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- PDB-7xzf: Wild type of the N-terminal domain of fucoidan lyase FdlA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xzf
タイトルWild type of the N-terminal domain of fucoidan lyase FdlA
要素Fucoidan lyase
キーワードLYASE / Fucobacter marina / fucoidan lyase / polysaccharide lyase
機能・相同性IMIDAZOLE
機能・相同性情報
生物種Flavobacteriaceae bacterium SA-0082 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Wang, J. / Li, M. / Pan, X.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21877114 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930064 中国
引用ジャーナル: Mar Drugs / 年: 2022
タイトル: Structural and Biochemical Analysis Reveals Catalytic Mechanism of Fucoidan Lyase from Flavobacterium sp. SA-0082.
著者: Wang, J. / Liu, Z. / Pan, X. / Wang, N. / Li, L. / Du, Y. / Li, J. / Li, M.
履歴
登録2022年6月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.country

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucoidan lyase
B: Fucoidan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,60814
ポリマ－100,5132
非ポリマー1,09512
水17,330962
1
A: Fucoidan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8027
ポリマ－50,2561
非ポリマー5456
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area16730 Å2
手法PISA
2
B: Fucoidan lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8067
ポリマ－50,2561
非ポリマー5496
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area16610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.001, 58.172, 88.319
Angle α, β, γ (deg.)90.266, 101.603, 92.008
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Fucoidan lyase


分子量: 50256.434 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Genbank AAO00510.1,Sequence 3 from patent US 6489155
由来: (組換発現) Flavobacteriaceae bacterium SA-0082 (バクテリア)
遺伝子: AAO5510.1 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア)
参照: 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; 多糖に作用する
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 962 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M CAPS pH 10.5, 0.2M Lithium sulfate, 2M ammonium sulfate
PH範囲: 7.5-10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 290039 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 8.82 Å2 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 1.25→1.27 Å / Num. unique obs: 13327 / Rpim(I) all: 0.505

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.3→24.99 Å / SU ML: 0.1097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 14.9068
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1576 12220 4.96 %
Rwork0.1358 233910 -
obs0.1369 246130 95.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 12.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6766 0 35 962 7763
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0147425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.404710190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11691134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00881381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.75762689
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.310.2423680.21367599X-RAY DIFFRACTION92.65
1.31-1.330.23373790.20367571X-RAY DIFFRACTION92.65
1.33-1.350.20224070.19517673X-RAY DIFFRACTION92.87
1.35-1.360.21484020.18697546X-RAY DIFFRACTION92.94
1.36-1.380.23124170.18367679X-RAY DIFFRACTION92.97
1.38-1.40.20124340.16867574X-RAY DIFFRACTION93.41
1.4-1.420.21234020.16297762X-RAY DIFFRACTION93.56
1.42-1.440.18564200.15237598X-RAY DIFFRACTION93.68
1.44-1.460.18463790.14567757X-RAY DIFFRACTION93.96
1.46-1.490.17453630.13777735X-RAY DIFFRACTION94.05
1.49-1.510.16874120.12767692X-RAY DIFFRACTION94.34
1.51-1.540.16834080.12657780X-RAY DIFFRACTION94.38
1.54-1.570.16013780.12367756X-RAY DIFFRACTION94.58
1.57-1.60.1554080.11537773X-RAY DIFFRACTION94.81
1.6-1.640.14983980.11277828X-RAY DIFFRACTION95.12
1.64-1.680.15254220.11287809X-RAY DIFFRACTION95.15
1.68-1.720.15294180.11097785X-RAY DIFFRACTION95.56
1.72-1.760.14444460.11447817X-RAY DIFFRACTION95.57
1.76-1.820.1343910.11147874X-RAY DIFFRACTION95.72
1.82-1.870.15044030.11637876X-RAY DIFFRACTION96.07
1.87-1.940.14154290.1197865X-RAY DIFFRACTION96.05
1.94-2.020.14814270.11947890X-RAY DIFFRACTION96.31
2.02-2.110.1554220.11967869X-RAY DIFFRACTION96.37
2.11-2.220.1444590.12167858X-RAY DIFFRACTION96.25
2.22-2.360.14594000.12547922X-RAY DIFFRACTION96.25
2.36-2.540.15564010.13237766X-RAY DIFFRACTION94.5
2.54-2.80.15774280.1427896X-RAY DIFFRACTION96.86
2.8-3.20.14693940.14888120X-RAY DIFFRACTION98.63
3.2-4.030.14633970.13718133X-RAY DIFFRACTION98.91
4.03-24.990.14364080.14728107X-RAY DIFFRACTION98.64

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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