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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ybr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human transthyretin variant A97S complexed with Tolcapone | ||||||
![]() | Transthyretin | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / Transport thyroxine | ||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Y.S. / Huang, C.H. / Tzeng, S.R. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: A molecular basis for tetramer destabilization and aggregation of transthyretin Ala97Ser. 著者: Wang, Y.S. / Huang, C.H. / Liou, G.G. / Hsueh, H.W. / Liang, C.T. / Tseng, H.C. / Huang, S.J. / Chao, C.C. / Hsieh, S.T. / Tzeng, S.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 934.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 935 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14995.710 Da / 分子数: 2 / 変異: A97S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 20% PEG 400, 200 mM Calcium Chloride, 100 mM HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.71→30 Å / Num. obs: 31836 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 17.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 31.57377 |
反射 シェル | 解像度: 1.71→1.77 Å / Rmerge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2555 / Rpim(I) all: 0.211 / Rrim(I) all: 0.425 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2QGB 解像度: 1.71→25.87 Å / SU ML: 0.184 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.4889 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.85 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.71→25.87 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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