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- PDB-7y11: Crystal structure of AtSFH5-Sec14 in complex with egg PA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y11
タイトルCrystal structure of AtSFH5-Sec14 in complex with egg PA
要素Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5
キーワードLIPID TRANSPORT / Sec14p homolog protein (SFH) / Arabidopsis thaliana / chloroplast / phosphatidic acid (PA)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport / Golgi membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain / CRAL/TRIO, N-terminal domain superfamily / CRAL/TRIO domain / CRAL-TRIO lipid binding domain profile. / Domain in homologues of a S. cerevisiae phosphatidylinositol transfer protein (Sec14p) / CRAL-TRIO lipid binding domain / CRAL-TRIO lipid binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D21 / NICKEL (II) ION / Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Lu, Y.Q. / Wang, X.Q. / Luo, Z.P. / Wu, J.W.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)91754201 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Arabidopsis Sec14 proteins (SFH5 and SFH7) mediate interorganelle transport of phosphatidic acid and regulate chloroplast development.
著者: Yao, H.Y. / Lu, Y.Q. / Yang, X.L. / Wang, X.Q. / Luo, Z. / Lin, D.L. / Wu, J.W. / Xue, H.W.
履歴
登録2022年6月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5
B: Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,89310
ポリマ－69,2382
非ポリマー1,6568
水8,017445
1
A: Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4475
ポリマ－34,6191
非ポリマー8284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
2
B: Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4475
ポリマ－34,6191
非ポリマー8284
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area14020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.976, 114.252, 112.760
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol/phosphatidylcholine transfer protein SFH5 / Protein SEC FOURTEEN HOMOLOGS 5 / AtSFH5 / AtSFH5-Sec14


分子量: 34618.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: SFH5, At1g75370, F1B16.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GXC6
#2: 化合物 ChemComp-D21 / (2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate


分子量: 674.929 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H71O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 445 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris propone, pH 6.5, 20% PEG3350 and 0.2 M NaNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 200K-A / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 47341 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 2.021 / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 4662 / CC1/2: 0.51 / Rpim(I) all: 0.616 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AUA

1aua


解像度: 1.95→19.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.779 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2359 2379 5 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.2008 44903 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 129.83 Å2 / Biso mean: 33.68 Å2 / Biso min: 18.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→19.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4590 0 98 445 5133
Biso mean--62.27 38.25 -
残基数----565
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0134800
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.6496438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3441.58610759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2195563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.8322.209258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06815862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.9621531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7063.2362258
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7043.2352257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8224.8432819
LS精密化 シェル解像度: 1.95→1.998 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 158 -
Rwork0.337 3250 -
obs--98.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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