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- PDB-7ycn: Crystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with IY-2A Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ycn
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 Spike RBD in complex with IY-2A Fab
要素
  • IY-2A Fab heavy chain
  • IY-2A Fab light chain
  • Spike protein S1
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / SARS-CoV-2 / Spike / RBD / class 4 / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Mohapatra, A. / Chen, X.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan) 台湾
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for a conserved neutralization epitope on the receptor-binding domain of SARS-CoV-2.
著者: Kuan-Ying A Huang / Xiaorui Chen / Arpita Mohapatra / Hong Thuy Vy Nguyen / Lisa Schimanski / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Susan K Vester / Rory A Hills / Mark Howarth / Jennifer R Keeffe ...著者: Kuan-Ying A Huang / Xiaorui Chen / Arpita Mohapatra / Hong Thuy Vy Nguyen / Lisa Schimanski / Tiong Kit Tan / Pramila Rijal / Susan K Vester / Rory A Hills / Mark Howarth / Jennifer R Keeffe / Alexander A Cohen / Leesa M Kakutani / Yi-Min Wu / Md Shahed-Al-Mahmud / Yu-Chi Chou / Pamela J Bjorkman / Alain R Townsend / Che Ma /
要旨: Antibody-mediated immunity plays a crucial role in protection against SARS-CoV-2 infection. We isolated a panel of neutralizing anti-receptor-binding domain (RBD) antibodies elicited upon natural ...Antibody-mediated immunity plays a crucial role in protection against SARS-CoV-2 infection. We isolated a panel of neutralizing anti-receptor-binding domain (RBD) antibodies elicited upon natural infection and vaccination and showed that they recognize an immunogenic patch on the internal surface of the core RBD, which faces inwards and is hidden in the "down" state. These antibodies broadly neutralize wild type (Wuhan-Hu-1) SARS-CoV-2, Beta and Delta variants and some are effective against other sarbecoviruses. We observed a continuum of partially overlapping antibody epitopes from lower to upper part of the inner face of the RBD and some antibodies extend towards the receptor-binding motif. The majority of antibodies are substantially compromised by three mutational hotspots (S371L/F, S373P and S375F) in the lower part of the Omicron BA.1, BA.2 and BA.4/5 RBD. By contrast, antibody IY-2A induces a partial unfolding of this variable region and interacts with a conserved conformational epitope to tolerate all antigenic variations and neutralize diverse sarbecoviruses as well. This finding establishes that antibody recognition is not limited to the normal surface structures on the RBD. In conclusion, the delineation of functionally and structurally conserved RBD epitopes highlights potential vaccine and therapeutic candidates for COVID-19.
履歴
登録2022年7月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: Spike protein S1
K: IY-2A Fab heavy chain
L: IY-2A Fab light chain
A: Spike protein S1
E: IY-2A Fab heavy chain
F: IY-2A Fab light chain
B: Spike protein S1
C: IY-2A Fab heavy chain
D: IY-2A Fab light chain
G: Spike protein S1
H: IY-2A Fab heavy chain
I: IY-2A Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)276,42614
ポリマ－275,98312
非ポリマー4422
水00
1
J: Spike protein S1
K: IY-2A Fab heavy chain
L: IY-2A Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2174
ポリマ－68,9963
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5580 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area28390 Å2
手法PISA
2
A: Spike protein S1
E: IY-2A Fab heavy chain
F: IY-2A Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9963
ポリマ－68,9963
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area28360 Å2
手法PISA
3
B: Spike protein S1
C: IY-2A Fab heavy chain
D: IY-2A Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2174
ポリマ－68,9963
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area28360 Å2
手法PISA
4
G: Spike protein S1
H: IY-2A Fab heavy chain
I: IY-2A Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9963
ポリマ－68,9963
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.019, 225.150, 95.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.160, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 334 through 345 or (resid 346...
21(chain B and resid 334 through 527)
31chain G
41(chain J and (resid 334 through 345 or (resid 346...
12(chain C and (resid 1 through 74 or (resid 75...
22(chain E and (resid 1 through 131 or resid 137 through 219))
32(chain H and (resid 1 through 74 or (resid 75...
42(chain K and (resid 1 through 74 or (resid 75...
13chain D
23(chain F and resid 2 through 212)
33(chain I and resid 2 through 212)
43chain L

