PDB-7ya4: Formate dehydrogenase from Novosphingobium sp. AP12 with NAD and Azide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ya4

タイトル

Formate dehydrogenase from Novosphingobium sp. AP12 with NAD and Azide

要素

Formate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Formate dehydrogenase / Complex / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Novosphingobium sp. AP12 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Kim, S. / Kim, K.-J.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dual cofactor specific formate dehydrogenase from Novosphingobium sp. AP12 with high activity.
著者: Kim, S. / Kim, K.-J.

履歴

登録	2022年6月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月23日	Group: Data collection カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_planes Item: _pdbx_validate_planes.type
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ya4.cif.gz	591.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ya4.ent.gz	474.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ya4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ya4_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ya4_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7ya4_validation.xml.gz	61.5 KB	表示
CIF形式データ	7ya4_validation.cif.gz	90.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7ya4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7ya4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ya3C 4xybS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Formate dehydrogenase

B: Formate dehydrogenase

C: Formate dehydrogenase

D: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

176 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Formate dehydrogenase

C: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
88.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Formate dehydrogenase

D: Formate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
88 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.794, 95.789, 117.930
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.282, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase 分子量: 43524.391 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tag: LEHHHHHH (385-392) 由来: (組換発現) Novosphingobium sp. AP12 (バクテリア) 遺伝子: PMI02_01157 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: J2HCX1, formate dehydrogenase

-
非ポリマー , 7種, 978分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 965 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.74 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Tacsimate (Hampton Research, USA)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 143534 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.287 / Num. unique obs: 6878

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XYB

4xyb

解像度: 1.8→34.138 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 2.5 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1908	7007	4.988 %
R_work	0.1552	133479	-
all	0.157	-	-
obs	-	140486	97.707 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.076 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.855 Å²	-0 Å²	-1.96 Å²
2-	-	1.168 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.312 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.138 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11796	0	135	965	12896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	12231
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	11110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.533	1.641	16612
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.527	1.555	25920
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.136	5	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.777	10	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.134	10	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.154	10	530
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	13849
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2350
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.219	0.2	2341
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	10387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	5901
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	6054
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	774
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.069	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.168	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.346	1.705	6065
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.338	1.704	6064
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.826	2.55	7573
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.826	2.55	7574
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.247	1.949	6166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.247	1.949	6167
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.502	2.813	9039
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.502	2.813	9040
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.207	24.85	13747
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.17	24.456	13540

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.8-1.847	0.243	483	0.213	9430	0.214	10541	0.953	0.966	94.0423	0.177
1.847-1.897	0.241	514	0.201	9467	0.203	10324	0.959	0.971	96.6776	0.166
1.897-1.952	0.21	471	0.185	9243	0.186	10019	0.969	0.976	96.9558	0.153
1.952-2.012	0.221	456	0.179	8981	0.181	9706	0.965	0.979	97.2285	0.151
2.012-2.077	0.206	463	0.165	8794	0.167	9462	0.973	0.982	97.8334	0.14
2.077-2.15	0.218	473	0.164	8493	0.167	9130	0.97	0.983	98.2037	0.144
2.15-2.231	0.204	444	0.152	8184	0.154	8813	0.973	0.985	97.9008	0.134
2.231-2.322	0.198	403	0.15	7860	0.152	8466	0.976	0.986	97.6022	0.131
2.322-2.424	0.192	411	0.146	7601	0.148	8173	0.978	0.987	98.0301	0.13
2.424-2.542	0.186	379	0.142	7241	0.145	7778	0.979	0.988	97.9686	0.128
2.542-2.679	0.203	346	0.145	6894	0.147	7397	0.977	0.987	97.8775	0.132
2.679-2.84	0.18	341	0.147	6585	0.149	7057	0.98	0.987	98.1437	0.138
2.84-3.035	0.196	326	0.158	6153	0.16	6584	0.977	0.985	98.4052	0.15
3.035-3.276	0.189	316	0.164	5783	0.165	6155	0.978	0.984	99.0902	0.161
3.276-3.585	0.198	271	0.163	5379	0.165	5687	0.979	0.986	99.3494	0.165
3.585-4.003	0.172	268	0.15	4862	0.151	5154	0.984	0.988	99.5343	0.155
4.003-4.611	0.144	233	0.124	4294	0.125	4554	0.989	0.992	99.4071	0.135
4.611-5.622	0.144	177	0.135	3679	0.136	3892	0.989	0.991	99.075	0.15
5.622-7.845	0.175	147	0.144	2878	0.146	3032	0.985	0.99	99.7691	0.159
7.845-34.138	0.194	85	0.147	1678	0.149	1785	0.986	0.99	98.7675	0.18

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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