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万見
- PDB-7y62: Crystal structure of human TFEB HLHLZ domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y62
タイトルCrystal structure of human TFEB HLHLZ domain
要素Transcription factor EB
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR
機能・相同性
機能・相同性情報


antibacterial innate immune response / lysosome localization / regulation of lysosome organization / Phosphorylated BMAL1:CLOCK (ARNTL:CLOCK) activates expression of core clock genes / lysosome organization / humoral immune response / embryonic placenta development / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation ...antibacterial innate immune response / lysosome localization / regulation of lysosome organization / Phosphorylated BMAL1:CLOCK (ARNTL:CLOCK) activates expression of core clock genes / lysosome organization / humoral immune response / embryonic placenta development / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / positive regulation of autophagy / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / autophagy / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / defense response to Gram-negative bacterium / adaptive immune response / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / lysosomal membrane / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / chromatin / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor EB / MiT/TFE transcription factors, C-terminal / MiT/TFE transcription factors, N-terminal / Domain of unknown function (DUF3371) / MITF/TFEB/TFEC/TFE3 N-terminus / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcription factor EB
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yang, G. / Li, P. / Lin, Y. / Liu, Z. / Sun, H. / Zhao, Z. / Fang, P. / Wang, J.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21778067 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977108 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21977107 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: A small-molecule drug inhibits autophagy gene expression through the central regulator TFEB.
著者: Lin, Y. / Shi, Q. / Yang, G. / Shi, F. / Zhou, Y. / Wang, T. / Xu, P. / Li, P. / Liu, Z. / Sun, H. / Zhao, Z. / Ding, K. / Wang, Z. / Feng, H. / Yu, B. / Fang, P. / Wang, J.
履歴
登録2022年6月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcription factor EB
B: Transcription factor EB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9332
ポリマ－17,9332
非ポリマー00
水3,711206
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.600, 54.600, 185.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Transcription factor EB / Class E basic helix-loop-helix protein 35 (bHLHe35)


分子量: 8966.413 Da / 分子数: 2 / 断片: HLHLZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TFEB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19484
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Ethylene glycols, Buffer system 3, and Precipitant Mix 2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.28 Å / Num. obs: 22446 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 20.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 27.2 / Num. measured all: 417639 / Scaling rejects: 28
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0519.71.5333215116280.9180.3521.5732.1100
8.95-47.2814.20.024458532210.0060.0256899.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7D8S

7d8s


解像度: 2→47.28 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.39 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 1131 5.08 %
Rwork0.2215 21149 -
obs0.2223 22280 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 102.03 Å2 / Biso mean: 31.5986 Å2 / Biso min: 9.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 171 35 1400
Biso mean--42.13 50.84 -
残基数----143
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.090.27521390.272726282767100
2.09-2.20.29921170.233626382755100
2.2-2.340.25951510.31012317246890
2.34-2.520.2551340.233726442778100
2.52-2.770.21161450.220826682813100
2.77-3.170.28471680.216426602828100
3.18-40.20761030.199827372840100
4-47.280.20671740.199328573031100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -12.3803 Å / Origin y: 23.5608 Å / Origin z: 72.9923 Å
111213212223313233
T0.1527 Å20.0511 Å2-0.0175 Å2-0.2738 Å2-0.0368 Å2--0.1667 Å2
L1.7286 °2-1.2321 °2-2.746 °2-0.7438 °21.6316 °2--2.8634 °2
S-0.0625 Å °-0.266 Å °0.0338 Å °0.0707 Å °0.1366 Å °0.0045 Å °0.0621 Å °0.231 Å °-0.0671 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA248 - 321
2X-RAY DIFFRACTION1allB248 - 321
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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