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 334 through 345 or (resid 346...A334 - 345
121(chain A and (resid 334 through 345 or (resid 346...A346
131(chain A and (resid 334 through 345 or (resid 346...A334 - 527
141(chain A and (resid 334 through 345 or (resid 346...A334 - 527
151(chain A and (resid 334 through 345 or (resid 346...A334 - 527
161(chain A and (resid 334 through 345 or (resid 346...A334 - 527
211(chain B and resid 334 through 527)B334 - 527
311chain GG334 - 527
411(chain J and (resid 334 through 345 or (resid 346...J334 - 345
421(chain J and (resid 334 through 345 or (resid 346...J346
431(chain J and (resid 334 through 345 or (resid 346...J334 - 528
441(chain J and (resid 334 through 345 or (resid 346...J334 - 528
451(chain J and (resid 334 through 345 or (resid 346...J334 - 528
461(chain J and (resid 334 through 345 or (resid 346...J334 - 528
112(chain C and (resid 1 through 74 or (resid 75...C1 - 74
122(chain C and (resid 1 through 74 or (resid 75...C75
132(chain C and (resid 1 through 74 or (resid 75...C1 - 219
142(chain C and (resid 1 through 74 or (resid 75...C1 - 219
152(chain C and (resid 1 through 74 or (resid 75...C1 - 219
162(chain C and (resid 1 through 74 or (resid 75...C1 - 219
212(chain E and (resid 1 through 131 or resid 137 through 219))E1 - 131
222(chain E and (resid 1 through 131 or resid 137 through 219))E137 - 219
312(chain H and (resid 1 through 74 or (resid 75...H1 - 74
322(chain H and (resid 1 through 74 or (resid 75...H75
332(chain H and (resid 1 through 74 or (resid 75...H1 - 219
342(chain H and (resid 1 through 74 or (resid 75...H1 - 219
352(chain H and (resid 1 through 74 or (resid 75...H1 - 219
362(chain H and (resid 1 through 74 or (resid 75...H1 - 219
412(chain K and (resid 1 through 74 or (resid 75...K1 - 74
422(chain K and (resid 1 through 74 or (resid 75...K75
432(chain K and (resid 1 through 74 or (resid 75...K1 - 214
442(chain K and (resid 1 through 74 or (resid 75...K1 - 214
452(chain K and (resid 1 through 74 or (resid 75...K1 - 214
462(chain K and (resid 1 through 74 or (resid 75...K1 - 214
113chain DD2 - 208
213(chain F and resid 2 through 212)F2 - 212
313(chain I and resid 2 through 212)I2 - 212
413chain LL2 - 208

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質
Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 21873.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
遺伝子: S, 2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DTC2
#2: 抗体
IY-2A Fab heavy chain


分子量: 24060.084 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体
IY-2A Fab light chain


分子量: 23062.277 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.28 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 0.1M Imidazole pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2022年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→34.05 Å / Num. obs: 94154 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 55.01 Å2 / CC1/2: 0.984 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.091 / Rrim(I) all: 0.177 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 353905 / Scaling rejects: 209
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.85-2.93.70.7121710946550.3260.4310.8331.7100
15.61-34.053.30.05317825360.9920.0340.06317.689.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ZER

6zer


解像度: 2.85→33.64 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 4687 4.98 %
Rwork0.2114 89430 -
obs0.2133 94117 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 168.14 Å2 / Biso mean: 64.1493 Å2 / Biso min: 1.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→33.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19066 0 28 0 19094
Biso mean--79.47 --
残基数----2511
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3651X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
12B3651X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
13G3651X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
14J3651X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
21C3858X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
22E3858X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
23H3858X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
24K3858X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
31D3904X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
32F3904X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
33I3904X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
34L3904X-RAY DIFFRACTION16.537TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.85-2.880.36661630.324329623125
2.88-2.920.3631630.331429533116
2.92-2.950.34561500.333229903140
2.95-2.990.33341560.322229963152
2.99-3.030.35871550.315729423097
3.03-3.070.32531720.308129543126
3.07-3.110.36861560.317329603116
3.11-3.160.32581650.296630093174
3.16-3.210.30231380.290629713109
3.21-3.260.30091520.276629493101
3.26-3.320.30411450.272130083153
3.32-3.380.31561460.267430123158
3.38-3.440.29621580.276129683126
3.44-3.510.33141530.273229593112
3.51-3.590.31651350.242729803115
3.59-3.670.31431540.256529883142
3.67-3.770.27561780.239629423120
3.77-3.870.30331510.227130053156
3.87-3.980.29661630.230629723135
3.98-4.110.21831420.19229823124
4.11-4.260.20461670.172929653132
4.26-4.430.20441910.159129523143
4.43-4.630.19551530.153930033156
4.63-4.870.181870.148929503137
4.87-5.170.19881690.143429783147
5.17-5.570.18341300.147530163146
5.57-6.130.18361490.154629983147
6.13-7.010.19131530.165230043157
7.01-8.80.20231540.155730073161
8.81-33.640.20521390.171430553194
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 45.2613 Å / Origin y: 33.1567 Å / Origin z: -0.7999 Å
111213212223313233
T0.3385 Å2-0.0577 Å2-0.0213 Å2-0.3591 Å20.0166 Å2--0.3931 Å2
L0.057 °2-0.0654 °2-0.0667 °2-0.1319 °20.1173 °2--0.5516 °2
S-0.0307 Å °0.0307 Å °0.015 Å °-0.0609 Å °-0.0008 Å °0.0022 Å °0.0236 Å °-0.1683 Å °0.0231 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allJ334 - 528
2X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 214
3X-RAY DIFFRACTION1allL2 - 208
4X-RAY DIFFRACTION1allA334 - 527
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 219
6X-RAY DIFFRACTION1allF2 - 215
7X-RAY DIFFRACTION1allB334 - 528
8X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 219
9X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 208
10X-RAY DIFFRACTION1allG334 - 527
11X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 219
12X-RAY DIFFRACTION1allI2 - 211

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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