PDB-7y77: Crystal structure of rice NAL1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7y77

タイトル

Crystal structure of rice NAL1

要素

Protein NARROW LEAF 1

キーワード

HYDROLASE / Serine protease / NAL1

機能・相同性

stem vascular tissue pattern formation / internode patterning / regulation of leaf development / leaf vascular tissue pattern formation / Peptidase S1, PA clan / nucleoplasm / cytoplasm / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Protein NARROW LEAF 1

機能・相同性情報

生物種

Oryza sativa (イネ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Yan, J.J. / Guan, Z.Y. / Yin, P. / Xiong, L.Z.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Plants / 年: 2023
タイトル: Serine protease NAL1 exerts pleiotropic functions through degradation of TOPLESS-related corepressor in rice.
著者: Li, W. / Yan, J. / Zhang, Y. / Zhang, F. / Guan, Z. / Yao, Y. / Chang, Y. / Tu, H. / Li, X. / Wang, H. / Xiong, H. / Lai, X. / Yin, P. / Xiong, L.

履歴

登録	2022年6月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7y77.cif.gz	551.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7y77.ent.gz	381.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7y77.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7y77_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7y77_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7y77_validation.xml.gz	41.6 KB	表示
CIF形式データ	7y77_validation.cif.gz	56.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y77 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/7y77	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein NARROW LEAF 1

B: Protein NARROW LEAF 1

C: Protein NARROW LEAF 1

ヘテロ分子

144 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein NARROW LEAF 1

B: Protein NARROW LEAF 1

C: Protein NARROW LEAF 1

ヘテロ分子

A: Protein NARROW LEAF 1

B: Protein NARROW LEAF 1

C: Protein NARROW LEAF 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS
288 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.413, 194.400, 173.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 60 through 78 or resid 83...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 60 through 78 or resid 83 through 172 or resid 182 through 501))
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 60 through 145 or (resid 146...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	HIS	HIS	LEU	LEU	A	A	60 - 78	30 - 48
d_1	2	GLY	GLY	TYR	TYR	A	A	83 - 172	53 - 142
d_1	3	GLU	GLU	GLN	GLN	A	A	182 - 457	152 - 427
d_1	4	ARG	ARG	PHE	PHE	A	A	464 - 465	428 - 429
d_1	5	ATP	ATP	ATP	ATP	A	D	501
d_2	1	HIS	HIS	LEU	LEU	B	B	60 - 78	30 - 48
d_2	2	GLY	GLY	TYR	TYR	B	B	83 - 172	53 - 142
d_2	3	GLU	GLU	PHE	PHE	B	B	182 - 459	152 - 429
d_2	4	ATP	ATP	ATP	ATP	B	E	501
d_3	1	HIS	HIS	PHE	PHE	C	C	60 - 459	30 - 429
d_3	2	ATP	ATP	ATP	ATP	C	F	501

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.602306359924, 0.441008505723, 0.665386013285), (-0.449120682788, -0.501888338989, 0.739187870219), (0.659937619088, -0.744056176016, -0.104224497339)	-31.1327917894, -104.584562725, 51.8552245702
2	given	(0.60467579958, -0.451330633626, 0.656252875463), (0.440835459106, -0.496583927699, -0.747708834203), (0.66334853237, 0.741420974819, -0.101309736457)	-61.8221194646, 0.380561332089, 103.929997231

#1: タンパク質	Protein NARROW LEAF 1 / Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / ...Protein GREEN FOR PHOTOSYNTHESIS / Protein QUANTITATIVE TRAIT LOCUS FOR FLAG LEAF WIDTH 4 / qFLW4 / Protein SPIKELET NUMBER 分子量: 47512.398 Da / 分子数: 3 / 変異: C31S,C163S,C168S,C296S,C307S,C334S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) 遺伝子: NAL1, GFP, LSCHL4, SPIKE, Os04g0615000, LOC_Os04g52479, OsJ_16147 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B4XT64
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 507.181 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: MES, calcium acetate, PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 46791 / % possible obs: 99.91 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 66.54 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.02128 / R_pim(I) all: 0.02128 / R_rim(I) all: 0.03009 / Net I/σ(I): 20.36
反射シェル	解像度: 2.6→2.693 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.248 / Mean I/σ(I) obs: 2.86 / Num. unique obs: 4592 / CC_1/2: 0.901 / CC star: 0.974 / R_pim(I) all: 0.248 / R_rim(I) all: 0.3507 / % possible all: 99.67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: AF2

解像度: 2.6→49.67 Å / SU ML: 0.389 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.1083
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2679	2279	4.87 %
R_work	0.224	44501	-
obs	0.2262	46780	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 81.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8889	0	115	26	9030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	9190
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8281	12471
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0571	1392
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0049	1611
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.4259	3303

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.05089587734
ens_1	d_3	A	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.913210297597

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.66	0.3449	154	0.3056	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.48
2.66-2.72	0.3327	139	0.3002	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.72-2.79	0.3681	136	0.2903	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.79-2.86	0.4113	124	0.3258	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-2.95	0.466	131	0.3603	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.95-3.04	0.3605	131	0.3131	2795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.04-3.15	0.3222	148	0.2749	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.15-3.28	0.3432	152	0.2795	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.93
3.28-3.42	0.2951	126	0.2666	2799	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.42-3.61	0.3086	138	0.2655	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
3.61-3.83	0.2674	147	0.2224	2781	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.83-4.13	0.2651	155	0.2138	2755	X-RAY DIFFRACTION	100
4.13-4.54	0.2382	136	0.1807	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
4.54-5.2	0.197	160	0.1756	2807	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2-6.55	0.2479	148	0.2121	2826	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.55-49.67	0.2267	154	0.1806	2954	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -27.9424229838 Å / Origin y: -34.9287281163 Å / Origin z: 53.6978777417 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.341825201172 Å²	0.0206875080843 Å²	-0.116192258934 Å²	-	0.519984311488 Å²	-0.0213317498113 Å²	-	-	0.462773758157 Å²
L	0.506664649363 °²	0.0726965542014 °²	-0.25582624567 °²	-	0.551799715822 °²	-0.0351200489305 °²	-	-	1.06360463603 °²
S	-0.00599963942956 Å °	-0.0402352007375 Å °	0.111998436146 Å °	0.0437041274948 Å °	0.022962430363 Å °	-0.0322919295893 Å °	0.0325527958722 Å °	0.0723802743463 Å °	-0.0208376333086 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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