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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y8b | ||||||
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タイトル | Crystal structure of CotA laccase complexed with syringic acid | ||||||
要素 | Spore coat protein A | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / laccase (ラッカーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ビリルビンオキシダーゼ / ラッカーゼ / sporulation resulting in formation of a cellular spore / outer membrane-bounded periplasmic space / oxidoreductase activity / copper ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, Z.C. / Xie, T. / Wang, G.G. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023 タイトル: Molecular insights into substrate promiscuity of CotA laccase catalyzing lignin-phenol derivatives. 著者: Li, J. / Liu, Z. / Zhao, J. / Wang, G. / Xie, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7y8b.cif.gz | 227.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7y8b.ent.gz | 177.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7y8b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/7y8b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7y8cC 4q89S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58574.789 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 遺伝子: cotA, pig, BSU06300 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07788 #2: 化合物 | ChemComp-CU / #3: 化合物 | ChemComp-PGE / | #4: 化合物 | ChemComp-IJP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.78 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12-15.5% PEG3350, 0.1M MgCl2, 0.1M pH 6.5 Bis-tris, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→48.4 Å / Num. obs: 67401 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 4409 / CC1/2: 0.85 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4Q89 解像度: 2→43.08 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.99 Å2 / Biso mean: 29.1719 Å2 / Biso min: 12.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→43.08 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23
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