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Yorodumi- PDB-7y8v: Crystal structure of AlbEF homolog mutant (AlbF-H54A/H58A) from Q... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 7y8v | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of AlbEF homolog mutant (AlbF-H54A/H58A) from Quasibacillus thermotolerans | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE / Subtilosin Biosynthesis / M16B Metalloprotease / Macrocyclase | ||||||
| Function / homology | Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / PHOSPHATE ION / : / : Function and homology information | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Ishida, K. / Nakamura, A. / Kojima, S. | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2022Title: Crystal structure of the AlbEF complex involved in subtilosin A biosynthesis. Authors: Ishida, K. / Nakamura, A. / Kojima, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 7y8v.cif.gz | 385.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb7y8v.ent.gz | 261.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 7y8v.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 7y8v_validation.pdf.gz | 464.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 7y8v_full_validation.pdf.gz | 475.4 KB | Display | |
| Data in XML | 7y8v_validation.xml.gz | 26.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 7y8v_validation.cif.gz | 36.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8v | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 7y8uSC ![]() 7y8xC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||||||
| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 45754.953 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #2: Protein | Mass: 42495.230 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: H54A,H58A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Production host: ![]() | ||||||
| #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.63 Å3/Da / Density % sol: 66.09 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6 / Details: sodium/potassium phosphate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-5A / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2019 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.3→44.84 Å / Num. obs: 57022 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 50.47 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 25.3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.3→2.36 Å / Redundancy: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 4391 / CC1/2: 0.971 / Rpim(I) all: 0.153 / Rrim(I) all: 0.483 / % possible all: 99.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 7Y8U Resolution: 2.3→41.92 Å / SU ML: 0.2933 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.1 / Phase error: 25.3194 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 75.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→41.92 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Controller
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X-RAY DIFFRACTION
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PDBj



