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- PDB-7yav: Crystal structure of Diels-Alderase MaDA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yav
タイトルCrystal structure of Diels-Alderase MaDA1
要素MaDA1
キーワードPLANT PROTEIN / natural product biosynthetic enzyme
機能・相同性FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
機能・相同性情報
生物種Morus alba (カラグワ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Lei, X.G. / Chen, R.C. / Du, X.X. / Yang, J. / Fan, J.P. / Guo, N.X. / Ding, Q.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)22193073 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91853202 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The evolutionary origin of naturally occurring intermolecular Diels-Alderases from Morus alba.
著者: Ding, Q. / Guo, N. / Gao, L. / McKee, M. / Wu, D. / Yang, J. / Fan, J. / Weng, J.K. / Lei, X.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: MaDA1
A: MaDA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,5457
ポリマ－122,3102
非ポリマー2,2355
水10,178565
1
B: MaDA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1623
ポリマ－61,1551
非ポリマー1,0072
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: MaDA1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3834
ポリマ－61,1551
非ポリマー1,2283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.783, 104.521, 141.657
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 MaDA1


分子量: 61155.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Morus alba (カラグワ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 565 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 71677 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Num. unique obs: 3567 / CC1/2: 0.863 / CC star: 0.963

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootcoot 0.8.9.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7E2V

7e2v


解像度: 2.1→20 Å / SU ML: 0.2069 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.438
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2262 1999 2.89 %
Rwork0.1951 67263 -
obs0.196 69262 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8011 0 148 565 8724
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00768371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.848811367
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05661232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00751435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.29863023
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.160.24171170.18873915X-RAY DIFFRACTION79.51
2.16-2.220.22841270.18534307X-RAY DIFFRACTION87.85
2.22-2.280.23831340.20294492X-RAY DIFFRACTION91.37
2.28-2.350.26161380.19114642X-RAY DIFFRACTION94.32
2.35-2.440.25581450.194884X-RAY DIFFRACTION98.47
2.44-2.540.2441450.18284886X-RAY DIFFRACTION99.51
2.54-2.650.21631470.18854924X-RAY DIFFRACTION99.67
2.65-2.790.26021470.18394938X-RAY DIFFRACTION99.88
2.79-2.960.22661470.18614978X-RAY DIFFRACTION99.82
2.96-3.190.20361490.18614971X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.510.21051490.19045001X-RAY DIFFRACTION100
3.51-4.020.20741490.1875017X-RAY DIFFRACTION100
4.02-5.050.19781500.18815047X-RAY DIFFRACTION100
5.05-200.25651550.24075261X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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