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- PDB-7ya3: Formate dehydrogenase from Novosphingobium sp. AP12 with NADP and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ya3
タイトルFormate dehydrogenase from Novosphingobium sp. AP12 with NADP and Azide
要素Formate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Formate dehydrogenase / Complex / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AZIDE ION / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Novosphingobium sp. AP12 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kim, S. / Kim, K.-J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science, ICT and Future Planning (MSIP)2021M3D3A1A01079480_2021-5 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dual cofactor specific formate dehydrogenase from Novosphingobium sp. AP12 with high activity.
著者: Kim, S. / Kim, K.-J.
履歴
登録2022年6月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月23日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_planes
Item: _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22023年11月29日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate dehydrogenase
B: Formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6206
ポリマ－87,0492
非ポリマー1,5714
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10400 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area26280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.343, 64.343, 180.621
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Formate dehydrogenase / FDH / NAD-dependent formate dehydrogenase


分子量: 43524.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: His-tag: LEHHHHHH (385-392)
由来: (組換発現) Novosphingobium sp. AP12 (バクテリア)
遺伝子: PMI02_01157 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: J2HCX1, EC: 1.17.1.10
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.73 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 14557 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 3.097 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 59350
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.053.40.3057250.8550.1840.3581.49698.6
3.05-3.113.50.2786800.870.1660.3261.68397.3
3.11-3.173.50.2367350.9170.140.2761.64398.7
3.17-3.233.70.227300.940.1260.2551.70498.9
3.23-3.33.90.1797180.9570.10.2051.89699.6
3.3-3.3840.1657470.9640.0910.1892.14299.2
3.38-3.4640.1476970.9730.0810.1682.19499.3
3.46-3.564.20.1297480.9810.0690.1472.27799.2
3.56-3.664.40.1377120.9780.070.1543.65299.9
3.66-3.784.50.1427760.9790.0710.1595.50799.7
3.78-3.914.30.0946990.990.0490.1072.78299.7
3.91-4.074.10.097280.9910.0470.1023.03999.2
4.07-4.264.10.0797360.9930.0420.093.1999.7
4.26-4.484.40.0947130.9890.0480.1066.40899.6
4.48-4.7640.0667320.9930.0350.0753.18299.5
4.76-5.134.20.0687450.9930.0360.0773.10399.7
5.13-5.644.20.0717310.9930.0370.082.86299.2
5.64-6.464.40.0677370.9940.0350.0762.91699.6
6.46-8.134.50.0567380.9960.0290.0633.09399.7
8.13-504.10.0567300.9930.0310.0645.0996.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0352精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6t9w

6t9w


解像度: 3→30.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 20.721 / SU ML: 0.374 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.511 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2527 704 4.8 %RANDOM
Rwork0.1673 ---
obs0.1715 13839 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 134.03 Å2 / Biso mean: 65.903 Å2 / Biso min: 19.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å2-0 Å20 Å2
2--1.12 Å20 Å2
3----2.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→30.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5947 0 102 2 6051
Biso mean--58.36 27.02 -
残基数----766
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0126207
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0165602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3941.6438447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.4561.55513069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3425764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg14.5711036
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.743101001
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.2922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021198
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 44 -
Rwork0.261 984 -
all-1028 -
obs--95.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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