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- PDB-7y8x: Crystal structure of AlbEF homolog from Quasibacillus thermotoler... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y8x

タイトル

Crystal structure of AlbEF homolog from Quasibacillus thermotolerans in complex with Ni(II)

要素

AlbE homolog
AlbF homolog

キーワード

HYDROLASE / Subtilosin Biosynthesis / M16B Metalloprotease / Macrocyclase

機能・相同性

Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / : / :

機能・相同性情報

生物種

Quasibacillus thermotolerans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Ishida, K. / Nakamura, A. / Kojima, S.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of the AlbEF complex involved in subtilosin A biosynthesis.
著者: Ishida, K. / Nakamura, A. / Kojima, S.

履歴

登録	2022年6月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y8x.cif.gz	390.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y8x.ent.gz	265.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y8x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7y8x_validation.pdf.gz	468.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y8x_full_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示
XML形式データ	7y8x_validation.xml.gz	26.9 KB	表示
CIF形式データ	7y8x_validation.cif.gz	36.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7y8uSC 7y8vC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

E: AlbE homolog

F: AlbF homolog

ヘテロ分子

89.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.382, 136.382, 118.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21
Space group name Hall	P3₁2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+1/3 #3: -x+y,-x,z+2/3 #4: x-y,-y,-z+2/3 #5: -x,-x+y,-z+1/3 #6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 EF

#1: タンパク質	AlbE homolog 分子量: 45754.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Quasibacillus thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A837GIQ1
#2: タンパク質	AlbF homolog 分子量: 42629.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Quasibacillus thermotolerans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A837GEN5

-
非ポリマー , 4種, 98分子

#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: sodium/potassium phosphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→44.71 Å / Num. obs: 60598 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.4 % / B_iso Wilson estimate: 47.64 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.049 / R_pim(I) all: 0.011 / R_rim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 40.5
反射シェル	解像度: 2.25→2.31 Å / 冗長度: 21.3 % / R_merge(I) obs: 0.638 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / Num. unique obs: 4435 / CC_1/2: 0.976 / R_pim(I) all: 0.14 / R_rim(I) all: 0.653 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS	20171218	データ削減
Aimless	0.7.1	データスケーリング
MOLREP	11.6.03	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7Y8U

7y8u

解像度: 2.25→44.71 Å / SU ML: 0.2386 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / 位相誤差: 24.1925
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2332	2881	4.76 %
R_work	0.2	57672	-
obs	0.2015	60553	99.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→44.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5883	0	79	80	6042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0019	6083
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4121	8201
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0395	907
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0028	1032
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7608	2240

