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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7xz7 | ||||||||||||
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Title | Mutant (D137A) of the N-terminal domain of fucoidan lyase FdlA | ||||||||||||
![]() | Fucoidan lyase | ||||||||||||
![]() | LYASE / Fucobacter marina / fucoidan lyase / polysaccharide lyase | ||||||||||||
Biological species | ![]() | ||||||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Wang, J. / Li, M. / Pan, X. | ||||||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and Biochemical Analysis Reveals Catalytic Mechanism of Fucoidan Lyase from Flavobacterium sp. SA-0082. Authors: Wang, J. / Liu, Z. / Pan, X. / Wang, N. / Li, L. / Du, Y. / Li, J. / Li, M. | ||||||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 410.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 296.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7xz8C ![]() 7xz9C ![]() 7xzaC ![]() 7xzbC ![]() 7xzcC ![]() 7xzdC ![]() 7xzeC ![]() 7xzfSC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 50212.422 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal domain / Mutation: D137A Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Genbank AAO00510.1,Sequence 3 from patent US 6489155 Source: (gene. exp.) ![]() Gene: AAO5510.1 / Production host: ![]() ![]() References: Lyases; Carbon-oxygen lyases; Acting on polysaccharides #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.72 % |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.1M Tris, pH8.5, 0.2M Li2SO4, 30% (w/v) polyethylene glycol (PEG) 4000 PH range: 8.0-9.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 193.15 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Nov 26, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.98→58.33 Å / Num. obs: 67747 / % possible obs: 90.9 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 25.54 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 6.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.98→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.889 / Num. unique obs: 2754 / % possible all: 92 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 7XZF Resolution: 1.98→58.33 Å / SU ML: 0.1922 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 21.742 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.98→58.33 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 58.4511469856 Å / Origin y: -31.3489968024 Å / Origin z: -67.5232939394 Å
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Refinement TLS group | Selection details: all |