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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y79 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Cry78Aa | ||||||
![]() | Toxin | ||||||
![]() | TOXIN / Cry78Aa / plant hopper | ||||||
機能・相同性 | Insecticidal crystal toxin / Insecticidal Crystal Toxin, P42 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / toxin activity / Toxin![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cao, B.B. / Nie, Y.F. / Wang, N.C. / Guan, Z.Y. / Zhang, D.L. / Zhang, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of Cry78Aa from Bacillus thuringiensis provides insights into its insecticidal activity. 著者: Cao, B. / Nie, Y. / Guan, Z. / Chen, C. / Wang, N. / Wang, Z. / Shu, C. / Zhang, J. / Zhang, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 199.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 436.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7y78C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24030.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.08 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, PEG3350, magnesium nitrate / PH範囲: 8.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→45 Å / Num. obs: 17763 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 41.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 13.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1742 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.298 / Rrim(I) all: 0.782 / % possible all: 97.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 50.8 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→28.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 9.65991354125 Å / Origin y: 5.06173900144 Å / Origin z: 21.1081202049 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |