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万見
- PDB-7y58: CryoEM structure of QacA (D411N), an antibacterial efflux transpo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y58
タイトルCryoEM structure of QacA (D411N), an antibacterial efflux transporter from Staphylococcus aureus
要素
  • Antiseptic resistance protein
  • Single-domain Indian camelid antibody (A4)
  • single-domain indian camelid antibody(B7)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Drug proton antiporter / major facilitator superfamily(MFS) / Staphylococcus aureus / antibacterial efflux / QacA / MEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Antiseptic resistance protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Penmatsa, A. / Majumder, P.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/15/2/502063 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/S/22/1/506242 インド
Department of Biotechnology (DBT, India)BT/PR31976/Med/29/1421/2019 インド
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of antibacterial efflux transporter QacA from Staphylococcus aureus reveals a novel extracellular loop with allosteric role.
著者: Puja Majumder / Shahbaz Ahmed / Pragya Ahuja / Arunabh Athreya / Rakesh Ranjan / Aravind Penmatsa /
要旨: Efflux of antibacterial compounds is a major mechanism for developing antimicrobial resistance. In the Gram-positive pathogen Staphylococcus aureus, QacA, a 14 transmembrane helix containing major ...Efflux of antibacterial compounds is a major mechanism for developing antimicrobial resistance. In the Gram-positive pathogen Staphylococcus aureus, QacA, a 14 transmembrane helix containing major facilitator superfamily antiporter, mediates proton-coupled efflux of mono and divalent cationic antibacterial compounds. In this study, we report the cryo-EM structure of QacA, with a single mutation D411N that improves homogeneity and retains efflux activity against divalent cationic compounds like dequalinium and chlorhexidine. The structure of substrate-free QacA, complexed to two single-domain camelid antibodies, was elucidated to a resolution of 3.6 Å. The structure displays an outward-open conformation with an extracellular helical hairpin loop (EL7) between transmembrane helices 13 and 14, which is conserved in a subset of DHA2 transporters. Removal of the EL7 hairpin loop or disrupting the interface formed between EL7 and EL1 compromises efflux activity. Chimeric constructs of QacA with a helical hairpin and EL1 grafted from other DHA2 members, LfrA and SmvA, restore activity in the EL7 deleted QacA revealing the allosteric and vital role of EL7 hairpin in antibacterial efflux in QacA and related members.
履歴
登録2022年6月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_planes
Item: _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antiseptic resistance protein
B: Single-domain Indian camelid antibody (A4)
C: single-domain indian camelid antibody(B7)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,2093
ポリマ－82,2093
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Antiseptic resistance protein / Efflux protein QacA / Multidrug efflux pump / QacA / Quaternary ammonium compound efflux MFS transporter QacA


分子量: 55053.457 Da / 分子数: 1 / 変異: D411N / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic codon optimized
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: qacA, GZ128_13815, GZ156_13500, SAP062D_001, SAP066A_020, SAP094B_019, SAP098A_005, SAP100B_004, SAP101A_020, SAP104C_021
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1XG09
#2: 抗体 Single-domain Indian camelid antibody (A4)


分子量: 13697.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle T7
#3: 抗体 single-domain indian camelid antibody(B7)


分子量: 13458.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Shuffle T7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Heterotrimer of QacA (54kDa) in complexed with two single domain camelid antibodies (A4/B7)COMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2QacA (54kDa)COMPLEX#11RECOMBINANT
3antibodies (A4/B7)COMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量値: 54 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞内の位置
21Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)1280membrane
32Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)9838
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-IDプラスミド
21Escherichia coli (大腸菌)562pBAD
32Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7
詳細: 30mM Hepes, pH7.0 120mM NaCl 2 % glycerol 1mM Undecyl maltoside
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: QacA complex concentrated to 3 to 4 mg/ml before grid preparation
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 289 K / 詳細: blot time of 5 to 6 seconds before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 7770 / 実像数: 7770
詳細: Images were collected in movie mode at 50 images per movie
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV / 位相板: OTHER

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20rc4_4425: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 502364
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 218040
詳細: maps were derived from non uniform refinement follwed by density modification in phenix which yielded a resolution of 3.6 angstroms
クラス平均像の数: 97 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 201 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / 詳細: Real space refinement
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0035724
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7027765
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.412828
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.041911
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005962

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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