PDB-7y78: Crystal structure of Cry78Aa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y78

タイトル

Crystal structure of Cry78Aa

要素

Toxin

キーワード

TOXIN / Cry78Aa / plant hopper

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thuringiensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Cao, B.B. / Nie, Y.F. / Wang, N.C. / Guan, Z.Y. / Zhang, D.L. / Zhang, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: The crystal structure of Cry78Aa from Bacillus thuringiensis provides insights into its insecticidal activity.
著者: Cao, B. / Nie, Y. / Guan, Z. / Chen, C. / Wang, N. / Wang, Z. / Shu, C. / Zhang, J. / Zhang, D.

履歴

登録	2022年6月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y78.cif.gz	651.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y78.ent.gz	455.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y78.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y78_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y78_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7y78_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	7y78_validation.cif.gz	60.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y78	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7y79C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (5) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (5) #135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Toxin

B: Toxin

C: Toxin

D: Toxin

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.936, 132.741, 314.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	Toxin 分子量: 39794.574 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3S6Q0Y2
#2: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.01 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Tris-HCl, PEG3350, ammonium chloride / PH範囲: 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 63102 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 67.16 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.9→2.97 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.702 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 4303 / CC_1/2: 0.933 / R_pim(I) all: 0.292 / R_rim(I) all: 0.761 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.1_4122	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.9→48.78 Å / SU ML: 0.4569 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.0401
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2822	3152	5.01 %
R_work	0.2792	59762	-
obs	0.2793	62914	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10893	0	20	0	10913

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0082	11156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7271	15123
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0556	1664
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	1972
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.9666	4089

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.9-2.94	0.4709	133	0.4491	2490	X-RAY DIFFRACTION	97.84
2.94-2.99	0.3838	137	0.4167	2509	X-RAY DIFFRACTION	99.03
2.99-3.04	0.4267	146	0.4008	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.16
3.04-3.09	0.361	134	0.3709	2559	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.09-3.15	0.414	133	0.3551	2524	X-RAY DIFFRACTION	98.55
3.15-3.21	0.3487	117	0.3415	2601	X-RAY DIFFRACTION	99.67
3.21-3.27	0.3183	143	0.3335	2518	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.27-3.34	0.3014	138	0.3375	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.34-3.42	0.3949	138	0.3547	2553	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.42-3.51	0.3705	128	0.35	2612	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.51-3.6	0.36	136	0.3375	2560	X-RAY DIFFRACTION	99.81
3.6-3.71	0.3252	123	0.3088	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.71-3.83	0.2884	147	0.2918	2531	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.83-3.97	0.2951	148	0.2636	2603	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.97-4.12	0.2593	119	0.246	2605	X-RAY DIFFRACTION	99.23
4.12-4.31	0.2306	137	0.2343	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.31-4.54	0.2163	130	0.2259	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.64
4.54-4.82	0.223	135	0.2022	2651	X-RAY DIFFRACTION	99.93
4.82-5.2	0.1788	126	0.2184	2626	X-RAY DIFFRACTION	99.82
5.2-5.72	0.2567	158	0.2561	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.68
5.72-6.54	0.2681	144	0.2654	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.47
6.54-8.23	0.2649	139	0.2675	2705	X-RAY DIFFRACTION	99.96
8.24-48.78	0.2706	163	0.2704	2776	X-RAY DIFFRACTION	98.06

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -36.5170765536 Å / Origin y: 2.8201423951 Å / Origin z: -38.9462525852 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.393881625818 Å²	0.103090680571 Å²	-0.067357545528 Å²	-	0.451147250596 Å²	-0.0944073040703 Å²	-	-	0.527276584787 Å²
L	0.453726073415 °²	0.101118242053 °²	-0.112005840926 °²	-	0.509229034981 °²	-0.102051579599 °²	-	-	0.269258282192 °²
S	-0.0922417447362 Å °	0.0444572138279 Å °	0.039744699541 Å °	-0.0166136056962 Å °	-0.0668140368864 Å °	0.0552234428944 Å °	0.00410264239663 Å °	-0.0936124962451 Å °	0.162162162355 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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