+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7xxh | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the purinergic receptor P2Y1R in complex with 2MeSADP and G11 | ||||||||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / G protein-coupled receptor / purinergic receptor / P2Y1R / ligand binding / signal transduction | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 G protein-coupled ATP receptor activity / relaxation of muscle / G protein-coupled ADP receptor activity / P2Y receptors / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / cellular response to purine-containing compound / positive regulation of penile erection / negative regulation of norepinephrine secretion / A1 adenosine receptor binding ...G protein-coupled ATP receptor activity / relaxation of muscle / G protein-coupled ADP receptor activity / P2Y receptors / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / cellular response to purine-containing compound / positive regulation of penile erection / negative regulation of norepinephrine secretion / A1 adenosine receptor binding / positive regulation of monoatomic ion transport / glial cell migration / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / positive regulation of hormone secretion / signal transduction involved in regulation of gene expression / response to growth factor / cellular response to ATP / regulation of synaptic vesicle exocytosis / eating behavior / monoatomic ion transport / response to mechanical stimulus / presynaptic active zone membrane / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / blood vessel diameter maintenance / protein localization to plasma membrane / establishment of localization in cell / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / cilium / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / platelet activation / ADP binding / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / sensory perception of taste / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / retina development in camera-type eye / Ca2+ pathway / signaling receptor activity / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell shape / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / basolateral plasma membrane / G alpha (i) signalling events / cell body / fibroblast proliferation / G alpha (s) signalling events / scaffold protein binding / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / postsynaptic membrane / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / postsynaptic density / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / GTPase activity / glutamatergic synapse / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / cell surface 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Tan, Q. / Li, B. / Han, S. / Zhao, Q. / Wu, B. | ||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2023 タイトル: Structural insights into signal transduction of the purinergic receptors P2Y1R and P2Y12R. 著者: Beibei Li / Shuo Han / Mu Wang / Yu Yu / Limin Ma / Xiaojing Chu / Qiuxiang Tan / Qiang Zhao / Beili Wu / | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7xxh.cif.gz | 220.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb7xxh.ent.gz | 164.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7xxh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7xxh_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 7xxh_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7xxh_validation.xml.gz | 41.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7xxh_validation.cif.gz | 62 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/7xxh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 33503MC 7xxiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG
#2: タンパク質 | 分子量: 41385.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
---|---|
#3: タンパク質 | 分子量: 38245.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P62873 |
#4: タンパク質 | 分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P59768 |
-タンパク質 / 抗体 / 非ポリマー , 3種, 3分子 RH
#1: タンパク質 | 分子量: 46296.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RY1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P47900 |
---|---|
#5: 抗体 | 分子量: 26337.307 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
#6: 化合物 | ChemComp-6AD / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The purinergic receptor P2Y1R in complex with 2MeSADP, G11 and scfv16 タイプ: COMPLEX / 詳細: scf16 was recombinantly expressed in sf9 cells / Entity ID: #2-#5 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 10 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 2.0 mg/ml / 名称: sodium chloride / 式: 150mM |
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot for 1s |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: BASIC |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 9856 / 詳細: Images were collected in movie-mode |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
画像処理 | 詳細: The selected images were 20eV using GIF-Quantum LS Imaging energy filter | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 6184568 | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 659399 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 43.86 / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4NXW Accession code: 4NXW / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|