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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xzf | ||||||||||||
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タイトル | Wild type of the N-terminal domain of fucoidan lyase FdlA | ||||||||||||
![]() | Fucoidan lyase | ||||||||||||
![]() | LYASE / Fucobacter marina / fucoidan lyase / polysaccharide lyase | ||||||||||||
機能・相同性 | IMIDAZOLE![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wang, J. / Li, M. / Pan, X. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Biochemical Analysis Reveals Catalytic Mechanism of Fucoidan Lyase from Flavobacterium sp. SA-0082. 著者: Wang, J. / Liu, Z. / Pan, X. / Wang, N. / Li, L. / Du, Y. / Li, J. / Li, M. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 450.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 327 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50256.434 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Genbank AAO00510.1,Sequence 3 from patent US 6489155 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: AAO5510.1 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: 付加脱離酵素(リアーゼ); 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M CAPS pH 10.5, 0.2M Lithium sulfate, 2M ammonium sulfate PH範囲: 7.5-10.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 290039 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 8.82 Å2 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.27 Å / Num. unique obs: 13327 / Rpim(I) all: 0.505 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 12.94 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.99 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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