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万見
- PDB-7y98: Crystal structure of CYP109B4 from Bacillus Sonorensis in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y98
タイトルCrystal structure of CYP109B4 from Bacillus Sonorensis in complex with Testosterone
要素Cytochrome P450 monooxygenase YjiB
キーワードOXIDOREDUCTASE / substrate binding / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / TESTOSTERONE / Cytochrome P450 monooxygenase YjiB
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus sonorensis L12 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Shen, P.P. / Huang, J.-W. / Li, X. / Liu, W.D. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Rationally Controlling Selective Steroid Hydroxylation via Scaffold Sampling of a P450 Family
著者: Zhang, X. / Shen, P. / Zhao, J. / Chen, Y. / Li, X. / Huang, J.W. / Zhang, L. / Li, Q. / Gao, C. / Xing, Q. / Chen, C.C. / Guo, R.T. / Li, A.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 monooxygenase YjiB
B: Cytochrome P450 monooxygenase YjiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7926
ポリマ－92,9822
非ポリマー1,8104
水3,153175
1
A: Cytochrome P450 monooxygenase YjiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3963
ポリマ－46,4911
非ポリマー9052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 monooxygenase YjiB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3963
ポリマ－46,4911
非ポリマー9052
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.722, 95.703, 78.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.300, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 monooxygenase YjiB


分子量: 46490.848 Da / 分子数: 2 / 変異: C40Y,N49S,L264F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus sonorensis L12 (バクテリア)
遺伝子: BSONL12_06623 / プラスミド: pRSF-DuetI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M5PFT9
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-TES / TESTOSTERONE / テストステロン


分子量: 288.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 % / Mosaicity: 1.043 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 20% PEG 4000, 0.1M Na-Citrate pH 5.6, 20% iso-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年12月19日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→25 Å / Num. obs: 45487 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.725 / Num. unique obs: 4006 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4RM4

4rm4


解像度: 2.27→24.65 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 35.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 2005 4.42 %
Rwork0.237 43365 -
obs0.239 45370 93.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.63 Å2 / Biso mean: 56.54 Å2 / Biso min: 28.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.27→24.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6086 0 128 175 6389
Biso mean--51.51 50.62 -
残基数----751
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.27-2.350.41581730.34134099427289
2.35-2.450.37172160.3144067428389
2.45-2.560.34181740.29444160433490
2.56-2.690.33391840.28984175435990
2.69-2.860.30031920.28654262445493
2.86-3.080.32262090.28044455466496
3.08-3.390.30442160.26234493470998
3.39-3.880.26912130.23074584479798
3.88-4.880.21252150.19544494470997
4.88-24.650.24542130.18754576478997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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