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.29	0.2534	151	0.2537	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.37
2.29-2.33	0.2509	114	0.2335	2714	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.33-2.37	0.2464	133	0.2329	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.37-2.41	0.2652	150	0.2263	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.41-2.46	0.2299	101	0.2293	2758	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.46-2.52	0.2449	149	0.2244	2727	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.52-2.58	0.2625	156	0.2311	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.58-2.64	0.2719	172	0.2467	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.64-2.71	0.2673	154	0.2451	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.71-2.79	0.2889	122	0.2576	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.79-2.88	0.311	129	0.2458	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.88-2.98	0.2771	108	0.2396	2749	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.98-3.1	0.2608	124	0.2248	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.24	0.287	144	0.2272	2719	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.24-3.42	0.2294	138	0.2187	2764	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.42-3.63	0.2795	146	0.1952	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.63-3.91	0.2199	95	0.1902	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.3	0.2066	159	0.176	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.3-4.92	0.1921	130	0.148	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.93-6.2	0.2186	153	0.1949	2811	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2-44.71	0.1965	153	0.1798	2896	X-RAY DIFFRACTION	99.84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.61543828006	-3.5289755445	-2.93761400349	3.60301133009	5.0468433214	8.31353096114	0.43809693448	-0.785946902973	0.554488451306	0.981616234607	-0.102647942785	-0.444819411346	-0.726856761205	0.17709998156	-0.359342691854	0.906850158422	0.0135650518478	-0.0591515827399	0.738792619412	0.0257495329896	0.459446941556	70.8608191856	1.86309458576	36.9281947874
2	6.81925254993	5.07856192314	-3.9878692825	4.01272417951	-1.80703904711	8.26360325872	-1.14638448479	-0.406043911386	-1.27144477363	-0.596168499818	1.00049813753	-0.50415606545	0.688470212745	1.36755381467	0.05838747813	0.547103045615	0.0994076917725	0.164392022141	0.441022231079	-0.0510231719462	0.643562064165	75.8372873251	-9.26347355262	24.6696018918
3	5.89916947966	1.76044259475	3.79010900272	8.79057379644	-0.895528131656	7.2084445504	0.3560135542	-0.152742160974	1.24488117767	-0.578102341139	-0.320778054325	-0.113863018017	-0.867217692317	-0.0648102412266	0.0011762359987	0.622754118651	-0.00133826476589	0.13941960621	0.191290831468	-0.0270611901109	0.360434056147	69.1459817525	5.11487421244	24.3793256421
4	7.17441520212	3.02560926494	-4.88470797135	5.5672038623	-3.76714748331	9.49987709407	-0.291456625155	-1.14794688574	0.239559813752	1.0918075185	2.30014398717	3.77285837555	-0.250852158413	-1.38027537086	-1.92059496256	1.03843993277	0.0684737493596	0.158850198021	0.840150557056	0.383495284991	1.88355066243	49.6139582219	12.5395314287	17.788047541
5	5.85983854612	-1.19439876642	1.97631888081	5.37710384354	-1.57646324574	4.515258761	-0.293277459025	0.823292864564	0.0848623997001	-1.11035913852	0.190973735235	0.181517781767	0.0342948497158	-0.0667641042977	0.104583414384	0.945345155716	-0.158071886992	-0.0621677574064	0.463222124884	0.0853776443195	0.420118142296	65.5260428973	11.9083276868	9.45094822216
