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- PDB-7xy8: Crystal structure of antibody Fab fragment in complex with CD147(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7xy8
タイトルCrystal structure of antibody Fab fragment in complex with CD147(EMMPIRIN)
要素
  • Isoform 2 of Basigin
  • heavy chain
  • light chain
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / cd147 (ベイシジン) / complex / antibody (抗体)
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / response to mercury ion / neural retina development / endothelial tube morphogenesis / ピルビン酸 ...Defective SLC16A1 causes symptomatic deficiency in lactate transport (SDLT) / Proton-coupled monocarboxylate transport / positive regulation of matrix metallopeptidase secretion / acrosomal membrane / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / response to mercury ion / neural retina development / endothelial tube morphogenesis / ピルビン酸 / photoreceptor cell maintenance / Basigin interactions / Aspirin ADME / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / odontogenesis of dentin-containing tooth / D-mannose binding / decidualization / photoreceptor outer segment / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Integrin cell surface interactions / response to cAMP / 着床 / Degradation of the extracellular matrix / photoreceptor inner segment / positive regulation of endothelial cell migration / 好中球 / protein localization to plasma membrane / 軸索誘導 / 筋鞘 / response to peptide hormone / positive regulation of interleukin-6 production / メラノソーム / virus receptor activity / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / 血管新生 / positive regulation of viral entry into host cell / cell surface receptor signaling pathway / エンドソーム / cadherin binding / 神経繊維 / ゴルジ体 / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / endoplasmic reticulum membrane / ミトコンドリア / extracellular exosome / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
免疫グロブリンフォールド / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nakamura, K. / Amano, M. / Yoneda, K. / Suzuki, M. / Fukuchi, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Oncol / 年: 2022
タイトル: Novel Antibody Exerts Antitumor Effect through Downregulation of CD147 and Activation of Multiple Stress Signals.
著者: Fukuchi, K. / Nanai, K. / Yuita, H. / Maru, C. / Tsukada, J. / Ishigami, M. / Nagai, Y. / Nakano, Y. / Yoshimura, C. / Yoneda, K. / Amano, M. / Nakamura, K. / Oda, Y. / Nishigohri, H. / ...著者: Fukuchi, K. / Nanai, K. / Yuita, H. / Maru, C. / Tsukada, J. / Ishigami, M. / Nagai, Y. / Nakano, Y. / Yoshimura, C. / Yoneda, K. / Amano, M. / Nakamura, K. / Oda, Y. / Nishigohri, H. / Yamamoto, S. / Ohnishi-Totoki, Y. / Inaki, K. / Komori, H. / Nakano, R. / Kanari, Y. / Nishida, A. / Matsui, Y. / Funo, S. / Takahashi, S. / Ohtsuka, T. / Agatsuma, T.
履歴
登録2022年6月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2 of Basigin
B: Isoform 2 of Basigin
H: heavy chain
I: heavy chain
L: light chain
M: light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,4286
ポリマ－142,4286
非ポリマー00
水3,369187
1
A: Isoform 2 of Basigin
H: heavy chain
L: light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2143
ポリマ－71,2143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform 2 of Basigin
I: heavy chain
M: light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2143
ポリマ－71,2143
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.960, 93.370, 98.309
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12H
22I
13L
23M

NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYARGARGAA103 - 201103 - 201
21GLYGLYARGARGBB103 - 201103 - 201
12GLNGLNLYSLYSHC1 - 2181 - 218
22GLNGLNLYSLYSID1 - 2181 - 218
13ASPASPCYSCYSLE1 - 2141 - 214
23ASPASPCYSCYSMF1 - 2141 - 214

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 2 of Basigin / 5F7 / Collagenase stimulatory factor / Extracellular matrix metalloproteinase inducer / EMMPRIN / ...5F7 / Collagenase stimulatory factor / Extracellular matrix metalloproteinase inducer / EMMPRIN / Hepatoma-associated antigen / HAb18G / Leukocyte activation antigen M6 / OK blood group antigen / Tumor cell-derived collagenase stimulatory factor / TCSF


分子量: 22503.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BSG, UNQ6505/PRO21383 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35613
#2: 抗体 heavy chain


分子量: 25277.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 light chain /


分子量: 23432.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1M Sodium Malonate pH 7.0, 12% (w/v) Polyethylene Glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen gas flow (95K-300K) / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月25日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→35.911 Å / Num. obs: 51301 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3 % / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.105 / Rsym value: 0.086 / Net I/av σ(I): 5.4 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7430 / Rpim(I) all: 0.247 / Rrim(I) all: 0.439 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3b5h

3b5h


解像度: 2.3→35.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.455 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2809 2502 4.9 %RANDOM
Rwork0.2358 ---
obs0.238 48775 98.08 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.51 Å2 / Biso mean: 43.373 Å2 / Biso min: 15.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å2-0 Å2-0.66 Å2
2---0.06 Å2-0 Å2
3----2.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→35.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8702 0 0 187 8889
Biso mean---31.84 -
残基数----1139
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0198903
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.94412079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.38651132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88724.411365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.723151466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8031543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.21348
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216648
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A1940.12
12B1940.12
21H5180.12
22I5180.12
31L5400.14
32M5400.14
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 142 -
Rwork0.314 3576 -
all-3718 -
obs--97.43 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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