication protein C / RP-C


分子量: 35636.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2CA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P67775, protein-serine/threonine phosphatase

+
DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 13457kl

#14: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1,DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1, CTD1, CTD2, CTD3, CTD4 / RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / DNA-directed RNA ...RNA polymerase II subunit B1 / DNA-directed RNA polymerase II subunit A / DNA-directed RNA polymerase III largest subunit / RNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1


分子量: 217220.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLR2A, POLR2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P24928, DNA-directed RNA polymerase, RNA-directed RNA polymerase
#16: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3


分子量: 30997.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481DF93
#17: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit E / RPB5 homolog


分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VTX4
#18: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit F / DNA-directed RNA polymerases I / II / and III subunit RPABC2 / RPB6 homolog


分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VEK9
#20: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 / RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 ...RNA polymerase II subunit B9 / DNA-directed RNA polymerase II subunit I / RNA polymerase II 14.5 kDa subunit / RPB14.5


分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P60899
#33: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7


分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VKG7
#34: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 / DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB4 isoform X1


分子量: 16331.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A481BYI6

+
タンパク質 , 3種, 3分子 29a

#15: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 134041.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TVZ5, DNA-directed RNA polymerase
#22: タンパク質 RNA_pol_L_2 domain-containing protein


分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1UK25
#23: タンパク質 RPB12


分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TRS6

+
DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 2種, 2分子 68

#19: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3


分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1ULF2
#21: タンパク質 DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5


分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A493TD97

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 bd

#24: DNA鎖 non-template DNA


分子量: 14932.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#26: DNA鎖 template DNA


分子量: 14657.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
RNA鎖 , 1種, 1分子 c

#25: RNA鎖 RNA


分子量: 7432.552 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

+
Negative elongation factor ... , 4種, 4分子 efgh

#27: タンパク質 Negative elongation factor A / NELF-A / Wolf-Hirschhorn syndrome candidate 2 protein


分子量: 57343.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFA, WHSC2, P/OKcl.15 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H3P2
#28: タンパク質 Negative elongation factor B / NELF-B / Cofactor of BRCA1


分子量: 65779.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFB, COBRA1, KIAA1182 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WX92
#29: タンパク質 Negative elongation factor C/D / NELF-C/D / TH1-like protein


分子量: 66315.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFCD, NELFD, TH1, TH1L, HSPC130 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IXH7
#30: タンパク質 Negative elongation factor E / NELF-E / RNA-binding protein RD


分子量: 43320.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NELFE, RD, RDBP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P18615

+
Transcription elongation factor ... , 2種, 2分子 ij

#31: タンパク質 Transcription elongation factor SPT4 / hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor ...hSPT4 / DRB sensitivity-inducing factor 14 kDa subunit / DSIF p14 / DRB sensitivity-inducing factor small subunit / DSIF small subunit


分子量: 13508.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT4H1, SPT4H, SUPT4H / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63272
#32: タンパク質 Transcription elongation factor SPT5 / hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing ...hSPT5 / DRB sensitivity-inducing factor 160 kDa subunit / DSIF p160 / DRB sensitivity-inducing factor large subunit / DSIF large subunit / Tat-cotransactivator 1 protein / Tat-CT1 protein


分子量: 121145.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUPT5H, SPT5, SPT5H / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00267

+
非ポリマー , 3種, 13分子

#35: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#36: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#37: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1INTAC-PECCOMPLEX#1-#7, #9-#340RECOMBINANT
2INTACCOMPLEX#1-#7, #9-#14, #27-#321RECOMBINANT
3DNA-directed RNA polymerase II subunitCOMPLEX#15-#23, #33-#341NATURAL
4DNA/RNACOMPLEX#24-#261SYNTHETIC
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Homo sapiens (ヒト)9606
32Sus scrofa (ブタ)9823
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41201 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 4.18 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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