PDB-7yc4: Acetylesterase (LgEstI) F207A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yc4

タイトル

Acetylesterase (LgEstI) F207A

要素

Alpha/beta hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Esterase / Lipase / pathogen bacteria

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus garvieae subsp. garvieae (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Do, H. / Lee, J.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and biochemical analysis of acetylesterase (LgEstI) from Lactococcus garvieae.
著者: Do, H. / Yoo, W. / Wang, Y. / Nam, Y. / Shin, S.C. / Kim, H.W. / Kim, K.K. / Lee, J.H.

履歴

登録	2022年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yc4.cif.gz	514 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yc4.ent.gz	409 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yc4_validation.pdf.gz	481.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yc4_full_validation.pdf.gz	504.4 KB	表示
XML形式データ	7yc4_validation.xml.gz	87.2 KB	表示
CIF形式データ	7yc4_validation.cif.gz	123.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7yc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7yc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yc0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase

B: Alpha/beta hydrolase

C: Alpha/beta hydrolase

D: Alpha/beta hydrolase

E: Alpha/beta hydrolase

F: Alpha/beta hydrolase

G: Alpha/beta hydrolase

H: Alpha/beta hydrolase

290 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Alpha/beta hydrolase

G: Alpha/beta hydrolase

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
72.5 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Alpha/beta hydrolase

H: Alpha/beta hydrolase

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72.5 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Alpha/beta hydrolase

D: Alpha/beta hydrolase

登録者が定義した集合体
72.5 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Alpha/beta hydrolase

F: Alpha/beta hydrolase

登録者が定義した集合体
72.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	99.200, 127.390, 104.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.173, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase 分子量: 36272.551 Da / 分子数: 8 / 変異: F207A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus garvieae subsp. garvieae (乳酸菌) 遺伝子: F4V47_03290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5M9R5N4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium Formate, pH 7.3, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→29.365 Å / Num. obs: 151387 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.712 / Num. unique obs: 7500

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7YC0

7yc0

解像度: 2.1→29.365 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 5.972 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.239 / ESU R Free: 0.199 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2451	7581	5.008 %
R_work	0.1919	143805	-
all	0.195	-	-
obs	-	151386	99.887 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.435 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.015 Å²	0 Å²	0.001 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.365 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20140	0	0	577	20717

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	20556
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	19145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.538	1.642	27917
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.281	1.579	44008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.41	5	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.714	23.255	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.884	15	3488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.89	15	128
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	2703
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	23593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4775
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	4435
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	19200
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	9846
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	10240
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	883
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.097	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.242	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.253	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.657	3.724	10068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.657	3.723	10067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.605	5.573	12571
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.606	5.573	12572
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.05	4.044	10488
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.051	4.044	10489
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.584	5.955	15346
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.584	5.955	15347
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.732	43.702	23056
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.726	43.678	22998

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.155	0.313	566	0.257	10604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.155-2.214	0.3	617	0.24	10275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.214-2.278	0.309	634	0.232	9972	X-RAY DIFFRACTION	99.9906
2.278-2.348	0.285	499	0.222	9742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.348-2.425	0.285	445	0.219	9552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.425-2.51	0.276	441	0.202	9189	X-RAY DIFFRACTION	99.9689
2.51-2.604	0.277	427	0.206	8933	X-RAY DIFFRACTION	99.9253
2.604-2.711	0.261	404	0.205	8528	X-RAY DIFFRACTION	99.8882
2.711-2.831	0.28	426	0.205	8221	X-RAY DIFFRACTION	99.9422
2.831-2.969	0.27	393	0.205	7764	X-RAY DIFFRACTION	100
2.969-3.13	0.286	398	0.224	7419	X-RAY DIFFRACTION	99.9872
3.13-3.319	0.257	393	0.211	7038	X-RAY DIFFRACTION	99.9865
3.319-3.548	0.255	346	0.206	6620	X-RAY DIFFRACTION	99.9426
3.548-3.832	0.235	316	0.184	6162	X-RAY DIFFRACTION	99.8459
3.832-4.197	0.214	313	0.162	5648	X-RAY DIFFRACTION	99.7323
4.197-4.692	0.186	260	0.147	5149	X-RAY DIFFRACTION	99.8339
4.692-5.416	0.197	268	0.163	4479	X-RAY DIFFRACTION	99.3304
5.416-6.629	0.207	187	0.164	3896	X-RAY DIFFRACTION	99.8777
6.629-9.356	0.184	154	0.147	2979	X-RAY DIFFRACTION	99.9043
9.356-29.365	0.209	94	0.175	1635	X-RAY DIFFRACTION	96.3768

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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