6	3.97477159848	-5.49729186874	-0.872317355177	8.56452904835	-1.08131638126	5.26955982717	-0.225090467282	1.18422491322	-0.173788955492	-0.994986158961	0.0362941190693	-0.206306700336	0.0228820044705	0.31326588487	0.229484440666	0.861289343861	-0.223783977044	0.0820119037754	0.514008347212	0.0456320883383	0.482074900668	72.2214932558	4.70649443839	14.4515314587
7	7.56979215875	4.54369037326	-3.29430856541	9.89360326963	-1.43555608287	5.77145382299	-0.323615102501	0.506729697124	0.500145271439	-0.190805496133	0.147286309919	1.47960409255	-0.634165904839	-1.13764691337	0.164608872546	0.684942465067	-0.0711326287719	-0.209971772871	0.876053317378	0.188651779662	0.953634913189	52.1902177375	4.1550612761	21.4819232495
8	2.25818021603	-3.06552935099	-0.781811056496	4.21316091988	0.949641616455	1.99955732267	-0.544227483118	0.585107378323	-0.132149053422	0.0362679298338	0.160029089951	0.275655454061	-0.000149242288703	-0.0645806621794	0.414242510662	0.689720289449	-0.0169647476283	0.037133969729	0.360340771286	0.0456621436216	0.429377250412	68.2739697566	5.40912143534	20.1771641896
9	5.63666046833	-5.99006868409	-4.59551426831	6.35272357457	4.8733052719	3.74331853422	-0.826448922231	-0.446876465541	0.726919497881	0.439722120339	0.63726983199	-1.32518728549	-0.0867573377922	0.573492694467	0.209150630398	0.825459497761	0.0301896379081	0.00800734535084	0.718652185756	0.00257129098244	0.907181176875	84.5437712972	3.44637080372	21.694314063
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52	2.50993467879	4.13776226977	0.555844958645	9.1685484445	-0.599098544643	2.16501529272	0.187392021726	1.14266124328	0.648746058516	-0.0968998921951	0.438879030945	0.555805942956	-0.66840769444	0.107823548328	-0.633985957278	1.09177572132	0.135292227785	0.0844950789344	0.799867414636	0.251696427172	0.67311967701	81.804626211	-5.9578627367	-17.3065075902
53	6.35741276096	2.83265603227	-1.79602177931	4.89192855172	-5.13930686471	5.71296815657	-0.227813948684	0.324191460067	0.935399259092	0.431254376155	0.240633529797	-0.568694891912	-3.1447673262	-0.171464168048	-0.0556284894321	1.2517003929	-0.203774428057	0.0533444620987	0.536136606299	-0.0716841445964	0.716181872314	87.2812518795	-1.64615931842	1.01204830894
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55	7.24058800197	3.63648130965	0.123527902643	6.41591391955	-2.59020158569	9.31195036503	0.215311192335	-0.147832183318	0.420187307509	-0.372724056633	-0.28259115251	0.00261233408739	-0.141262753651	0.288483732026	0.0501907121301	0.368032282952	-0.0251447717581	0.0198990481434	0.315293507229	-0.0351822782824	0.321246278905	80.8343457738	-20.017705374	9.17384994171
56	4.15777847084	2.66129091216	-2.14061150023	3.47070279496	0.561514630861	3.22331737853	0.46916624097	-0.381098790118	0.337725224383	-0.0362112389113	-0.415383796436	0.098510608759	-0.593251737175	1.01038916711	0.0783259161986	0.427835281069	-0.135279715465	0.0758764679635	0.548536135978	-0.0672535876085	0.498936161434	92.3629086442	-11.8677047863	6.81877420574
57	2.80142541148	0.736873636681	2.53604313625	6.77934300472	1.34408456287	2.3910398523	0.422158013428	1.06298851951	-0.297974519783	-0.562676051319	0.251556397773	-0.0499356464071	0.917021984454	2.10686829366	-0.801654022493	0.784062818945	0.0377491476543	0.184716285152	0.815608568654	0.0291767839643	0.619075793517	90.8330936551	-11.3201623897	-14.7022383151

