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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ya3 | ||||||
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タイトル | Formate dehydrogenase from Novosphingobium sp. AP12 with NADP and Azide | ||||||
要素 | Formate dehydrogenaseギ酸デヒドロゲナーゼ | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Formate dehydrogenase (ギ酸デヒドロゲナーゼ) / Complex / NADP (ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリン酸) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 formate catabolic process / ギ酸デヒドロゲナーゼ / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Novosphingobium sp. AP12 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, S. / Kim, K.-J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Dual cofactor specific formate dehydrogenase from Novosphingobium sp. AP12 with high activity. 著者: Kim, S. / Kim, K.-J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ya3.cif.gz | 163.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ya3.ent.gz | 127.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ya3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7ya3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ya/7ya3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7ya4C 6t9wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43524.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tag: LEHHHHHH (385-392) 由来: (組換発現) Novosphingobium sp. AP12 (バクテリア) 遺伝子: PMI02_01157 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: J2HCX1, EC: 1.17.1.10 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium malonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月24日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14557 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 3.097 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 59350 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6t9w 解像度: 3→30.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 20.721 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.511 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.03 Å2 / Biso mean: 65.903 Å2 / Biso min: 19.7 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3→30.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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