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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y9x | ||||||
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タイトル | Structure of the Cas7-11-Csx29-guide RNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / CRISPR / RNase / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | CHAT domain / CHAT domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / RNA / RNA (> 10) / CRISPR-associated RAMP family protein / CHAT domain-containing protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Desulfonema ishimotonii (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å | ||||||
データ登録者 | Kato, K. / Okazaki, S. / Ishikawa, J. / Isayama, Y. / Nishizawa, T. / Nishimasu, H. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: RNA-triggered protein cleavage and cell growth arrest by the type III-E CRISPR nuclease-protease. 著者: Kazuki Kato / Sae Okazaki / Cian Schmitt-Ulms / Kaiyi Jiang / Wenyuan Zhou / Junichiro Ishikawa / Yukari Isayama / Shungo Adachi / Tomohiro Nishizawa / Kira S Makarova / Eugene V Koonin / ...著者: Kazuki Kato / Sae Okazaki / Cian Schmitt-Ulms / Kaiyi Jiang / Wenyuan Zhou / Junichiro Ishikawa / Yukari Isayama / Shungo Adachi / Tomohiro Nishizawa / Kira S Makarova / Eugene V Koonin / Omar O Abudayyeh / Jonathan S Gootenberg / Hiroshi Nishimasu / 要旨: The type III-E CRISPR-Cas7-11 effector binds a CRISPR RNA (crRNA) and the putative protease Csx29 and catalyzes crRNA-guided RNA cleavage. We report cryo-electron microscopy structures of the Cas7-11- ...The type III-E CRISPR-Cas7-11 effector binds a CRISPR RNA (crRNA) and the putative protease Csx29 and catalyzes crRNA-guided RNA cleavage. We report cryo-electron microscopy structures of the Cas7-11-crRNA-Csx29 complex with and without target RNA (tgRNA), and demonstrate that tgRNA binding induces conformational changes in Csx29. Biochemical experiments revealed tgRNA-dependent cleavage of the accessory protein Csx30 by Csx29. Reconstitution of the system in bacteria showed that Csx30 cleavage yields toxic protein fragments that cause growth arrest, which is regulated by Csx31. Csx30 binds Csx31 and the associated sigma factor RpoE (RNA polymerase, extracytoplasmic E), suggesting that Csx30-mediated RpoE inhibition modulates the cellular response to infection. We engineered the Cas7-11-Csx29-Csx30 system for programmable RNA sensing in mammalian cells. Overall, the Cas7-11-Csx29 effector is an RNA-dependent nuclease-protease. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y9x.cif.gz | 475.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y9x.ent.gz | 374.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y9x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7y9x_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7y9x_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7y9x_validation.xml.gz | 66.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7y9x_validation.cif.gz | 99.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/7y9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y9/7y9x | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33695MC 7y9yC 8gs2C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88311.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfonema ishimotonii (バクテリア) 遺伝子: DENIS_1081 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401FT52 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 185609.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Desulfonema ishimotonii (バクテリア) 遺伝子: DENIS_1082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A401FT36 | ||
#3: RNA鎖 | 分子量: 12134.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Desulfonema ishimotonii (バクテリア) | ||
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm |
撮影 | 電子線照射量: 76.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 691666 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.19 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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