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- PDB-7yc3: Crystal structure of FGFR4 kinase domain with 10t -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yc3
タイトルCrystal structure of FGFR4 kinase domain with 10t
要素Fibroblast growth factor receptor 4
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / Kinase / Inhibitor / STRUCTURAL PROTEIN / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / fibroblast growth factor receptor activity / positive regulation of DNA biosynthetic process ...FGFR4 mutant receptor activation / betaKlotho-mediated ligand binding / regulation of extracellular matrix disassembly / positive regulation of catalytic activity / phosphate ion homeostasis / regulation of bile acid biosynthetic process / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / fibroblast growth factor receptor activity / positive regulation of DNA biosynthetic process / PI-3K cascade:FGFR4 / fibroblast growth factor binding / positive regulation of proteolysis / regulation of lipid metabolic process / PI3K Cascade / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR4 / Signaling by FGFR4 in disease / transport vesicle / FRS-mediated FGFR4 signaling / cholesterol homeostasis / Negative regulation of FGFR4 signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / receptor protein-tyrosine kinase / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell migration / glucose homeostasis / PIP3 activates AKT signaling / heparin binding / protein autophosphorylation / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / endosome / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. ...Fibroblast growth factor receptor family / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / : / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-IIW / Fibroblast growth factor receptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.987 Å
データ登録者Chen, X.J. / Lin, Q.M. / Chen, Y.H.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81570537 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81974074 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)82172654 中国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of 5-Formyl-pyrrolo[3,2- b ]pyridine-3-carboxamides as New Selective, Potent, and Reversible-Covalent FGFR4 Inhibitors.
著者: Yang, F. / Chen, X. / Song, X. / Ortega, R. / Lin, X. / Deng, W. / Guo, J. / Tu, Z. / Patterson, A.V. / Smaill, J.B. / Chen, Y. / Lu, X.
履歴
登録2022年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroblast growth factor receptor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8168
ポリマ－34,6951
非ポリマー1,1217
水4,216234
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1110 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area15460 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.333, 61.038, 60.516
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.010, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fibroblast growth factor receptor 4 / FGFR-4


分子量: 34695.059 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain / 変異: R664E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGFR4, JTK2, TKF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22455, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-IIW / 6-bromanyl-~{N}-[5-cyano-4-(2-methoxyethylamino)pyridin-2-yl]-5-methanoyl-1-(2-morpholin-4-ylethyl)pyrrolo[3,2-b]pyridine-3-carboxamide


分子量: 556.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H26BrN7O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 4.5), 0.2 M Li2SO4, 16-19 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: Cu FINE FOCUS / 波長: 1.587 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2022年5月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.987→42.762 Å / Num. obs: 21010 / % possible obs: 99.13 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.982 / Rrim(I) all: 0.2297 / Net I/σ(I): 7.29
反射 シェル解像度: 1.987→2.058 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.28 / Num. unique obs: 1959 / CC1/2: 0.835 / % possible all: 92.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7WCT

7wct


解像度: 1.987→42.762 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 19.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.196 1050 5 %
Rwork0.1616 19955 -
obs0.1633 21005 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 87.9 Å2 / Biso mean: 28.5586 Å2 / Biso min: 13.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.987→42.762 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2352 0 69 234 2655
Biso mean--36.93 36.77 -
残基数----300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0162474
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5683358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009434
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.794939
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.987-2.09170.25761730.1884269895
2.0917-2.22280.21191510.1649283099
2.2228-2.39440.21581320.15832870100
2.3944-2.63530.20541570.16832860100
2.6353-3.01660.22181570.17282865100
3.0166-3.80020.18461470.15862880100
3.8002-42.7620.16381330.15172952100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 205.6138 Å / Origin y: 9.3991 Å / Origin z: 133.5693 Å
111213212223313233
T0.1908 Å2-0.0128 Å20.0139 Å2-0.1973 Å20.0012 Å2--0.1935 Å2
L0.5516 °2-0.1625 °20.3932 °2-0.5002 °2-0.2058 °2--0.6576 °2
S0.0089 Å °0.0034 Å °0.0122 Å °-0.0429 Å °-0.0301 Å °-0.0081 Å °0.035 Å °-0.0019 Å °0 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA453 - 752
2X-RAY DIFFRACTION1allA800
3X-RAY DIFFRACTION1allA900 - 1002
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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