[日本語] English
万見
- PDB-7y3f: Structure of the Anabaena PSI-monomer-IsiA supercomplex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y3f
タイトルStructure of the Anabaena PSI-monomer-IsiA supercomplex
要素
  • (Photosystem I ...) x 10
  • Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
  • IsiA
  • PsaM
  • Unknown
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Photosystem I / ELECTRON TRANSPORT / isiA
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A ISOMER / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / Photosystem I 4.8 kDa protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XI / Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Nagao, R. / Kato, K. / Hamaguchi, T. / Kawakami, K. / Yonekura, K. / Shen, J.R.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H02914 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of a monomeric photosystem I core associated with iron-stress-induced-A proteins from Anabaena sp. PCC 7120.
著者: Ryo Nagao / Koji Kato / Tasuku Hamaguchi / Yoshifumi Ueno / Naoki Tsuboshita / Shota Shimizu / Miyu Furutani / Shigeki Ehira / Yoshiki Nakajima / Keisuke Kawakami / Takehiro Suzuki / Naoshi ...著者: Ryo Nagao / Koji Kato / Tasuku Hamaguchi / Yoshifumi Ueno / Naoki Tsuboshita / Shota Shimizu / Miyu Furutani / Shigeki Ehira / Yoshiki Nakajima / Keisuke Kawakami / Takehiro Suzuki / Naoshi Dohmae / Seiji Akimoto / Koji Yonekura / Jian-Ren Shen /
要旨: Iron-stress-induced-A proteins (IsiAs) are expressed in cyanobacteria under iron-deficient conditions. The cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120 has four isiA genes; however, their binding property ...Iron-stress-induced-A proteins (IsiAs) are expressed in cyanobacteria under iron-deficient conditions. The cyanobacterium Anabaena sp. PCC 7120 has four isiA genes; however, their binding property and functional roles in PSI are still missing. We analyzed a cryo-electron microscopy structure of a PSI-IsiA supercomplex isolated from Anabaena grown under an iron-deficient condition. The PSI-IsiA structure contains six IsiA subunits associated with the PsaA side of a PSI core monomer. Three of the six IsiA subunits were identified as IsiA1 and IsiA2. The PSI-IsiA structure lacks a PsaL subunit; instead, a C-terminal domain of IsiA2 occupies the position of PsaL, which inhibits the oligomerization of PSI, leading to the formation of a PSI monomer. Furthermore, excitation-energy transfer from IsiAs to PSI appeared with a time constant of 55 ps. These findings provide insights into both the molecular assembly of the Anabaena IsiA family and the functional roles of IsiAs.
履歴
登録2022年6月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
K: Unknown
M: PsaM
X: Photosystem I 4.8 kDa protein
1: Photosystem I reaction center subunit XI
2: IsiA
3: IsiA
4: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
5: Iron stress-induced chlorophyll-binding protein
6: IsiA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)617,160218
ポリマ－453,50717
非ポリマー163,653201
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Photosystem I ... , 10種, 10分子 ABCDEFIJX1

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83289.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P58576, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / PsaB 1


分子量: 83457.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P58565, photosystem I
#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8825.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P0A410, photosystem I
#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15176.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P58573
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 7897.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P58575
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 17850.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P58564
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 5066.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P58560
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 5499.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P58568
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem I 4.8 kDa protein


分子量: 4872.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: P58566
#12: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 51717.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8YQ34

-
タンパク質 , 3種, 6分子 K23645

#9: タンパク質 Unknown


分子量: 6996.616 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Authors do not know the sequence. / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア)
#13: タンパク質 IsiA


分子量: 27676.963 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Authors do not know the sequence. / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア)
#14: タンパク質 Iron stress-induced chlorophyll-binding protein / CP43'


分子量: 37701.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア) / 参照: UniProt: Q8YQ35

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 7分子 M

#10: タンパク質・ペプチド PsaM


分子量: 4424.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nostoc sp. (バクテリア)
#21: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 8種, 221分子

#15: 化合物 ChemComp-CL0 / CHLOROPHYLL A ISOMER


分子量: 893.489 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#16: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#17: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#18: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#19: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#20: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE


分子量: 722.970 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#22: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#23: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: PSI-monomer-IsiA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8, #10-#14 / 由来: NATURAL
分子量値: 0.64 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. (バクテリア)
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMMESMES-NaOH1
20.03 %DDMDDM1
試料濃度: 1.68 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL CRYO ARM 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 11.7 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13REFMAC5.8.0267モデル精密化
14PHENIX1.13_2998モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 47602 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: RECIPROCAL

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る