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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7y2x | ||||||
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タイトル | Ni-Carbonic Anhydrase II complexed with 3NPA after UV at 200 K | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
![]() | METAL BINDING PROTEIN / carbonic anhydrase / enzyme mechanism / metalloenzymes | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway ...positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase / cyanamide hydratase activity / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / angiotensin-activated signaling pathway / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / morphogenesis of an epithelium / regulation of intracellular pH / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / neuron cellular homeostasis / one-carbon metabolic process / apical part of cell / myelin sheath / zinc ion binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kim, C.U. / Kim, J.K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Temperature series of human Carbonic Anhydrase II with photolysis of caged CO2 著者: Kim, C.U. / Kim, J.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7y2aC ![]() 7y2cC ![]() 7y2eC ![]() 7y2fC ![]() 7y2gC ![]() 7y2hC ![]() 7y2iC ![]() 7y2jC ![]() 7y2kC ![]() 7y2lC ![]() 7y2mC ![]() 7y2nC ![]() 7y2oC ![]() 7y2qC ![]() 7y2rC ![]() 7y2sC ![]() 7y2tC ![]() 7y2uC ![]() 7y2vC ![]() 7y2wC ![]() 6lv5S C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MNP / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, 50 mM Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 200 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2020年12月2日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 37959 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 20.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique obs: 1854 / CC1/2: 0.829 / CC star: 0.952 / Rpim(I) all: 0.259 / Rrim(I) all: 0.509 / % possible all: 94.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6LV5 解像度: 1.5→29.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 2.269 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.333 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.5→29.18 Å
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拘束条件 |
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