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- PDB-7y8b: Crystal structure of CotA laccase complexed with syringic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y8b
タイトルCrystal structure of CotA laccase complexed with syringic acid
要素Spore coat protein A
キーワードOXIDOREDUCTASE / laccase
機能・相同性
機能・相同性情報


bilirubin oxidase / laccase / sporulation resulting in formation of a cellular spore / outer membrane-bounded periplasmic space / oxidoreductase activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / 3,5-dimethoxy-4-oxidanyl-benzoic acid / TRIETHYLENE GLYCOL / Laccase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, Z.C. / Xie, T. / Wang, G.G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Molecular insights into substrate promiscuity of CotA laccase catalyzing lignin-phenol derivatives.
著者: Li, J. / Liu, Z. / Zhao, J. / Wang, G. / Xie, T.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spore coat protein A
B: Spore coat protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,00612
ポリマ－117,1502
非ポリマー85710
水13,511750
1
A: Spore coat protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8295
ポリマ－58,5751
非ポリマー2544
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Spore coat protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,1777
ポリマ－58,5751
非ポリマー6036
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.083, 118.859, 82.966
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Spore coat protein A


分子量: 58574.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
遺伝子: cotA, pig, BSU06300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07788
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-IJP / 3,5-dimethoxy-4-oxidanyl-benzoic acid / Syringic acid / シリング酸


分子量: 198.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 750 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12-15.5% PEG3350, 0.1M MgCl2, 0.1M pH 6.5 Bis-tris, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.4 Å / Num. obs: 67401 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4409 / CC1/2: 0.85

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20_4459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q89

4q89


解像度: 2→43.08 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2122 3277 4.87 %
Rwork0.1664 64039 -
obs0.1686 67316 97.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 85.99 Å2 / Biso mean: 29.1719 Å2 / Biso min: 12.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→43.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7938 0 41 750 8729
Biso mean--38.27 34.18 -
残基数----986
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.030.26351260.20882767289396
2.03-2.060.29481350.20122799293498
2.06-2.10.26241510.20422755290698
2.1-2.130.28141530.20232772292596
2.13-2.170.27641420.19412813295599
2.17-2.210.26891190.19792773289296
2.21-2.260.24451330.19032822295599
2.26-2.310.26931200.192695281593
2.31-2.360.24991360.18922761289798
2.36-2.420.23671400.18422816295697
2.42-2.480.26491560.18342810296699
2.48-2.560.25181520.18232772292498
2.56-2.640.23651550.17192835299099
2.64-2.730.2411390.17662782292198
2.73-2.840.20361320.17362680281293
2.84-2.970.24791440.18042832297698
2.97-3.130.20711340.17172817295199
3.13-3.330.22431550.17282830298599
3.33-3.580.19721460.15672772291898
3.58-3.940.18951660.14632722288896
3.94-4.510.17161360.12892867300399
4.51-5.680.14611400.13042740288095
5.68-43.080.18221670.16992807297497

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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