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'E' and (resid -2 through 7 )	E	A	-2 - 7	1 - 10
2	2	chain 'E' and (resid 8 through 13 )	E	A	8 - 13	11 - 16
3	3	chain 'E' and (resid 14 through 21 )	E	A	14 - 21	17 - 24
4	4	chain 'E' and (resid 22 through 32 )	E	A	22 - 32	25 - 35
5	5	chain 'E' and (resid 33 through 50 )	E	A	33 - 50	36 - 53
6	6	chain 'E' and (resid 51 through 63 )	E	A	51 - 63	54 - 66
7	7	chain 'E' and (resid 64 through 69 )	E	A	64 - 69	67 - 72
8	8	chain 'E' and (resid 70 through 77 )	E	A	70 - 77	73 - 80
9	9	chain 'E' and (resid 78 through 90 )	E	A	78 - 90	81 - 93
10	10	chain 'E' and (resid 91 through 101 )	E	A	91 - 101	94 - 104
11	11	chain 'E' and (resid 102 through 109 )	E	A	102 - 109	105 - 112
12	12	chain 'E' and (resid 110 through 125 )	E	A	110 - 125	113 - 128
13	13	chain 'E' and (resid 126 through 140 )	E	A	126 - 140	129 - 143
14	14	chain 'E' and (resid 141 through 160 )	E	A	141 - 160	144 - 163
15	15	chain 'E' and (resid 161 through 178 )	E	A	161 - 178	164 - 181
16	16	chain 'E' and (resid 179 through 184 )	E	A	179 - 184	182 - 187
17	17	chain 'E' and (resid 185 through 188 )	E	A	185 - 188	188 - 191
18	18	chain 'E' and (resid 189 through 192 )	E	A	189 - 192	192 - 195
19	19	chain 'E' and (resid 193 through 206 )	E	A	193 - 206	196 - 209
20	20	chain 'E' and (resid 207 through 217 )	E	A	207 - 217	210 - 220
21	21	chain 'E' and (resid 222 through 234 )	E	A	222 - 234	221 - 233
22	22	chain 'E' and (resid 235 through 250 )	E	A	235 - 250	234 - 249
23	23	chain 'E' and (resid 251 through 264 )	E	A	251 - 264	250 - 263
24	24	chain 'E' and (resid 269 through 276 )	E	A	269 - 276	264 - 271
25	25	chain 'E' and (resid 277 through 280 )	E	A	277 - 280	272 - 275
26	26	chain 'E' and (resid 281 through 286 )	E	A	281 - 286	276 - 281
27	27	chain 'E' and (resid 290 through 308 )	E	A	290 - 308	282 - 300
28	28	chain 'E' and (resid 309 through 330 )	E	A	309 - 330	301 - 322
29	29	chain 'E' and (resid 331 through 341 )	E	A	331 - 341	323 - 333
30	30	chain 'E' and (resid 342 through 346 )	E	A	342 - 346	334 - 338
31	31	chain 'E' and (resid 347 through 359 )	E	A	347 - 359	339 - 351
32	32	chain 'E' and (resid 360 through 369 )	E	A	360 - 369	352 - 361
33	33	chain 'E' and (resid 370 through 378 )	E	A	370 - 378	362 - 370
34	34	chain 'F' and (resid 2 through 14 )	F	B	2 - 14	1 - 13
35	35	chain 'F' and (resid 15 through 29 )	F	B	15 - 29	14 - 28
36	36	chain 'F' and (resid 30 through 34 )	F	B	30 - 34	29 - 33
37	37	chain 'F' and (resid 35 through 46 )	F	B	35 - 46	34 - 45
38	38	chain 'F' and (resid 47 through 51 )	F	B	47 - 51	46 - 50
39	39	chain 'F' and (resid 52 through 117 )	F	B	52 - 117	51 - 116
40	40	chain 'F' and (resid 118 through 133 )	F	B	118 - 133	117 - 132
41	41	chain 'F' and (resid 145 through 153 )	F	B	145 - 153	133 - 141
42	42	chain 'F' and (resid 154 through 164 )	F	B	154 - 164	142 - 152
43	43	chain 'F' and (resid 165 through 186 )	F	B	165 - 186	153 - 174
44	44	chain 'F' and (resid 187 through 200 )	F	B	187 - 200	175 - 188
45	45	chain 'F' and (resid 201 through 215 )	F	B	201 - 215	189 - 203
46	46	chain 'F' and (resid 221 through 227 )	F	B	221 - 227	204 - 210
47	47	chain 'F' and (resid 228 through 232 )	F	B	228 - 232	211 - 215
48	48	chain 'F' and (resid 233 through 243 )	F	B	233 - 243	216 - 226
49	49	chain 'F' and (resid 244 through 254 )	F	B	244 - 254	227 - 237
50	50	chain 'F' and (resid 255 through 260 )	F	B	255 - 260	238 - 243
51	51	chain 'F' and (resid 261 through 274 )	F	B	261 - 274	244 - 257
52	52	chain 'F' and (resid 275 through 294 )	F	B	275 - 294	258 - 277
53	53	chain 'F' and (resid 295 through 309 )	F	B	295 - 309	278 - 292
54	54	chain 'F' and (resid 310 through 319 )	F	B	310 - 319	293 - 302
55	55	chain 'F' and (resid 320 through 334 )	F	B	320 - 334	303 - 317
56	56	chain 'F' and (resid 335 through 347 )	F	B	335 - 347	318 - 330
57	57	chain 'F' and (resid 348 through 364 )	F	B	348 - 364	331 - 347

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