PDB-7yc0: Acetylesterase (LgEstI) W.T.

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yc0

タイトル

Acetylesterase (LgEstI) W.T.

要素

Alpha/beta hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Esterase / Lipase / pathogen bacteria

機能・相同性

ACETATE ION / :

機能・相同性情報

生物種

Lactococcus garvieae subsp. garvieae (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Do, H. / Lee, J.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Crystal structure and biochemical analysis of acetylesterase (LgEstI) from Lactococcus garvieae.
著者: Do, H. / Yoo, W. / Wang, Y. / Nam, Y. / Shin, S.C. / Kim, H.W. / Kim, K.K. / Lee, J.H.

履歴

登録	2022年6月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yc0.cif.gz	212.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yc0.ent.gz	164.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7yc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yc/7yc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yc4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha/beta hydrolase

B: Alpha/beta hydrolase

C: Alpha/beta hydrolase

ヘテロ分子

109 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha/beta hydrolase

B: Alpha/beta hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Alpha/beta hydrolase

ヘテロ分子

C: Alpha/beta hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.410, 92.770, 218.111
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.615, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Alpha/beta hydrolase 分子量: 36348.645 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus garvieae subsp. garvieae (乳酸菌) 遺伝子: F4V47_03290 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5M9R5N4
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.94 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M Tris-HCl, pH 7.0, 0.2M calcium acetate hydrate, 20% (w/v) PEG 3000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→28.49 Å / Num. obs: 71847 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / R_merge(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 4652 / CC_1/2: 0.961

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: model

解像度: 2→28.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 5.646 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.165 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	3591	4.998 %
R_work	0.1917	68254	-
all	0.194	-	-
obs	-	71845	98.718 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.693 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	0 Å²	-0.012 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.003 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7572	0	9	496	8077

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	7737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.565	1.642	10506
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.319	1.579	16533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.172	5	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.683	23.245	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.459	15	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.971	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1658
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	6962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	3729
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3529
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	488
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.184	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.383	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.236	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.988	4.133	3779
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.988	4.131	3777
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.001	6.189	4716
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.001	6.19	4717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.642	4.471	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.642	4.471	3959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.435	6.575	5790
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.435	6.575	5791
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.561	48.526	8834
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.538	48.368	8736

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.351	249	0.327	5106	X-RAY DIFFRACTION	99.795
2.052-2.108	0.364	297	0.323	4958	X-RAY DIFFRACTION	99.7343
2.108-2.169	0.311	240	0.265	4814	X-RAY DIFFRACTION	99.9209
2.169-2.236	0.299	239	0.291	4411	X-RAY DIFFRACTION	94.493
2.236-2.309	0.506	210	0.479	4013	X-RAY DIFFRACTION	88.2919
2.309-2.39	0.244	236	0.199	4412	X-RAY DIFFRACTION	99.8711
2.39-2.48	0.263	223	0.191	4246	X-RAY DIFFRACTION	99.9553
2.48-2.582	0.286	245	0.191	4049	X-RAY DIFFRACTION	99.9767
2.582-2.696	0.267	188	0.2	3943	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.828	0.274	184	0.186	3751	X-RAY DIFFRACTION	99.9746
2.828-2.981	0.238	176	0.189	3579	X-RAY DIFFRACTION	100
2.981-3.161	0.253	181	0.201	3382	X-RAY DIFFRACTION	100
3.161-3.38	0.261	166	0.197	3167	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.65	0.224	164	0.193	2943	X-RAY DIFFRACTION	99.8073
3.65-3.998	0.18	148	0.173	2701	X-RAY DIFFRACTION	99.1646
3.998-4.469	0.16	131	0.127	2486	X-RAY DIFFRACTION	99.9236
4.469-5.159	0.181	114	0.124	2172	X-RAY DIFFRACTION	99.8689
5.159-6.315	0.186	79	0.147	1879	X-RAY DIFFRACTION	100
6.315-8.915	0.141	80	0.118	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
8.915-28.49	0.176	41	0.152	791	X-RAY DIFFRACTION	96.7442

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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