PDB-7yan: UDP-glucuronosyltransferase2B17 C-terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7yan

タイトル

UDP-glucuronosyltransferase2B17 C-terminal domain

要素

UDP-glucuronosyltransferase 2B17

キーワード

TRANSFERASE / Complex / truncation

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronosyltransferase / Glucuronidation / glucuronosyltransferase activity / cellular glucuronidation / estrogen metabolic process / Prednisone ADME / Aspirin ADME / steroid metabolic process / xenobiotic metabolic process / endoplasmic reticulum membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Wang, C.Y. / Zhang, L.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: UDP-glucuronosyltransferase2B17 C-terminal domain
著者: Wang, C.Y. / Zhang, L.

履歴

登録	2022年6月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7yan.cif.gz	142 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7yan.ent.gz	106.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7yan.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7yan_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7yan_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7yan_validation.xml.gz	26.5 KB	表示
CIF形式データ	7yan_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7yan ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7yan	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ipbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glucuronosyltransferase 2B17

B: UDP-glucuronosyltransferase 2B17

C: UDP-glucuronosyltransferase 2B17

D: UDP-glucuronosyltransferase 2B17

ヘテロ分子

84.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-glucuronosyltransferase 2B17

B: UDP-glucuronosyltransferase 2B17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
42.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: UDP-glucuronosyltransferase 2B17

ヘテロ分子

D: UDP-glucuronosyltransferase 2B17

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.150, 57.308, 74.074
Angle α, β, γ (deg.)	99.245, 94.715, 90.118
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	UDP-glucuronosyltransferase 2B17 / UDPGT 2B17 / UGT2B17 / C19-steroid-specific UDP-glucuronosyltransferase / C19-steroid-specific UDPGT 分子量: 21046.270 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UGT2B17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75795, glucuronosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 6000, 0.2M Na-Tartrate, 0.2M KCl, 2% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 200K / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→19.11 Å / Num. obs: 20837 / % possible obs: 97.45 % / 冗長度: 2.7 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.0978 / Net I/σ(I): 8.05
反射シェル	解像度: 2.5→2.589 Å / Num. unique obs: 2019 / CC_1/2: 0.893

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
CrysalisPro		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6IPB

6ipb

解像度: 2.5→19.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.838 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.763 / SU B: 17.612 / SU ML: 0.388 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.432 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3308	1012	4.857 %
R_work	0.2677	19825	-
all	0.271	-	-
obs	-	20837	97.469 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.094 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.008 Å²	0.001 Å²	0.025 Å²
2-	-	0.002 Å²	-0.027 Å²
3-	-	-	-0.006 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5052	0	40	46	5138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	5196
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4907
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.459	1.644	7014
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.138	1.576	11473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.858	5	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.607	24.182	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.184	15	941
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.802	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.051	0.2	692
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5688
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.156	0.2	2432
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	132
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.143	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.304	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.336	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.414	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.225	1.89	2613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.224	1.889	2612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.153	2.831	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.153	2.832	3261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.108	2.003	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.108	2.004	2580
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.917	2.941	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.917	2.941	3753
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.688	22.432	5671
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.689	22.433	5668

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5-2.565	0.448	70	0.303	1434	X-RAY DIFFRACTION	92.8395
2.565-2.635	0.423	74	0.299	1399	X-RAY DIFFRACTION	97.2277
2.635-2.711	0.424	69	0.299	1431	X-RAY DIFFRACTION	98.7492
2.711-2.795	0.388	77	0.29	1336	X-RAY DIFFRACTION	99.3671
2.795-2.886	0.327	86	0.325	1346	X-RAY DIFFRACTION	99.5828
2.886-2.987	0.445	67	0.308	1302	X-RAY DIFFRACTION	99.7087
2.987-3.1	0.325	64	0.281	1210	X-RAY DIFFRACTION	99.376
3.1-3.226	0.352	49	0.27	1212	X-RAY DIFFRACTION	99.6051
3.226-3.369	0.324	49	0.244	1165	X-RAY DIFFRACTION	99.0212
3.369-3.533	0.314	40	0.257	1107	X-RAY DIFFRACTION	99.3934
3.533-3.724	0.347	50	0.258	1030	X-RAY DIFFRACTION	98.7203
3.724-3.949	0.264	44	0.245	979	X-RAY DIFFRACTION	97.6145
3.949-4.221	0.245	50	0.227	916	X-RAY DIFFRACTION	98.0711
4.221-4.558	0.271	41	0.235	842	X-RAY DIFFRACTION	97.033
4.558-4.991	0.326	44	0.256	766	X-RAY DIFFRACTION	96.5435
4.991-5.577	0.293	47	0.271	696	X-RAY DIFFRACTION	96.8709
5.577-6.434	0.352	30	0.273	616	X-RAY DIFFRACTION	96.4179
6.434-7.864	0.277	33	0.256	497	X-RAY DIFFRACTION	93.8053
7.864-11.057	0.216	20	0.223	379	X-RAY DIFFRACTION	91.3044
11.057-19.11	0.233	8	0.286	162	X-RAY DIFFRACTION	68.5484

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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